PDB-5h2v: Crystal structure of the karyopherin Kap121p bound to the SUMO pr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h2v

タイトル

Crystal structure of the karyopherin Kap121p bound to the SUMO protease Ulp1p

要素

Importin subunit beta-3
Ubiquitin-like-specific protease 1

キーワード

PROTEIN TRANSPORT/HYDROLASE / nuclear import / PROTEIN TRANSPORT-HYDROLASE complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Ulp1 peptidase / regulation of protein desumoylation / deSUMOylase activity / protein desumoylation / SUMO is proteolytically processed / nuclear import signal receptor activity / nuclear localization sequence binding / regulation of mitotic nuclear division / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / nuclear pore ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.8 Å

データ登録者

Kobayashi, J. / Matsuura, Y.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structures of the Karyopherins Kap121p and Kap60p Bound to the Nuclear Pore-Targeting Domain of the SUMO Protease Ulp1p
著者: Hirano, H. / Kobayashi, J. / Matsuura, Y.

履歴

登録	2016年10月18日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年12月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年1月25日	Group: Database references
改定 2.0	2020年2月26日	Group: Data collection / Polymer sequence / カテゴリ: diffrn_source / entity_poly Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _entity_poly.pdbx_target_identifier
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h2v.cif.gz	414 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h2v.ent.gz	335.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h2v.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h2v ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h2/5h2v	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5h2wC 5h2xC 3w3wS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3w3x-d 3w3y-d 3w3w-d 4zj7-d 3w3u-d 3w3v-d 3w3t-d 6xte-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#85 - 2007年1月インポーチン (Importins) 類似性 (1) #161 - 2013年5月リシン (Ricin) 類似性 (1) #260 - 2021年8月リボヌクレアーゼP (Ribonuclease P) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Importin subunit beta-3

B: Ubiquitin-like-specific protease 1

137 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.830, 124.710, 130.000
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Importin subunit beta-3 / Karyopherin subunit beta-3 / Karyopherin-121 / Protein secretion enhancer 1 分子量: 119912.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSE1, KAP121, YMR308C, YM9952.10C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32337
#2: タンパク質	Ubiquitin-like-specific protease 1 分子量: 17237.002 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-150 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ULP1, YPL020C, LPB11C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02724, Ulp1 peptidase

#1: タンパク質

Importin subunit beta-3 / Karyopherin subunit beta-3 / Karyopherin-121 / Protein secretion enhancer 1

分子量: 119912.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: PSE1, KAP121, YMR308C, YM9952.10C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32337

#2: タンパク質

Ubiquitin-like-specific protease 1

分子量: 17237.002 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-150 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母)
株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ULP1, YPL020C, LPB11C / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q02724, Ulp1 peptidase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.83 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M HEPES, 10% 2-propanol, 24% PEG20000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SPring-8

/ ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月4日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.8→36.71 Å / Num. obs: 31520 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.1 % / B_iso Wilson estimate: 45.26 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_pim(I) all: 0.067 / R_rim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 8.4 / Num. measured all: 224445 / Scaling rejects: 5

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	Diffraction-ID	% possible all
2.8-2.95	7.2	0.728	0.778	1	100
8.85-36.71	6.4	0.05	0.997	1	98.7

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
Aimless	0.1.27	データスケーリング
MOLREP		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
MOLREP		位相決定
iMOSFLM		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3W3W

3w3w

解像度: 2.8→36.713 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.32 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2412	1594	5.07 %
R_work	0.1979	-	-
obs	0.2001	31460	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.8→36.713 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7988	0	0	0	7988

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	8123
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.889	11040
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.413	2938
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.032	1332
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1398

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.8-2.8903	0.3082	152	0.2702	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8903-2.9936	0.3247	132	0.2631	2686	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9936-3.1134	0.2837	127	0.2376	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1134-3.255	0.2914	125	0.2293	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
3.255-3.4265	0.2563	121	0.21	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4265-3.641	0.2304	176	0.1983	2665	X-RAY DIFFRACTION	100
3.641-3.9218	0.2413	168	0.1856	2660	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9218-4.316	0.2314	160	0.1698	2704	X-RAY DIFFRACTION	100
4.316-4.9392	0.1999	163	0.1667	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9392-6.218	0.2343	147	0.2037	2766	X-RAY DIFFRACTION	100
6.218-36.7159	0.2121	123	0.18	2917	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.8331	1.1931	0.7224	1.9584	0.0027	1.8918	-0.1939	0.394	-0.0007	-0.3533	0.1685	0.2654	-0.1051	0.2799	0.0373	0.5067	-0.0769	-0.0764	0.5163	-0.0517	0.2875	8.6025	4.6798	-63.1704
2	1.8835	-0.5002	0.4497	0.9065	-0.1409	3.0589	0.0836	0.3271	-0.3227	-0.1551	0.0701	0.078	0.0921	0.4544	-0.0781	0.3098	0.0486	-0.009	0.4204	-0.1023	0.1991	23.9615	6.9992	-45.51
3	3.317	-0.7803	-1.0129	1.2661	0.6128	1.0672	0.005	-0.2675	0.2959	-0.093	0.0046	0.0476	-0.0414	0.1745	-0.0212	0.2523	-0.0175	-0.0061	0.2634	-0.0416	0.2011	13.7805	18.8437	-19.5298
4	1.8095	0.04	-1.7648	1.674	-0.1321	1.4731	0.1097	-0.6696	0.2923	-0.0285	-0.1119	0.0188	-0.138	0.333	0.036	0.2391	-0.1004	-0.0182	0.4927	-0.1475	0.2708	-0.0714	22.8925	-5.2123
5	2.7436	0.9588	-0.2659	0.7517	0.3564	1.3042	0.023	-0.1014	0.3267	-0.0118	0.0357	0.177	0.031	-0.0439	-0.0231	0.1973	0.0202	0.032	0.1416	-0.0958	0.2707	-26.3956	17.7059	-9.1919
6	2.6005	0.3359	-0.6964	1.577	0.4325	0.9961	0.4185	0.3511	0.3805	-0.555	-0.1936	-0.5714	-0.383	0.2208	0.0826	0.5172	-0.0767	0.4205	0.4609	0.1649	0.6161	-16.9393	3.9173	-35.2611
7	1.4046	-1.7148	0.239	1.872	0.0685	1.5314	0.2037	0.3361	-0.1171	-0.2098	-0.1028	-0.3341	0.2794	0.1655	-0.056	0.3915	0.0445	0.0752	0.2896	-0.1178	0.5168	-18.5222	-13.3207	-26.5853
8	0.241	0.5965	0.2329	0.5762	0.1007	-0.052	-0.0931	0.0276	-0.6529	0.001	-0.1671	0.1145	0.0542	0.3114	0.0213	0.558	0.0075	0.0834	0.7519	0.0755	0.812	9.5938	-10.8947	-19.819
9	1.7359	-0.198	0.4516	0.5583	0.0292	1.1214	0.0113	-0.2691	-0.1768	-0.1919	-0.1003	-0.4535	0.3637	0.1858	-0.0189	0.6709	0.2007	-0.0662	0.5965	-0.0347	0.9811	-2.82	-25.4297	-14.0876
10	1.5109	0.1176	-0.1731	1.0309	0.3248	2.0524	0.0367	-0.151	-0.3212	0.2132	-0.1837	-0.1586	0.2517	0.0727	0.1214	0.8428	0.0442	-0.2446	0.5616	0.0017	0.9627	-9.4774	-25.2922	10.1283

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 3:74)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 75:203)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 204:337)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 338:419)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 420:614)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 615:664)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 665:799)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 800:830)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 831:891)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 892:1088)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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