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- PDB-5guf: Structural insight into an intramembrane enzyme for archaeal memb... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5guf
タイトルStructural insight into an intramembrane enzyme for archaeal membrane lipids biosynthesis
要素CDP-archaeol synthase
キーワードTRANSFERASE / membrane protein / cars
機能・相同性
機能・相同性情報


CDP-2,3-bis-(O-geranylgeranyl)-sn-glycerol synthase / CTP:2,3-di-O-geranylgeranyl-sn-glycero-1-phosphate cytidyltransferase activity / glycerophospholipid biosynthetic process / plasma membrane => GO:0005886
類似検索 - 分子機能
CDP-archaeol synthase, archaea / CDP-archaeol synthase / CDP-archaeol synthase
類似検索 - ドメイン・相同性
CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / : / CDP-archaeol synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.397 Å
データ登録者Cheng, W. / Ren, S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31570842 中国
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2017
タイトル: Structural and mechanistic insights into the biosynthesis of CDP-archaeol in membranes.
著者: Ren, S. / Caforio, A. / Yang, Q. / Sun, B. / Yu, F. / Zhu, X. / Wang, J. / Dou, C. / Fu, Q. / Huang, N. / Sun, Q. / Nie, C. / Qi, S. / Gong, X. / He, J. / Wei, Y. / Driessen, A.J. / Cheng, W.
履歴
登録2016年8月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CDP-archaeol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,6366
ポリマ－19,0401
非ポリマー5955
水1,33374
1
A: CDP-archaeol synthase
ヘテロ分子

A: CDP-archaeol synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,27112
ポリマ－38,0812
非ポリマー1,19010
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3960 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area14980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.505, 89.249, 98.876
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-301-

HOH

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要素

#1: タンパク質 CDP-archaeol synthase / CDP-2 / 3-bis-(O-geranylgeranyl)-sn-glycerol synthase


分子量: 19040.424 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)
株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: carS, APE_0433
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q9YF05, CDP-2,3-bis-(O-geranylgeranyl)-sn-glycerol synthase
#2: 化合物 ChemComp-CTP / CYTIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / CTP


分子量: 483.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H16N3O14P3
#3: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 74 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.15 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 200mM NaCl, 20% (w/v) PEG 400, 100mM Tris/HCl pH 8.0

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9973 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9973 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.38→47.7 Å / Num. obs: 9961 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 10.2 % / Biso Wilson estimate: 37.701436451 Å2 / Net I/σ(I): 24.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2719)精密化
HKL-3000data processing
Aimlessデータ削減
XDSデータ抽出
精密化解像度: 2.397→44.625 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 23.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2489 995 9.99 %
Rwork0.2072 --
obs0.2114 9958 98.26 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.397→44.625 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1133 0 33 74 1240
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.021186
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9941625
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.496940
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.051199
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007205
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3968-2.52320.30781250.23461148X-RAY DIFFRACTION90
2.5232-2.68130.25551470.20891258X-RAY DIFFRACTION99
2.6813-2.88830.25231320.19321281X-RAY DIFFRACTION100
2.8883-3.17880.21861410.18141297X-RAY DIFFRACTION100
3.1788-3.63860.19481500.1771294X-RAY DIFFRACTION100
3.6386-4.58360.26041460.19571312X-RAY DIFFRACTION100
4.5836-44.63220.26991540.24441373X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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