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- PDB-5gyd: Crystal Structure of Mdm12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gyd
タイトルCrystal Structure of Mdm12
要素Mitochondrial distribution and morphology protein 12
キーワードLIPID TRANSPORT / Mdm12 / ERMES complex / SMP domain
機能・相同性
機能・相同性情報


ERMES complex / mitochondrion inheritance / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / lipid transfer activity / aminophospholipid transport / peroxisome organization / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / mitochondrial genome maintenance / phospholipid transport ...ERMES complex / mitochondrion inheritance / outer mitochondrial membrane protein complex / mitochondrial outer membrane translocase complex assembly / lipid transfer activity / aminophospholipid transport / peroxisome organization / mitochondria-associated endoplasmic reticulum membrane contact site / mitochondrial genome maintenance / phospholipid transport / phospholipid homeostasis / mitochondrion-endoplasmic reticulum membrane tethering / protein insertion into mitochondrial outer membrane / mitochondrion organization / mitochondrial outer membrane / lipid binding / endoplasmic reticulum membrane / mitochondrion / nucleus / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial distribution and morphology protein 12 / Synaptotagmin-like mitochondrial-lipid-binding domain / Synaptotagmin-like mitochondrial lipid-binding proteins (SMP) domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / Mitochondrial distribution and morphology protein 12
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 3.106 Å
データ登録者Jeong, H. / Park, J. / Lee, C.
引用ジャーナル: EMBO Rep. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of Mdm12 reveals the architecture and dynamic organization of the ERMES complex
著者: Jeong, H. / Park, J. / Lee, C.
履歴
登録2016年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 2.02024年3月20日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_atom_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_atom_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
B: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
C: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
D: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,9719
ポリマ－123,2504
非ポリマー3,7205
水00
1
A: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
B: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1134
ポリマ－61,6252
非ポリマー1,4882
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5940 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area24670 Å2
手法PISA
2
C: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
D: Mitochondrial distribution and morphology protein 12
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,8575
ポリマ－61,6252
非ポリマー2,2323
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5950 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area23520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.592, 219.073, 73.097
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
Mitochondrial distribution and morphology protein 12 / Mitochondrial inheritance component MDM12


分子量: 30812.600 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae S288c (パン酵母)
株: S288c / 遺伝子: MDM12, YOL009C / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q92328
#2: 化合物
ChemComp-PEE / 1,2-dioleoyl-sn-glycero-3-phosphoethanolamine / DOPE


分子量: 744.034 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C41H78NO8P / コメント: DOPE, リン脂質*YM

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Sodium formate, ADA, DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→35 Å / Num. obs: 41953 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 19.9
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000data processing
AutoSol位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 3.106→32.683 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 26.6 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2535 2000 4.77 %
Rwork0.2137 --
obs0.2156 41909 99.36 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.106→32.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7200 0 185 0 7385
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077541
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34310181
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.62880
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051167
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061280
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1063-3.18390.3581380.33762747X-RAY DIFFRACTION96
3.1839-3.26990.35161410.30152809X-RAY DIFFRACTION100
3.2699-3.36610.33171400.27642792X-RAY DIFFRACTION100
3.3661-3.47460.30341430.2712872X-RAY DIFFRACTION100
3.4746-3.59860.28591400.24382803X-RAY DIFFRACTION100
3.5986-3.74250.2871430.2332833X-RAY DIFFRACTION100
3.7425-3.91260.25751420.21872854X-RAY DIFFRACTION100
3.9126-4.11850.31711430.22052839X-RAY DIFFRACTION100
4.1185-4.3760.20211420.18112844X-RAY DIFFRACTION100
4.376-4.71290.18521440.16142868X-RAY DIFFRACTION100
4.7129-5.18550.19771440.15712877X-RAY DIFFRACTION100
5.1855-5.9320.24321450.20752905X-RAY DIFFRACTION100
5.932-7.4590.25791460.24372912X-RAY DIFFRACTION99
7.459-32.68530.24531490.20092954X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.8517-0.8685-0.84513.17080.56781.2609-0.284-0.05660.11211.24450.2050.03520.0581-0.0081-0.00860.6791-0.03150.06980.3538-0.00930.576552.397190.6667-3.1848
21.165-0.3432-0.35825.0302-0.89792.2682-0.0955-0.0608-0.08431.31830.0506-0.0380.2547-0.2476-0.0040.70060.0092-0.05770.38020.01220.412251.9761131.2981.6997
32.54790.3373-0.52871.67530.46833.65460.15710.1864-0.01390.14620.1485-0.15190.39250.40950.04040.2841-0.0198-0.11510.4541-0.12640.346445.551767.3747-19.6648
42.0254-0.52870.5434.1680.42555.06020.10780.0319-0.13120.13820.3833-0.45070.39290.62620.1660.2259-0.0342-0.11950.4639-0.20250.402735.264651.1484-56.2892
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 267)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 0 through 266)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 0 through 267)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 0 through 265)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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