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- PDB-5h14: EED in complex with an allosteric PRC2 inhibitor EED666 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h14
タイトルEED in complex with an allosteric PRC2 inhibitor EED666
要素
  • Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
  • Polycomb protein EED
キーワードTransferase/Transferase Inhibitor / EED / PRC2 / inhibitor / Transferase-Transferase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway ...hepatocyte homeostasis / cellular response to trichostatin A / regulation of gliogenesis / negative regulation of striated muscle cell differentiation / regulation of kidney development / [histone H3]-lysine27 N-trimethyltransferase / response to tetrachloromethane / negative regulation of keratinocyte differentiation / histone H3K27 trimethyltransferase activity / negative regulation of retinoic acid receptor signaling pathway / cerebellar cortex development / primary miRNA binding / regulatory ncRNA-mediated heterochromatin formation / regulation of adaxial/abaxial pattern formation / skeletal muscle satellite cell maintenance involved in skeletal muscle regeneration / histone H3K27 methyltransferase activity / sex chromatin / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / facultative heterochromatin formation / genomic imprinting / ESC/E(Z) complex / negative regulation of stem cell differentiation / protein-lysine N-methyltransferase activity / cardiac muscle hypertrophy in response to stress / chromatin silencing complex / pronucleus / G1 to G0 transition / positive regulation of dendrite development / histone H3 methyltransferase activity / histone methyltransferase activity / DNA methylation-dependent constitutive heterochromatin formation / negative regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / spinal cord development / lncRNA binding / negative regulation of gene expression, epigenetic / synaptic transmission, GABAergic / Transcriptional Regulation by E2F6 / : / positive regulation of MAP kinase activity / pericentric heterochromatin / oligodendrocyte differentiation / negative regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / positive regulation of GTPase activity / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / subtelomeric heterochromatin formation / ribonucleoprotein complex binding / RNA polymerase II core promoter sequence-specific DNA binding / nucleosome binding / keratinocyte differentiation / protein localization to chromatin / negative regulation of cytokine production involved in inflammatory response / liver regeneration / cellular response to leukemia inhibitory factor / B cell differentiation / Regulation of PTEN gene transcription / transcription corepressor binding / PRC2 methylates histones and DNA / Defective pyroptosis / stem cell differentiation / hippocampus development / enzyme activator activity / promoter-specific chromatin binding / chromatin DNA binding / G1/S transition of mitotic cell cycle / regulation of circadian rhythm / PKMTs methylate histone lysines / protein modification process / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / cellular response to hydrogen peroxide / HCMV Early Events / rhythmic process / transcription corepressor activity / heterochromatin formation / response to estradiol / chromosome / chromatin organization / Oxidative Stress Induced Senescence / histone binding / methylation / chromosome, telomeric region / positive regulation of cell migration / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / synapse / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / RNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain ...EZH2, SET domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/EZH2 / Polycomb repressive complex 2 subunit EZH1/EZH2, tri-helical domain / Pre-SET CXC domain / : / WD repeat binding protein EZH2 / Polycomb repressive complex 2 tri-helical domain / CXC domain / Ezh2, MCSS domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / Tesmin/TSO1-like CXC domain / CXC domain / Histone-lysine N-methyltransferase EZH1/2-like / CXC domain profile. / : / SET (Su(var)3-9, Enhancer-of-zeste, Trithorax) domain / SET domain / SET domain superfamily / SET domain profile. / SET domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / YVTN repeat-like/Quinoprotein amine dehydrogenase / 7 Propeller / Methylamine Dehydrogenase; Chain H / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-LQB / Polycomb protein EED / Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Zhao, K. / Zhao, M. / Luo, X. / Zhang, H.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Discovery and Molecular Basis of a Diverse Set of Polycomb Repressive Complex 2 Inhibitors Recognition by EED
著者: Li, L. / Zhang, H. / Zhang, M. / Zhao, M. / Feng, L. / Luo, X. / Gao, Z. / Huang, Y. / Ardayfio, O. / Zhang, J.H. / Lin, Y. / Fan, H. / Mi, Y. / Li, G. / Liu, L. / Feng, L. / Luo, F. / Teng, ...著者: Li, L. / Zhang, H. / Zhang, M. / Zhao, M. / Feng, L. / Luo, X. / Gao, Z. / Huang, Y. / Ardayfio, O. / Zhang, J.H. / Lin, Y. / Fan, H. / Mi, Y. / Li, G. / Liu, L. / Feng, L. / Luo, F. / Teng, L. / Qi, W. / Ottl, J. / Lingel, A. / Bussiere, D.E. / Yu, Z. / Atadja, P. / Lu, C. / Li, E. / Gu, J. / Zhao, K.
履歴
登録2016年10月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Polycomb protein EED
B: Polycomb protein EED
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,8388
ポリマ－91,9574
非ポリマー8814
水7,422412
1
A: Polycomb protein EED
D: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4194
ポリマ－45,9782
非ポリマー4402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2920 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area16560 Å2
手法PISA
2
B: Polycomb protein EED
C: Histone-lysine N-methyltransferase EZH2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,4194
ポリマ－45,9782
非ポリマー4402
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15770 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)93.758, 178.353, 50.545
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Polycomb protein EED / hEED / WD protein associating with integrin cytoplasmic tails 1 / WAIT-1


分子量: 42356.246 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 76-441 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EED / プラスミド: pGEX-KG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75530
#2: タンパク質・ペプチド Histone-lysine N-methyltransferase EZH2 / ENX-1 / Enhancer of zeste homolog 2 / Lysine N-methyltransferase 6


分子量: 3622.164 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 40-68 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q15910, histone-lysine N-methyltransferase
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-LQB / 2-[3-(3,5-dimethylpyrazol-1-yl)-4-nitro-phenyl]-3,4-dihydro-1H-isoquinoline


分子量: 348.398 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H20N4O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 412 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 0.1 M Tris, 16% PEG 8000, 10 mM beta-Nicotinamide mononucleotide

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979467 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979467 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 67346 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 6.7 % / Biso Wilson estimate: 23.67 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.083 / Net I/av σ(I): 23 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.9-1.976.80.5311100
1.97-2.056.80.348199.8
2.05-2.146.80.252199.6
2.14-2.256.80.19199.6
2.25-2.396.70.161199.5
2.39-2.586.70.139199.4
2.58-2.846.60.113199.2
2.84-3.256.40.086199.4
3.25-4.096.60.055199.5
4.09-506.80.043198.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.11.5精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2QXV

2qxv


解像度: 1.9→40.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.9348 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9187 / SU R Cruickshank DPI: 0.151 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.155 / SU Rfree Blow DPI: 0.136 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.135
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2225 3406 5.06 %RANDOM
Rwork0.1916 ---
obs0.1931 67285 99.24 %-
原子変位パラメータBiso max: 109.76 Å2 / Biso mean: 30.78 Å2 / Biso min: 4.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--11.3248 Å20 Å20 Å2
2--6.2694 Å20 Å2
3---5.0554 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.226 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→40.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6355 0 64 412 6831
Biso mean--45.87 37.38 -
残基数----780
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2326SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes169HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes948HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it6601HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion834SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact7474SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d6601HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg8930HARMONIC21.06
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion17.51
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 251 5.27 %
Rwork0.2297 4509 -
all0.231 4760 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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