PDB-5h00: The crystal structure of D-2-haloacid dehalogenase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5h00

タイトル

The crystal structure of D-2-haloacid dehalogenase

要素

(R)-2-haloacid dehalogenase

キーワード

HYDROLASE / Dehalogenation / D-2-haloacid dehalogenase

機能・相同性

(R)-2-haloacid dehalogenase / (R)-2-haloacid dehalogenase activity / 2-haloacid dehalogenase, DehI / Halocarboxylic acid dehydrogenase DehI / AhpD-like / (R)-2-haloacid dehalogenase

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.64 Å

データ登録者

Wang, Y. / Xue, S.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: The crystal structure of D-2-haloacid dehalogenase
著者: Wang, Y. / Xue, S.

履歴

登録	2016年10月2日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5h00.cif.gz	236.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5h00.ent.gz	191.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5h00.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5h00_validation.pdf.gz	453.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5h00_full_validation.pdf.gz	463.5 KB	表示
XML形式データ	5h00_validation.xml.gz	43.6 KB	表示
CIF形式データ	5h00_validation.cif.gz	61.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h00 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/h0/5h00	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3bjxS 5gzx 5gzy 5h01 S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5h01-d 5gzy-d 5gzx-d 6zov-d 4cjc-d 4dgj-d 4pl3-d 4cjb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: (R)-2-haloacid dehalogenase

B: (R)-2-haloacid dehalogenase

C: (R)-2-haloacid dehalogenase

D: (R)-2-haloacid dehalogenase

136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	95.715, 109.396, 138.656
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	(R)-2-haloacid dehalogenase / D-2-haloacid dehalogenase / D-DEX 分子量: 34014.840 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 遺伝子: hadD / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q52086, (R)-2-haloacid dehalogenase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.78 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.7 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: MES, PEG 20000, PEG 8000, potassium sodium tartrate tetrahydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.64→45.24 Å / Num. obs: 42453 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 8.4 % / Net I/σ(I): 9.73

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.9_1692	精密化
HKL-2000	2000	データスケーリング
PHENIX	1.9_1692	モデル構築
Coot	0.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3BJX

3bjx

解像度: 2.64→45.24 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 30.91

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.251	2126	5.01 %
R_work	0.1925	-	-
obs	0.1955	42401	97.8 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.64→45.24 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9218	0	0	343	9561

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	9458
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.169	12847
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.276	3464
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.052	1379
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1678

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6419-2.7034	0.3087	135	0.2256	2476	X-RAY DIFFRACTION	92
2.7034-2.771	0.2708	124	0.2232	2718	X-RAY DIFFRACTION	99
2.771-2.8459	0.3156	143	0.2258	2677	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8459-2.9296	0.3142	136	0.2293	2694	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9296-3.0242	0.2964	145	0.2225	2690	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0242-3.1322	0.312	132	0.2351	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1322-3.2576	0.3112	154	0.2264	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2576-3.4058	0.2686	141	0.2141	2719	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4058-3.5853	0.2703	133	0.1981	2722	X-RAY DIFFRACTION	99
3.5853-3.8098	0.2293	154	0.1865	2688	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8098-4.1038	0.2397	155	0.1858	2697	X-RAY DIFFRACTION	99
4.1038-4.5165	0.2354	135	0.1675	2729	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5165-5.1692	0.2291	162	0.1676	2718	X-RAY DIFFRACTION	98
5.1692-6.5096	0.23	147	0.1886	2702	X-RAY DIFFRACTION	96
6.5096-45.2453	0.1725	130	0.1508	2667	X-RAY DIFFRACTION	90

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)