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- PDB-5gxe: Crystal structure of Acryloyl-CoA reductase AcuI in complex with NADPH -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gxe
タイトルCrystal structure of Acryloyl-CoA reductase AcuI in complex with NADPH
要素Acrylyl-CoA reductase AcuI
キーワードOXIDOREDUCTASE / AcuI / Acryloyl-CoA / reductase
機能・相同性
機能・相同性情報


acrylyl-CoA reductase (NADPH) / acryloyl-CoA reductase (NADPH) activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Acrylyl-CoA reductase AcuI / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily ...Acrylyl-CoA reductase AcuI / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Acrylyl-CoA reductase AcuI
類似検索 - 構成要素
生物種Ruegeria pomeroyi (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.696 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / Wang, P. / Cao, H.Y.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Acryloyl-CoA reductase AcuI in complex with NADPH
著者: Zhang, Y.Z. / Wang, P. / Cao, H.Y.
履歴
登録2016年9月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年9月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acrylyl-CoA reductase AcuI
B: Acrylyl-CoA reductase AcuI
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,7284
ポリマ－69,2412
非ポリマー1,4872
水15,889882
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4700 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area24160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.903, 111.277, 74.526
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-605-

HOH

21A-784-

HOH

31B-921-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Acrylyl-CoA reductase AcuI / Acryloyl-coenzyme A reductase


分子量: 34620.547 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Ruegeria pomeroyi (strain ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3) (バクテリア)
株: ATCC 700808 / DSM 15171 / DSS-3 / 遺伝子: acuI, SPO1914 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q5LS56, acrylyl-CoA reductase (NADPH)
#2: 化合物 ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 882 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.79 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M Bis-Tris propane, 20% PEG3350, 0.2M NaBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9791 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.593→50 Å / Num. obs: 88547 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 47.43
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3NX4

3nx4


解像度: 1.696→37.602 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1977 3588 4.87 %
Rwork0.1678 --
obs0.1692 73694 99.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.696→37.602 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4860 0 96 882 5838
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065054
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8526902
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.2823084
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004886
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6959-1.71820.22361320.19652409X-RAY DIFFRACTION92
1.7182-1.74170.24281310.19412706X-RAY DIFFRACTION100
1.7417-1.76660.25431630.18652625X-RAY DIFFRACTION99
1.7666-1.7930.22971410.19172686X-RAY DIFFRACTION100
1.793-1.8210.26841500.19662668X-RAY DIFFRACTION99
1.821-1.85090.22541300.18342673X-RAY DIFFRACTION100
1.8509-1.88280.28081460.18572654X-RAY DIFFRACTION100
1.8828-1.9170.2181370.18092703X-RAY DIFFRACTION100
1.917-1.95390.22831360.17132670X-RAY DIFFRACTION99
1.9539-1.99380.21061230.16622672X-RAY DIFFRACTION99
1.9938-2.03710.22231330.16342683X-RAY DIFFRACTION100
2.0371-2.08450.19641430.16162686X-RAY DIFFRACTION100
2.0845-2.13660.19191450.162702X-RAY DIFFRACTION100
2.1366-2.19440.18051190.15872718X-RAY DIFFRACTION100
2.1944-2.25890.2391370.15812685X-RAY DIFFRACTION100
2.2589-2.33180.18011440.16832686X-RAY DIFFRACTION100
2.3318-2.41520.22261540.17242693X-RAY DIFFRACTION100
2.4152-2.51190.22191370.17942693X-RAY DIFFRACTION100
2.5119-2.62610.24241380.17162719X-RAY DIFFRACTION100
2.6261-2.76460.20491150.18032750X-RAY DIFFRACTION100
2.7646-2.93770.19171170.17222751X-RAY DIFFRACTION100
2.9377-3.16440.19571510.17132707X-RAY DIFFRACTION100
3.1644-3.48270.18581420.16832747X-RAY DIFFRACTION100
3.4827-3.98610.16121320.1572779X-RAY DIFFRACTION100
3.9861-5.02020.1621490.14382777X-RAY DIFFRACTION99
5.0202-37.61070.17211430.17222864X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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