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- PDB-5gv1: Crystal structure of ENZbleach xylanase wild type -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gv1
タイトルCrystal structure of ENZbleach xylanase wild type
要素Endo-1,4-beta-xylanase
キーワードHYDROLASE / Endo-1 / 4-beta-xylanase / GH11 xylanase
生物種termite gut metagenome (メタゲノム)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
Model detailsCrystal structure of ENZbleach xylanase wild type
データ登録者Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Boonyapakorn, K. / Noytanom, K.
資金援助 タイ, 1件
組織認可番号国
National Center for Genetic Engineering and Biotechnology タイ
引用ジャーナル: J. Biotechnol. / 年: 2017
タイトル: Structure-based protein engineering for thermostable and alkaliphilic enhancement of endo-beta-1,4-xylanase for applications in pulp bleaching
著者: Boonyapakron, K. / Jaruwat, A. / Liwnaree, B. / Nimchua, T. / Champreda, V. / Chitnumsub, P.
履歴
登録2016年9月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-1,4-beta-xylanase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8431
ポリマ－35,8431
非ポリマー00
水7,494416
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area11250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.716, 62.519, 61.247
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.900, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Endo-1,4-beta-xylanase


分子量: 35842.516 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) termite gut metagenome (メタゲノム)
プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Rosetta / 参照: endo-1,4-beta-xylanase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 416 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Residues (-35)-0 and 274-286 in the sample sequence are His-tag sequence. Residues 1-273 in the ...Residues (-35)-0 and 274-286 in the sample sequence are His-tag sequence. Residues 1-273 in the sample sequence is the xylanase protein.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.38 % / Mosaicity: 0.78 °
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6.5 / 詳細: PEG 1500, 0.1 M Bis-Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年1月14日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 38524 / % possible obs: 91 % / 冗長度: 2.27 % / Biso Wilson estimate: 10.184 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.5-1.552.250.114.5185.8
1.55-1.622.260.0885.6187.9
1.62-1.692.270.0786.4188.8
1.69-1.782.260.0657.7189.8
1.78-1.892.260.0569.4191.1
1.89-2.042.260.0511.4192.6
2.04-2.242.270.04613.3193
2.24-2.562.280.04514.3194.7
2.56-3.232.290.04216.9194.9
3.23-29.912.280.03520.8191.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
d*TREK7.1SSIデータ収集
d*TREK7.1SSIデータスケーリング
PHASER2.3.0位相決定
REFMAC5.6.0117精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1IG0

1ig0


解像度: 1.5→29.91 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.943 / SU B: 1.234 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.09 / ESU R Free: 0.081
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2002 1991 5 %RANDOM
Rwork0.1897 ---
obs0.1902 37833 92.42 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å
原子変位パラメータBiso max: 41.07 Å2 / Biso mean: 9.488 Å2 / Biso min: 4.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.05 Å20 Å2-0.07 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.5→29.91 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2131 0 0 416 2547
Biso mean---17.02 -
残基数----270
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.022191
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9521.9212973
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.165269
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.06724.128109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.89115336
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.2591511
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0620.2299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0211732
LS精密化 シェル解像度: 1.5→1.539 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.306 116 -
Rwork0.259 2590 -
all-2706 -
obs--87.4 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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