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- PDB-5h0k: The crystal structure of WT Pedobacter heparinus SMUG2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5h0k
タイトルThe crystal structure of WT Pedobacter heparinus SMUG2
要素Uncharacterized protein
キーワードLYASE / SMUG / DNA damage / glycosylase
機能・相同性DNA glycosylase Phe SMUG2-like / : / Uracil-DNA glycosylase-like / Uracil DNA glycosylase superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain superfamily / Uracil-DNA glycosylase-like domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pedobacter heparinus DSM 2366 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Xie, W. / Cao, W. / Pang, P.
資金援助 中国, 4件
組織認可番号国
Fundamental Research Funds for the Central Universities16lgjc76 中国
the Science and Technology Program of Guangzhou201504010025 中国
Foundation of Key Laboratory of Gene Engineering of the Ministry of Education201502 中国
Guangdong Innovative Research Team ProgramNO. 2011Y038 中国
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: SMUG2 DNA glycosylase from Pedobacter heparinus as a new subfamily of the UDG superfamily
著者: Pang, P. / Yang, Y. / Li, J. / Wang, Z. / Cao, W. / Xie, W.
履歴
登録2016年10月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月22日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3151
ポリマ－28,3151
非ポリマー00
水2,648147
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10930 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)56.714, 56.714, 144.539
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-357-

HOH

21A-445-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 28314.516 Da / 分子数: 1 / 変異: G65Y / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pedobacter heparinus DSM 2366 (バクテリア)
株: DSM 2366 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6Y1J8
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 147 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.07 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8
詳細: 27% PEG 3350,0.25 M NaCl, 0.1M Tris-HCl pH 8.5/0.1M Hepes pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→50 Å / Num. obs: 12005 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.161 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.639 / Mean I/σ(I) obs: 8.5 / CC1/2: 0.946 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→38.643 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2464 622 5.21 %
Rwork0.201 --
obs0.2033 11928 99.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→38.643 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1900 0 0 147 2047
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061952
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9462634
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4361159
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058276
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008336
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2438-2.46960.30951550.23652729X-RAY DIFFRACTION99
2.4696-2.82690.29611490.21682773X-RAY DIFFRACTION100
2.8269-3.56120.24371560.19912813X-RAY DIFFRACTION100
3.5612-38.64880.20661620.1842991X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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