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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5h00 | ||||||
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タイトル | The crystal structure of D-2-haloacid dehalogenase | ||||||
要素 | (R)-2-haloacid dehalogenase | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Dehalogenation / D-2-haloacid dehalogenase | ||||||
機能・相同性 | (R)-2-haloacid dehalogenase / (R)-2-haloacid dehalogenase activity / 2-haloacid dehalogenase, DehI / Halocarboxylic acid dehydrogenase DehI / AhpD-like / (R)-2-haloacid dehalogenase 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Pseudomonas putida (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.64 Å | ||||||
データ登録者 | Wang, Y. / Xue, S. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: The crystal structure of D-2-haloacid dehalogenase 著者: Wang, Y. / Xue, S. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5h00.cif.gz | 236.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5h00.ent.gz | 191.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5h00.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h00 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 3bjxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | ( 分子量: 34014.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: hadD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52086, (R)-2-haloacid dehalogenase #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.7 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: MES, PEG 20000, PEG 8000, potassium sodium tartrate tetrahydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å |
検出器 | タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月17日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97776 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.64→45.24 Å / Num. obs: 42453 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 9.73 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3BJX 解像度: 2.64→45.24 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.91
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.64→45.24 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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