PDB-5gy6: Ribonuclease from Hericium erinaceus (RNase He1)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gy6

タイトル

Ribonuclease from Hericium erinaceus (RNase He1)

要素

Ribonuclease T1

キーワード

HYDROLASE / ribonuclease / Zinc / Inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA endonuclease activity / lyase activity / RNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Hericium erinaceus (ヤマブシタケ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Kobayashi, H. / Sangawa, T. / Takebe, K. / Itagaki, T. / Motoyoshi, N. / Suzuki, M.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Ribonuclease from Hericium erinaceus (RNase He1)
著者: Kobayashi, H. / Sangawa, T. / Takebe, K. / Itagaki, T. / Motoyoshi, N. / Suzuki, M.

履歴

登録	2016年9月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年9月27日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gy6.cif.gz	52.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gy6.ent.gz	36.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gy6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5gy6_validation.pdf.gz	414 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gy6_full_validation.pdf.gz	413.9 KB	表示
XML形式データ	5gy6_validation.xml.gz	7 KB	表示
CIF形式データ	5gy6_validation.cif.gz	9.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gy6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gy6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3whoS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1i3f-d 4bu4-d 1rn1-3 1i0x-3 2cjo-d 4j20-2 2rnt-d 2xnr-d 1h3h-d 1a75-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Ribonuclease T1

ヘテロ分子

10.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.701, 42.945, 60.183
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Ribonuclease T1 分子量: 10715.292 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 25-124 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Hericium erinaceus (ヤマブシタケ) 遺伝子: RNHe1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B1Q4V2, EC: 3.1.27.3
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.91 Å³/Da / 溶媒含有率: 35.66 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 31% PEG-MME 550, 0.1M MES pH 7.0, 5mM ZnSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→34.96 Å / Num. obs: 13702 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.4 % / B_iso Wilson estimate: 13.96 Å² / Net I/av σ(I): 26.87 / Net I/σ(I): 12.31

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALA		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3WHO

3who

解像度: 1.5→34.958 Å / SU ML: 0.12 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 17.85

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1973	702	5.12 %
R_work	0.1725	-	-
obs	0.1736	13700	99.92 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→34.958 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	659	0	1	120	780

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	727
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.24	989
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.036	419
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.064	91
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	140

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.6158	0.2163	162	0.1784	2507	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6158-1.7784	0.2007	131	0.1745	2575	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7784-2.0358	0.2019	140	0.1684	2565	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0358-2.5647	0.2246	146	0.1784	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5647-34.967	0.1729	123	0.1694	2753	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.5819	0.8669	1.9088	5.0124	3.4111	2.6404	-0.0494	0.1812	0.544	-0.3608	-0.0191	-0.1526	-0.4551	-0.0357	0.0625	0.1356	-0.0158	0.0182	0.1109	0.0086	0.1204	14.5502	15.4713	7.2763
2	3.5003	-0.6862	0.8784	4.5608	-1.5027	2.3484	0.1143	0.01	-0.1356	0.0705	0.049	0.2654	0.0767	-0.16	-0.0955	0.0877	0.0057	-0.0105	0.1056	-0.0077	0.0998	9.1437	2.4388	7.273
3	5.5857	-2.1272	0.864	2.1104	0.126	1.956	-0.002	-0.2836	-0.3584	0.125	-0.0038	0.4419	0.088	-0.3865	-0.0086	0.0902	-0.0275	0.0018	0.1509	0.0036	0.1539	3.3078	1.7733	10.6212
4	1.8482	0.1454	-0.5071	3.4563	0.9854	2.4474	-0.0019	0.0146	0.001	0.01	0.0074	0.0337	0.0481	0.008	-0.0199	0.0804	-0.0009	-0.0048	0.092	0.022	0.0627	12.3735	6.7674	10.39

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 3 through 13 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 14 through 44 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 47 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 100 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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