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- PDB-5guh: Crystal structure of silkworm PIWI-clade Argonaute Siwi bound to piRNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5guh
タイトルCrystal structure of silkworm PIWI-clade Argonaute Siwi bound to piRNA
要素
  • PIWI
  • RNA (28-MER)
キーワードHYDROLASE/RNA / Nuclease / RNaseH / HYDROLASE-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


female sex determination / PET complex / secondary piRNA processing / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / piRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / spermatogenesis ...female sex determination / PET complex / secondary piRNA processing / piRNA binding / piRNA-mediated gene silencing by mRNA destabilization / piRNA processing / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / RNA endonuclease activity / meiotic cell cycle / spermatogenesis / cell differentiation / magnesium ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Piwi domain profile. / Piwi domain / Piwi domain / Piwi / PAZ domain superfamily / PAZ / PAZ domain / PAZ domain profile. / PAZ domain / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Piwi-like protein Siwi
類似検索 - 構成要素
生物種Bombyx mori (カイコ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Matsumoto, N. / Nishimasu, H. / Ishitani, R. / Nureki, O.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Silkworm PIWI-Clade Argonaute Siwi Bound to piRNA
著者: Matsumoto, N. / Nishimasu, H. / Sakakibara, K. / Nishida, K.M. / Hirano, T. / Ishitani, R. / Siomi, H. / Siomi, M.C. / Nureki, O.
履歴
登録2016年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年9月27日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: diffrn_detector / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _diffrn_detector.detector / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PIWI
B: RNA (28-MER)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,5584
ポリマ－110,5102
非ポリマー492
水1,51384
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area33490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.899, 114.619, 136.718
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 PIWI / Piwi / Siwi / Uncharacterized protein


分子量: 101484.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The N-terminal region (residues 1-129) was truncated by thermolysin treatment.
由来: (天然) Bombyx mori (カイコ) / 参照: UniProt: A8D8P8
#2: RNA鎖 RNA (28-MER)


分子量: 9025.553 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然
詳細: The bound RNAs are co-purified endogenous piRNAs, which have divergent sequences and lengths.
由来: (天然) Bombyx mori (カイコ)
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.95 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 50mM potassium phosphate monobasic, 20% PEG8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年12月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→114.62 Å / Num. obs: 38755 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 8
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
DIALSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4OLB

4olb


解像度: 2.4→87.835 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.68 / 位相誤差: 26.01
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2355 2000 5.17 %
Rwork0.2092 --
obs0.2106 38660 99.53 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 187.16 Å2 / Biso mean: 67.4326 Å2 / Biso min: 18.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→87.835 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5828 164 2 84 6078
Biso mean--45.49 47.39 -
残基数----767
LS精密化 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / Rfactor Rfree: 0.3474 / Rfactor Rwork: 0.2988
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.61860.3986-1.43751.1714-1.48133.3523-0.0812-0.1752-0.19420.23-0.0521-0.0436-0.25030.1790.12580.41470.0398-0.01580.45650.10420.562551.5816-1.7219102.9133
21.3458-0.5384-0.26371.52960.01880.687-0.0423-0.25120.14510.2508-0.0024-0.1365-0.0164-0.0040.02040.2833-0.0435-0.03610.359-0.00340.273140.052228.266987.0827
30.1033-0.41420.33112.6334-3.20315.93830.25930.0616-0.0941-1.2413-0.8874-0.51341.18660.41140.52910.5280.0189-0.12590.70180.03760.875549.898319.8274103.002
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 130 through 449 )A130 - 449
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 450 through 899 )A450 - 899
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 1 through 28 )B1 - 28

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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