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- PDB-5h1o: CRISPR-associated protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h1o
タイトルCRISPR-associated protein
要素CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
キーワードHYDROLASE / CRISPR-associated protein / Endonuclease
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / RNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated endonuclease Cas2 / Virulence-associated protein D / CRISPR associated protein Cas2 / CRISPR associated protein Cas2 / Alpha-Beta Plaits - #240 / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETATE ION / CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas albilineans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Ka, D. / Jeong, U. / Bae, E.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Rural Development AdministrationPJ01111201 韓国
引用ジャーナル: Struct Dyn / 年: 2017
タイトル: Structural and dynamic insights into the role of conformational switching in the nuclease activity of the Xanthomonas albilineans Cas2 in CRISPR-mediated adaptive immunity
著者: Ka, D. / Hong, S. / Jeong, U. / Jeong, M. / Suh, N. / Suh, J.Y. / Bae, E.
履歴
登録2016年10月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
B: CRISPR-associated endoribonuclease Cas2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0695
ポリマ－23,8912
非ポリマー1773
水3,153175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3420 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area8900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.385, 90.385, 50.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number173
Space group name H-MP63

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要素

#1: タンパク質 CRISPR-associated endoribonuclease Cas2


分子量: 11945.717 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Xanthomonas albilineans (strain GPE PC73 / CFBP 7063) (バクテリア)
株: GPE PC73 / CFBP 7063 / 遺伝子: cas2, XALc_2892 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: D2UG58, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 175 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.97 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 50mM Ammonium acetate, 85mM Sodium acetate pH 4.6, 23%(w/v) PEG4000. 10%(v/v) Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→50 Å / Num. obs: 28581 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 12.1 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / 冗長度: 11.5 % / Rmerge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 3.1 / CC1/2: 0.899 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ES2

4es2


解像度: 1.65→29.585 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 21.05
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2052 1917 7.1 %1
Rwork0.1656 ---
obs0.1683 27006 94.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→29.585 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1353 0 12 175 1540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0131388
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4131867
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.165519
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072203
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008241
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6488-1.69010.22951120.22611532X-RAY DIFFRACTION82
1.6901-1.73580.26691260.20851645X-RAY DIFFRACTION86
1.7358-1.78680.22431280.20071663X-RAY DIFFRACTION88
1.7868-1.84450.20971350.1961712X-RAY DIFFRACTION90
1.8445-1.91040.25911370.18481711X-RAY DIFFRACTION91
1.9104-1.98690.23131310.17781821X-RAY DIFFRACTION95
1.9869-2.07730.22211420.17811819X-RAY DIFFRACTION97
2.0773-2.18680.23771420.17721863X-RAY DIFFRACTION98
2.1868-2.32370.21791420.17351862X-RAY DIFFRACTION98
2.3237-2.50310.22321410.17821854X-RAY DIFFRACTION98
2.5031-2.75480.20381430.17751894X-RAY DIFFRACTION99
2.7548-3.1530.20561480.16951901X-RAY DIFFRACTION99
3.153-3.97090.18891470.14931918X-RAY DIFFRACTION100
3.9709-29.59020.18711430.14941894X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.0182.59224.1934.55566.21743.299-0.12470.05520.55720.033-0.07230.3619-0.10990.00710.40540.2754-0.013-0.06170.27080.04270.28925.275749.495828.7595
27.0592-1.858-2.53556.697-7.60781.9742-0.0457-0.09481.98451.5996-0.45-0.4521-3.03931.16250.4310.7767-0.3166-0.36930.62030.23361.177537.655662.502431.1027
33.92463.11052.08733.39742.12579.56420.0880.4975-0.4503-0.4509-0.3506-1.2146-0.07710.830.15060.28920.031-0.01010.48560.12020.435335.838647.435126.2793
44.5714-2.40113.63457.8444-6.18848.92430.35850.0851-0.2806-0.2113-0.149-0.06710.48340.0565-0.18860.22830.004-0.03880.28420.00480.246727.092344.061927.1797
57.345-1.46440.48355.8183-2.03322.0433-0.11-0.25840.26220.37040.0337-0.4252-0.21890.02270.08940.2423-0.0012-0.05890.26280.00860.201828.39950.2235.2963
65.52245.6027-6.08065.1015-6.13296.97160.00650.4735-0.02050.1611-0.030.2077-0.1533-0.508-0.02590.2758-0.0019-0.01740.3511-0.02830.272113.468244.350919.4489
76.66236.1823-4.7215.7393-4.413.45660.29010.9078-1.0196-0.5715-0.0161-0.86030.59770.14110.05040.39980.10080.09950.42860.02220.438823.862354.635112.261
84.27791.3558-6.58857.4693-4.03588.95650.1149-0.16560.5633-0.026-0.3066-0.3582-0.27380.38010.15310.19950.0123-0.04030.20950.0610.243517.049457.342222.8733
94.1982-5.0533-3.4766.1684.24613.0934-0.08940.85280.8937-0.0062-0.6653-3.3075-1.31711.93310.27910.7239-0.14580.07470.69450.25751.261127.984269.553318.643
102.62843.0902-3.44123.6747-4.07774.5227-0.18660.50821.2913-0.31650.1755-0.466-0.91730.30120.10330.409-0.0589-0.02240.32090.02860.428819.016769.69921.6426
112.31270.6612.07352.1517-1.57836.49890.1002-0.36730.55570.564-0.05250.0758-0.896-0.26240.00530.3329-0.003-0.02860.2218-0.02010.323312.517965.374728.7464
127.4926-1.65352.84032.9872-0.11543.58110.0059-0.02420.04470.0859-0.08390.0127-0.09060.04130.06880.2616-0.0009-0.00940.220.02890.232511.66759.409424.6807
132.9428-1.17140.56113.46530.29171.05990.19140.43210.3854-0.4047-0.2448-0.3819-0.1220.10850.04770.22430.05370.03990.26910.07110.21116.628659.268716.6509
143.80081.38975.48983.79920.69358.16170.1101-0.57150.22860.6168-0.07980.01240.007-0.37670.03880.3230.02770.00230.31460.01630.207217.12251.259836.2199
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 10 through 17 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 18 through 32 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 33 through 51 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 52 through 72 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 73 through 80 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 81 through 86 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 1 through 9 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 10 through 18 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 19 through 26 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 27 through 33 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 34 through 50 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 51 through 73 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 74 through 85 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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