PDB-5gz0: Crystal structure of FM329, a recombinant Fab adopted from cetuximab

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gz0

タイトル

Crystal structure of FM329, a recombinant Fab adopted from cetuximab

要素

FM329 heavy chain
FM329 light chain

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody fragment / Recombinant Fab / Cetuximab / EGFR

機能・相同性

Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta

機能・相同性情報

生物種

Homo sapiens/Mus musculus xenograft (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Sim, D.W. / Kim, J.H. / Kim, Y.P. / Won, H.S.

資金援助

韓国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of FM329, a recombinant Fab adopted from cetuximab
著者: Sim, D.W. / Kim, J.H. / Kim, Y.P. / Won, H.S.

履歴

登録	2016年9月26日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2024年10月16日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gz0.cif.gz	325.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gz0.ent.gz	266.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gz0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gz0_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gz0_full_validation.pdf.gz	455.5 KB	表示
XML形式データ	5gz0_validation.xml.gz	38.3 KB	表示
CIF形式データ	5gz0_validation.cif.gz	57.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gz0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gz/5gz0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1yy8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1yy8-1 1nak-1 4kkc-3 4jzn-1 5nyx-3 6qcu-d 5l88-d 1uyw-2 6qn7-1 6wla-3 6dwa-1 4kk6-3 4kkb-3 3dif-1 6xtg-d 1uyw-1 5k9j-d 1ruq-d 2fjf-12 6bpb-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#126 - 2010年6月上皮成長因子 (Epidermal Growth Factor) 類似性 (1) #21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

A: FM329 light chain

B: FM329 heavy chain

C: FM329 light chain

D: FM329 heavy chain

95 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: FM329 light chain

B: FM329 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
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2

C: FM329 light chain

D: FM329 heavy chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
47.5 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	72.521, 68.031, 97.780
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 101.84, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	FM329 light chain 分子量: 23552.973 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens/Mus musculus xenograft (ヒト) プラスミド: pACYCDuet-1 / 詳細 (発現宿主): Protein co-expression / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#2: 抗体	FM329 heavy chain 分子量: 23971.812 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Homo sapiens/Mus musculus xenograft (ヒト) プラスミド: pACYCDuet-1 / 詳細 (発現宿主): Protein co-expression / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 722 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.39 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.48 %
結晶化	温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8 詳細: 20% (w/v) PEG 3000, 100 mM Imidazole, Hydrochloric acid pH 8.0, 200 mM Zinc acetate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: AREA DETECTOR / 日付: 2016年2月23日
放射	モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.69→49.11 Å / Num. obs: 101903 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 4.1 % / B_iso Wilson estimate: 20.27 Å² / R_sym value: 0.083 / Net I/σ(I): 28.08
反射シェル	解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 3.14 / % possible all: 99.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YY8

1yy8

解像度: 1.7→47.85 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.53

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2265	2000	1.96 %
R_work	0.1878	-	-
obs	0.1885	101874	99.35 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→47.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6612	0	0	722	7334

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	6776
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.082	9232
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.005	4036
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	1036
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	1186

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.6999-1.7424	0.2507	138	0.2227	6897	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7424-1.7895	0.289	141	0.2149	7050	X-RAY DIFFRACTION	99
1.7895-1.8422	0.259	143	0.2098	7121	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8422-1.9017	0.2617	142	0.2014	7087	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9017-1.9696	0.2366	142	0.1955	7107	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9696-2.0485	0.2366	143	0.1885	7131	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0485-2.1417	0.2121	143	0.1865	7141	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1417-2.2546	0.2068	143	0.1848	7150	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2546-2.3959	0.2459	142	0.1884	7122	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3959-2.5809	0.2206	145	0.1979	7197	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5809-2.8406	0.2486	143	0.1994	7178	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8406-3.2515	0.2181	145	0.1916	7183	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2515-4.0962	0.2145	144	0.1753	7207	X-RAY DIFFRACTION	100
4.0962-47.8691	0.2131	146	0.1749	7303	X-RAY DIFFRACTION	99

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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