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万見
- PDB-5gyy: Plant receptor complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gyy
タイトルPlant receptor complex
要素
  • S-locus protein 11
  • S-receptor kinase SRK9
キーワードPLANT PROTEIN / plant receptor / ligand
機能・相同性
機能・相同性情報


rejection of self pollen / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity ...rejection of self pollen / histone H4S1 kinase activity / : / histone H3S57 kinase activity / histone H2BS14 kinase activity / histone H3S28 kinase activity / histone H2AS1 kinase activity / histone H3T6 kinase activity / histone H2AT120 kinase activity / ribosomal protein S6 kinase activity / histone H2BS36 kinase activity / Rho-dependent protein serine/threonine kinase activity / AMP-activated protein kinase activity / eukaryotic translation initiation factor 2alpha kinase activity / histone H3T3 kinase activity / 3-phosphoinositide-dependent protein kinase activity / histone H3T45 kinase activity / DNA-dependent protein kinase activity / histone H2AXS139 kinase activity / histone H3T11 kinase activity / histone H3S10 kinase activity / defense response to fungus / killing of cells of another organism / signal transduction / extracellular region / ATP binding / membrane
類似検索 - 分子機能
S-locus glycoprotein domain / S-locus receptor kinase, C-terminal / S-locus, receptor kinase / S-receptor-like serine/threonine-protein kinase / S-locus glycoprotein domain / D-mannose binding lectin / PAN-like domain / Domain of unknown function (DUF3403) / Receptor serine/threonine kinase / Plant self-incompatibility response ...S-locus glycoprotein domain / S-locus receptor kinase, C-terminal / S-locus, receptor kinase / S-receptor-like serine/threonine-protein kinase / S-locus glycoprotein domain / D-mannose binding lectin / PAN-like domain / Domain of unknown function (DUF3403) / Receptor serine/threonine kinase / Plant self-incompatibility response / Plant self-incompatibility response (SCRL) protein / Bulb-type lectin domain / Bulb-type lectin domain superfamily / Bulb-type lectin domain profile. / Bulb-type mannose-specific lectin / divergent subfamily of APPLE domains / Knottins / Knottin, scorpion toxin-like / PAN/Apple domain profile. / PAN/Apple domain / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Serine-threonine/tyrosine-protein kinase, catalytic domain / Protein tyrosine and serine/threonine kinase / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-receptor kinase SRK9 / S-locus protein 11
類似検索 - 構成要素
生物種Brassica rapa subsp. oleifera (カブラ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.351 Å
データ登録者Ma, R. / Han, Z. / Hu, Z. / Lin, G. / Gong, X. / Zhang, H. / June, N. / Chai, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Science Foundation of China31130063 中国
Chinese Ministry of Science and Technology2015CB910200 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Plant receptor complex at 2.35 Angstroms resolution
著者: Ma, R. / Han, Z. / Hu, Z. / Lin, G. / Gong, X. / Zhang, H. / June, N. / Chai, J.
履歴
登録2016年9月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: S-receptor kinase SRK9
B: S-receptor kinase SRK9
G: S-locus protein 11
H: S-locus protein 11
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)105,1026
ポリマ－104,6604
非ポリマー4422
水7,314406
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7060 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area40290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)62.249, 135.121, 153.907
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 S-receptor kinase SRK9


分子量: 45864.707 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 28-427 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brassica rapa subsp. oleifera (カブラ)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q7DN95
#2: タンパク質 S-locus protein 11


分子量: 6465.285 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 24-78 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Brassica rapa subsp. oleifera (カブラ)
遺伝子: SP11 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q9ST12
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 406 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.59 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: sodium malonate, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: BRUKER SMART 6500 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→39.59 Å / Num. obs: 52223 / % possible obs: 95.1 % / 冗長度: 6.9 % / Net I/σ(I): 30

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化解像度: 2.351→39.59 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 30.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2536 2594 5.04 %
Rwork0.1957 --
obs0.1987 51509 93.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.351→39.59 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7267 0 28 406 7701
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087489
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.27810139
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.4572709
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0871103
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061305
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3515-2.39420.35841460.25382600X-RAY DIFFRACTION96
2.3942-2.44030.31551140.24792630X-RAY DIFFRACTION97
2.4403-2.49010.35891380.22862638X-RAY DIFFRACTION97
2.4901-2.54420.34421560.22462571X-RAY DIFFRACTION97
2.5442-2.60340.33771130.22712649X-RAY DIFFRACTION96
2.6034-2.66850.29631250.22782619X-RAY DIFFRACTION97
2.6685-2.74060.34641420.23682577X-RAY DIFFRACTION96
2.7406-2.82120.32751270.22142659X-RAY DIFFRACTION97
2.8212-2.91230.29241570.21422581X-RAY DIFFRACTION96
2.9123-3.01630.25961490.20952590X-RAY DIFFRACTION96
3.0163-3.13710.27431340.2092618X-RAY DIFFRACTION96
3.1371-3.27980.27041530.20262596X-RAY DIFFRACTION96
3.2798-3.45260.24861550.19732593X-RAY DIFFRACTION95
3.4526-3.66880.23921320.18292564X-RAY DIFFRACTION94
3.6688-3.95180.21831510.16922518X-RAY DIFFRACTION93
3.9518-4.3490.19481350.16162505X-RAY DIFFRACTION91
4.349-4.97730.20441190.14952467X-RAY DIFFRACTION88
4.9773-6.26680.17881180.17172451X-RAY DIFFRACTION87
6.2668-39.59540.23461300.2092489X-RAY DIFFRACTION84
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 26.0585 Å / Origin y: 2.6464 Å / Origin z: 25.5532 Å
111213212223313233
T-0.0315 Å20.0187 Å2-0.0356 Å2-0.0055 Å20.0166 Å2--0.0495 Å2
L0.0954 °20.0163 °20.0174 °2-0.0412 °20.0499 °2--0.1151 °2
S-0.0208 Å °0.0202 Å °0.0341 Å °-0.0151 Å °0.0265 Å °0.0509 Å °-0.1181 Å °0.0205 Å °0.0403 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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