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- PDB-5gxu: Cystal structure of Arabidopsis ATR2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gxu
タイトルCystal structure of Arabidopsis ATR2
要素NADPH--cytochrome P450 reductase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / NADPH-CYTOCHROME P450 REDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


phenylpropanoid metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / chloroplast / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity ...phenylpropanoid metabolic process / oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen, NAD(P)H as one donor, and incorporation of one atom of oxygen / NADPH-hemoprotein reductase / NADPH-hemoprotein reductase activity / chloroplast / FMN binding / NADP binding / flavin adenine dinucleotide binding / membrane => GO:0016020 / oxidoreductase activity / endoplasmic reticulum membrane / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome P450 reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 ...NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome p450 Reductase; Chain A, domain 3 / NADPH-cytochrome P450 reductase / Nucleotide-binding domain of ferredoxin-NADP reductase (FNR) module / Translation factors / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Elongation Factor Tu (Ef-tu); domain 3 / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Up-down Bundle / Beta Barrel / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / NADPH--cytochrome P450 reductase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Niu, G. / Liu, L.
引用ジャーナル: FEBS J. / 年: 2017
タイトル: Structure of the Arabidopsis thaliana NADPH-cytochrome P450 reductase 2 (ATR2) provides insight into its function
著者: Niu, G. / Zhao, S. / Wang, L. / Dong, W. / Liu, L. / He, Y.
履歴
登録2016年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月15日Group: Database references
改定 1.22017年3月15日Group: Database references
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NADPH--cytochrome P450 reductase 2
B: NADPH--cytochrome P450 reductase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,1325
ポリマ－143,1052
非ポリマー2,0273
水6,756375
1
A: NADPH--cytochrome P450 reductase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7943
ポリマ－71,5521
非ポリマー1,2422
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1190 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area24430 Å2
手法PISA
2
B: NADPH--cytochrome P450 reductase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,3382
ポリマ－71,5521
非ポリマー7861
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1180 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.333, 61.821, 88.331
Angle α, β, γ (deg.)97.840, 100.510, 90.270
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 NADPH--cytochrome P450 reductase 2 / P450R 2


分子量: 71552.453 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 73-711 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ATR2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SUM3, NADPH-hemoprotein reductase
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H33N9O15P2 / コメント: FAD*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 375 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.17 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 21% (w/v)5000 MME, 0.1M MES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 48501 / % possible obs: 96.7 % / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.073 / Net I/σ(I): 10.9
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 2 % / Rmerge(I) obs: 0.452 / Mean I/σ(I) obs: 2.03 / CC1/2: 0.573 / % possible all: 97.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.1_1168精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1amo

1amo


解像度: 2.3→30.608 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 27.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2483 2355 5.13 %
Rwork0.1996 --
obs0.2021 45927 90.77 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 53.99 Å2 / Biso mean: 22.24 Å2 / Biso min: 7.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→30.608 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7239 0 137 375 7751
Biso mean--17.64 21.41 -
残基数----946
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0067597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01310344
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671136
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041319
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.1892728
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 17

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.3-2.34690.2774860.21841781186764
2.3469-2.39790.31071090.23821992210170
2.3979-2.45370.28551030.23772135223876
2.4537-2.5150.31741380.2392398253685
2.515-2.5830.32981330.24832628276193
2.583-2.6590.3041400.24792738287897
2.659-2.74470.28341590.24612722288197
2.7447-2.84280.29471450.23692760290597
2.8428-2.95650.27481560.23422778293498
2.9565-3.09090.32071510.2312765291698
3.0909-3.25370.27941400.21592764290497
3.2537-3.45730.26691550.19772732288797
3.4573-3.72380.221700.18352672284297
3.7238-4.09780.22621330.17572716284996
4.0978-4.68890.18291440.1652715285995
4.6889-5.90060.23731430.17512672281595
5.9006-30.61040.19041500.16712604275493

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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