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- PDB-5gz6: Structure of D-amino acid dehydrogenase in complex with NADPH and... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gz6
タイトルStructure of D-amino acid dehydrogenase in complex with NADPH and 2-keto-6-aminocapronic acid
要素Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / Rossmann fold
機能・相同性
機能・相同性情報


diaminopimelate dehydrogenase / diaminopimelate dehydrogenase activity / 4-hydroxy-tetrahydrodipicolinate reductase / diaminopimelate biosynthetic process / lysine biosynthetic process via diaminopimelate
類似検索 - 分子機能
Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold ...Diaminopimelate dehydrogenase, Ddh / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase, C-terminal / Diaminopimelic acid dehydrogenase C-terminal domain / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminal / Dihydrodipicolinate reductase, N-terminus / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
6-azanyl-2-oxidanylidene-hexanoic acid / ACETATE ION / Chem-NDP / Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Ureibacillus thermosphaericus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å
データ登録者Sakuraba, H. / Seto, T. / Hayashi, J. / Akita, H. / Yoneda, K. / Ohshima, T.
引用ジャーナル: Appl. Environ. Microbiol. / 年: 2017
タイトル: Structure-Based Engineering of an Artificially Generated NADP+-Dependent d-Amino Acid Dehydrogenase
著者: Hayashi, J. / Seto, T. / Akita, H. / Watanabe, M. / Hoshino, T. / Yoneda, K. / Ohshima, T. / Sakuraba, H.
履歴
登録2016年9月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月31日Group: Database references
改定 1.22017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.title
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
B: Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,9057
ポリマ－71,7632
非ポリマー1,1425
水7,152397
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6740 Å2
ΔGint-63 kcal/mol
Surface area28360 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.838, 94.773, 138.791
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Meso-diaminopimelate D-dehydrogenase / Meso-DAP dehydrogenase


分子量: 35881.441 Da / 分子数: 2 / 変異: Q154L, D158G, T173I, R199M, H249N, D94A, Y224F / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ureibacillus thermosphaericus (バクテリア)
遺伝子: ddh / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosseta(DE3) / 参照: UniProt: G1UII1, diaminopimelate dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 402分子

#2: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-7C3 / 6-azanyl-2-oxidanylidene-hexanoic acid / 2-オキソ-6-アミノカプロン酸


分子量: 145.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H11NO3
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 397 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.05 % / Mosaicity: 0.32 °
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月4日 / 詳細: silicon single crystal
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.74→50 Å / Num. obs: 74999 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7 % / Rmerge(I) obs: 0.116 / Net I/av σ(I): 34.576 / Net I/σ(I): 9.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.74-1.7771.6170.4111100
1.77-1.871.2940.5391100
1.8-1.8471.1350.6121100
1.84-1.8770.9960.7141100
1.87-1.927.10.8160.8011100
1.92-1.967.10.6070.8751100
1.96-2.017.20.4580.9121100
2.01-2.067.20.4060.9371100
2.06-2.127.20.330.9531100
2.12-2.197.20.2790.9681100
2.19-2.277.20.2490.9751100
2.27-2.367.20.2150.9811100
2.36-2.477.10.1790.9841100
2.47-2.67.10.1550.9891100
2.6-2.7670.1280.9911100
2.76-2.986.90.1070.9931100
2.98-3.276.80.0870.9951100
3.27-3.756.70.0730.9951100
3.75-4.726.50.0670.994199.7
4.72-506.20.0610.994195.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GZ1

5gz1


解像度: 1.74→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 6.517 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.121 / ESU R Free: 0.122
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2502 3780 5 %RANDOM
Rwork0.2075 ---
obs0.2097 71112 99.64 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 104.43 Å2 / Biso mean: 35.261 Å2 / Biso min: 15.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20 Å20 Å2
2--0.8 Å2-0 Å2
3----0.74 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.74→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4920 0 72 397 5389
Biso mean--41.29 39.35 -
残基数----634
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0280.0195100
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.024841
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.3571.9756906
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2153.00111142
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7845629
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg38.37724.468235
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.15215848
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7751531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1560.2761
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.0215775
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.5782.5252537
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.5782.5252536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8923.7583158
LS精密化 シェル解像度: 1.739→1.784 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 291 -
Rwork0.344 5130 -
all-5421 -
obs--98.94 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.37050.1284-0.0410.0749-0.14340.59550.0338-0.079-0.0117-0.0155-0.0335-0.01250.09810.0256-0.00030.03570.0050.0150.02430.0070.042414.318695.183415.4279
20.56530.0378-0.69270.0169-0.01610.9555-0.11620.1852-0.01910.01520.02540.02360.1587-0.19710.09070.0953-0.03150.03820.07130.01120.051514.42896.1934-16.2408
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 48
2X-RAY DIFFRACTION1A49 - 149
3X-RAY DIFFRACTION1A150 - 256
4X-RAY DIFFRACTION1A257 - 326
5X-RAY DIFFRACTION2B2 - 74
6X-RAY DIFFRACTION2B75 - 138
7X-RAY DIFFRACTION2B139 - 256
8X-RAY DIFFRACTION2B257 - 326

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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