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万見
- PDB-5h0r: RNA dependent RNA polymerase ,vp4,dsRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h0r
タイトルRNA dependent RNA polymerase ,vp4,dsRNA
要素
  • (RNA (42-MER)) x 2
  • RNA-dependent RNA polymerase
  • VP4 protein
キーワードTRANSFERASE/RNA / structural classification / TRANSFERASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


viral genome replication / RNA-directed RNA polymerase / RNA-directed RNA polymerase activity / RNA binding
類似検索 - 分子機能
: / : / CPV, RNA-directed RNA polymerase, N-terminal / CPV, RNA-directed RNA polymerase, central polymerase domain / CPV, RNA-directed RNA polymerase, C-terminal / RNA-directed RNA polymerase, reovirus / RdRp of Reoviridae dsRNA viruses catalytic domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / RNA-directed RNA polymerase / VP4 protein
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
Dendrolimus punctatus cypovirus 1 (ウイルス)
Cypovirus (ウイルス)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Li, X. / Zhou, N. / Chen, W. / Zhu, B. / Wang, X. / Xu, B. / Wang, J. / Liu, H. / Cheng, L.
資金援助 中国, 5件
組織認可番号国
the National Research and Development Program of China2016YFA0501103 中国
he National Research and Development Program of China2015CB910104 中国
the National Natural Science Foundation of China91530321 中国
the National Natural Science Foundation of China31570727 中国
the National Natural Science Foundation of China31570742 中国
引用ジャーナル: J Mol Biol / 年: 2017
タイトル: Near-Atomic Resolution Structure Determination of a Cypovirus Capsid and Polymerase Complex Using Cryo-EM at 200kV.
著者: Xiaowu Li / Niyun Zhou / Wenyuan Chen / Bin Zhu / Xurong Wang / Bin Xu / Jiawei Wang / Hongrong Liu / Lingpeng Cheng /
要旨: Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) allows the high-resolution structural determination of biological assemblies in a near-native environment. However, all high-resolution (better than ...Single-particle cryo-electron microscopy (cryo-EM) allows the high-resolution structural determination of biological assemblies in a near-native environment. However, all high-resolution (better than 3.5Å) cryo-EM structures reported to date were obtained by using 300kV transmission electron microscopes (TEMs). We report here the structures of a cypovirus capsid of 750-Å diameter at 3.3-Å resolution and of RNA-dependent RNA polymerase (RdRp) complexes within the capsid at 3.9-Å resolution using a 200-kV TEM. The newly resolved structure revealed conformational changes of two subdomains in the RdRp. These conformational changes, which were involved in RdRp's switch from non-transcribing to transcribing mode, suggest that the RdRp may facilitate the unwinding of genomic double-stranded RNA. The possibility of 3-Å resolution structural determinations for biological assemblies of relatively small sizes using cryo-EM at 200kV was discussed.
履歴
登録2016年10月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / em_image_scans
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

ムービー
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
F: RNA-dependent RNA polymerase
G: VP4 protein
H: RNA (42-MER)
I: RNA (42-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,4084
ポリマ－229,4084
非ポリマー00
水00
1
F: RNA-dependent RNA polymerase
H: RNA (42-MER)
I: RNA (42-MER)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,6733
ポリマ－165,6733
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
2
G: VP4 protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,7351
ポリマ－63,7351
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 RNA-dependent RNA polymerase


分子量: 139077.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bombyx mori cytoplasmic polyhedrosis virus (ウイルス)
遺伝子: RdRp / 発現宿主: Cypovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: A0A0S1LIW6
#2: タンパク質 VP4 protein


分子量: 63734.707 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Dendrolimus punctatus cypovirus 1 (ウイルス)
発現宿主: Cypovirus (ウイルス) / 参照: UniProt: Q80A92
#3: RNA鎖 RNA (42-MER)


分子量: 13781.683 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cypovirus (ウイルス)
#4: RNA鎖 RNA (42-MER)


分子量: 12814.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Cypovirus (ウイルス)

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプEntity IDParent-ID由来
1RNA dependent RNA polymerase ,VP4,dsRNACOMPLEXall0MULTIPLE SOURCES
2RNA dependent RNA polymeraseCOMPLEX#11RECOMBINANT
3VP4COMPLEX#21RECOMBINANT
4dsRNACOMPLEX#31MULTIPLE SOURCES
5dsRNACOMPLEX#41MULTIPLE SOURCES
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
11Cypovirus (ウイルス)10981
22Cypovirus (ウイルス)10981
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: NITROGEN

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Talos Arctica / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TECNAI ARCTICA
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 20 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k)

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解析

ソフトウェア名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 27000 / 対称性のタイプ: POINT
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.0215526
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.7921397
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d8.47312170
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.0472465
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.0042425

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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