PDB-5gy2: Crystal structure of a complex between Bacillus subtilis flagelli...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5gy2

タイトル

Crystal structure of a complex between Bacillus subtilis flagellin and zebrafish Toll-like receptor 5

要素

Flagellin
Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Bacterial protein Immune receptor

機能・相同性

機能・相同性情報

toll-like receptor 5 signaling pathway / activation of immune response / bacterial-type flagellum / toll-like receptor signaling pathway / bacterial-type flagellum-dependent cell motility / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / inflammatory response / innate immune response / structural molecule activity ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Danio rerio (ゼブラフィッシュ)

Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)

Bacillus subtilis subsp. spizizenii strain W23 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Song, W.S. / Yoon, S.I.

引用

ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: A conserved TLR5 binding and activation hot spot on flagellin
著者: Song, W.S. / Jeon, Y.J. / Namgung, B. / Hong, M. / Yoon, S.I.

履歴

登録	2016年9月21日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年2月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.entity_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_mod_residue.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5gy2.cif.gz	491.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5gy2.ent.gz	403.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5gy2.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5gy2_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5gy2_full_validation.pdf.gz	1.1 MB	表示
XML形式データ	5gy2_validation.xml.gz	49.1 KB	表示
CIF形式データ	5gy2_validation.cif.gz	70 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gy2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gy/5gy2	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	3v47S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2zpa-1 6ysw-2 2xzs-d 5a7y-d 5m70-d 3o47-1 7814 1kfs-d 2i0e-d 5c7j-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#143 - 2011年11月 Toll様受容体 (Toll-like Receptors) 類似性 (20) #248 - 2020年8月フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor) 類似性 (6) #68 - 2005年8月神経栄養因子 (Neurotrophins) 類似性 (4) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2) #245 - 2020年5月スプライソソーム (Spliceosomes) 類似性 (2)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#143 - 2011年11月
Toll様受容体 (Toll-like Receptors)
類似性 (20)
#248 - 2020年8月
フィトスルホカイン受容体 (Phytosulfokine Receptor)
類似性 (6)
#68 - 2005年8月
神経栄養因子 (Neurotrophins)
類似性 (4)
#105 - 2008年9月
リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A)
類似性 (2)
#245 - 2020年5月
スプライソソーム (Spliceosomes)
類似性 (2)

登録構造単位

A: Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

C: Flagellin

B: Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

D: Flagellin

ヘテロ分子

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

C: Flagellin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
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2

B: Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B

D: Flagellin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
71.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	78.146, 54.281, 165.980
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 98.62, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	3	A	25 - 46
2	1	1	3	B	25 - 46
1	1	2	3	A	351 - 357
2	1	2	3	B	351 - 357
1	2	2	3	A	365 - 381
2	2	2	3	B	365 - 381
1	3	2	3	A	383 - 400
2	3	2	3	B	383 - 400
1	1	3	3	A	401 - 409
2	1	3	3	B	401 - 409
1	2	3	3	A	411 - 464
2	2	3	3	B	411 - 464
1	1	4	3	C	54 - 141
2	1	4	3	D	54 - 141
1	2	4	3	C	145 - 222
2	2	4	3	D	145 - 222
1	1	5	6	A	1101 - 1102
2	1	5	6	B	1101 - 1102
1	1	6	6	A	801
2	1	6	6	B	801
1	1	7	6	A	901
2	1	7	6	B	901
1	1	8	3	A	101 - 150
2	1	8	3	B	101 - 150
1	1	9	3	A	201 - 250
2	1	9	3	B	201 - 250
1	1	10	3	A	50 - 70
2	1	10	3	B	50 - 70
1	2	10	3	A	72 - 100
2	2	10	3	B	72 - 100
1	1	11	3	A	151 - 200
2	1	11	3	B	151 - 200
1	1	12	3	A	251 - 300
2	1	12	3	B	251 - 300
1	1	13	3	A	301 - 319
2	1	13	3	B	301 - 319
1	2	13	3	A	321 - 350
2	2	13	3	B	321 - 350
1	1	14	6	A	1401
2	1	14	6	B	1401
1	1	15	6	A	1001 - 1011
2	1	15	6	B	1001 - 1011

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15

-
タンパク質 , 2種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B / TOLL-LIKE RECEPTOR 5B 分子量: 51169.230 Da / 分子数: 2 / 変異: V24E/L124V/Q159K/R227K/S229T/D334N / 由来タイプ: 組換発現詳細: Fusion protein of tlr5B (B3DIN1, UNP residues 23-390) and Variable lymphocyte receptor B (Q4G1L2, UNP residues 126-200) 由来: (組換発現) Danio rerio (ゼブラフィッシュ), (組換発現) Eptatretus burgeri (ヌタウナギ) 遺伝子: tlr5b, VLRB / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: B3DIN1, UniProt: Q4G1L2
#2: タンパク質	Flagellin 分子量: 19254.148 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 54-230 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. spizizenii strain W23 (バクテリア) 株: W23 / 遺伝子: hag, BSUW23_17335 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0U497

#1: タンパク質

Tlr5b protein,Variable lymphocyte receptor B / TOLL-LIKE RECEPTOR 5B

分子量: 51169.230 Da / 分子数: 2 / 変異: V24E/L124V/Q159K/R227K/S229T/D334N / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Fusion protein of tlr5B (B3DIN1, UNP residues 23-390) and Variable lymphocyte receptor B (Q4G1L2, UNP residues 126-200)
由来: (組換発現)

Danio rerio (ゼブラフィッシュ), (組換発現)

Eptatretus burgeri (ヌタウナギ)
遺伝子: tlr5b, VLRB / 発現宿主:

Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: B3DIN1, UniProt: Q4G1L2

#2: タンパク質

Flagellin

分子量: 19254.148 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 54-230 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Bacillus subtilis subsp. spizizenii strain W23 (バクテリア)
株: W23 / 遺伝子: hag, BSUW23_17335 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E0U497

-
糖 , 2種, 8分子

#3: 多糖

2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose

タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現

記述子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-	Glycam Condensed Sequence	GMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}	LINUCS	PDB-CARE

#4: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 467分子

#5: 化合物	ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル分子量: 194.226 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₈O₅ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 465 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.47 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.23 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.4 / 詳細: PEG 300, sodium acetate, pH 4.4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→30 Å / Num. obs: 80115 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.091 / Net I/σ(I): 16.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.5.0109	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3V47

3v47

解像度: 2.1→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.948 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.926 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.227 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23627	3987	5 %	RANDOM
R_work	0.19477	-	-	-
obs	0.19691	75311	97.95 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.3 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.3 Å²	0 Å²	1.11 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.51 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9429	0	166	465	10060

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.022	9880
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0	0.02	6525
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.507	1.973	13401
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	4.28	3	16025
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.946	5	1255
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.542	25.759	448
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.559	15	1720
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.421	15	36
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.091	0.2	1569
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	10991
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.008	0.02	1875
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.71	1.5	6103
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0	1.5	2516
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.371	2	9818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.64	3	3777
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.461	4.5	3565
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	A	128	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
1	A	145	LOOSE POSITIONAL	0.03	5
1	A	128	TIGHT THERMAL	0.15	0.5
1	A	145	LOOSE THERMAL	0.16	10
2	A	248	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
2	A	297	LOOSE POSITIONAL	0.06	5
2	A	248	TIGHT THERMAL	0.21	0.5
2	A	297	LOOSE THERMAL	0.19	10
3	A	367	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
3	A	460	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
3	A	367	TIGHT THERMAL	0.22	0.5
3	A	460	LOOSE THERMAL	0.21	10
4	C	973	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
4	C	977	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
4	C	973	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
4	C	977	LOOSE THERMAL	0.17	10
5	A	44	LOOSE POSITIONAL	0.49	5
5	A	44	LOOSE THERMAL	3.6	10
6	A	22	LOOSE POSITIONAL	0.24	5
6	A	22	LOOSE THERMAL	3.5	10
7	A	22	LOOSE POSITIONAL	0.23	5
7	A	22	LOOSE THERMAL	0.48	10
8	A	295	TIGHT POSITIONAL	0.03	0.05
8	A	340	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
8	A	295	TIGHT THERMAL	0.16	0.5
8	A	340	LOOSE THERMAL	0.16	10
9	A	299	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
9	A	409	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
9	A	299	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
9	A	409	LOOSE THERMAL	0.21	10
10	A	295	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
10	A	346	LOOSE POSITIONAL	0.05	5
10	A	295	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
10	A	346	LOOSE THERMAL	0.15	10
11	A	300	TIGHT POSITIONAL	0.04	0.05
11	A	425	LOOSE POSITIONAL	0.04	5
11	A	300	TIGHT THERMAL	0.17	0.5
11	A	425	LOOSE THERMAL	0.19	10
12	A	292	TIGHT POSITIONAL	0.05	0.05
12	A	325	LOOSE POSITIONAL	0.06	5
12	A	292	TIGHT THERMAL	0.2	0.5
12	A	325	LOOSE THERMAL	0.24	10
13	A	295	TIGHT POSITIONAL	0.06	0.05
13	A	375	LOOSE POSITIONAL	0.07	5
13	A	295	TIGHT THERMAL	0.19	0.5
13	A	375	LOOSE THERMAL	0.21	10
14	A	30	LOOSE POSITIONAL	0.27	5
14	A	30	LOOSE THERMAL	2.14	10
15	A	22	LOOSE POSITIONAL	0.06	5
15	A	22	LOOSE THERMAL	0.32	10

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.294	254	-
R_work	0.252	5416	-
obs	-	-	95.6 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.726	0.1538	-0.1938	0.4347	-0.0093	0.6925	0.1085	0.0123	0.0555	-0.0753	-0.0272	0.0062	-0.0523	-0.0441	-0.0814	0.3923	0.0332	0.0024	0.1133	0.0148	0.0178	-7.996	1.054	57.484
2	0.9072	-0.3095	-0.0103	1.1961	0.069	0.7078	0.0048	-0.0238	0.047	0.1772	0.0205	0.1791	0.0168	-0.074	-0.0253	0.287	-0.0148	0.0578	0.2331	-0.0036	0.052	24.369	-5.154	20.156
3	1.175	0.0311	-1.0723	1.2469	0.2098	3.0572	-0.121	-0.0039	-0.1798	-0.1917	0.0028	-0.1276	0.3482	0.051	0.1183	0.4354	0.0003	0.0369	0.0829	0.0058	0.0489	3.112	-10.523	71.276
4	2.1679	0.262	-1.5654	1.6697	-0.2996	1.9636	-0.0679	0.0081	-0.2251	0.1372	-0.0272	0.2517	0.1253	-0.0882	0.0951	0.2879	-0.0306	0.0241	0.2427	0.016	0.0948	20.371	-16.718	2.89

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	23 - 464
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	24 - 464
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	54 - 222
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	54 - 222

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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