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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h2z | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Human Dihydroorotate Dehydrogenase (DHODH) with 7GF | ||||||
![]() | Dihydroorotate dehydrogenase (quinone), mitochondrial | ||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane ...pyrimidine ribonucleotide biosynthetic process / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) activity / dihydroorotate dehydrogenase (quinone) / dihydroorotate dehydrogenase activity / dihydroorotase activity / Pyrimidine biosynthesis / UDP biosynthetic process / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / mitochondrial inner membrane / mitochondrion / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, D. / Huang, J. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of Human Dihydroorotate Dehydrogenase (DHODH) with 7GF 著者: Huang, J. / Wu, D. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 92.4 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 66.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 26.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4jtuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 42636.414 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 29-395 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() 株 (発現宿主): O103:H2 str. 12009 参照: UniProt: Q02127, dihydroorotate dehydrogenase (quinone) |
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-非ポリマー , 6種, 141分子 ![](data/chem/img/FMN.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/7GF.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/ORO.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/7GF.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-FMN / | ||||||
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#3: 化合物 | ChemComp-ORO / | ||||||
#4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-7GF / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.28 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 詳細: 0.1M acetate, 40mM C11DAO, 20.8mM N,N-dimethyldecylamine-N-oxide (DDAO), 2mM DHO, 1.6-1.8 M ammonium sulfate PH範囲: 4.8-5.2 / Temp details: 20 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月5日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.987 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.58→41.09 Å / Num. obs: 76164 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 16.3 % / Net I/σ(I): 4 |
反射 シェル | 解像度: 1.58→1.78 Å / CC1/2: 0.997 / % possible all: 99.4 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4JTU 解像度: 1.58→36.4 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 0.95 / SU ML: 0.035 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.059 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 25.213 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.58→36.4 Å
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拘束条件 |
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