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万見
- PDB-5gu6: Crystal structure of Human ERp44 form I -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gu6
タイトルCrystal structure of Human ERp44 form I
要素Endoplasmic reticulum resident protein 44
キーワードCHAPERONE / quality control
機能・相同性
機能・相同性情報


glycoprotein metabolic process / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / response to unfolded protein / cell redox homeostasis / response to endoplasmic reticulum stress / specific granule lumen / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane ...glycoprotein metabolic process / protein disulfide isomerase activity / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / response to unfolded protein / cell redox homeostasis / response to endoplasmic reticulum stress / specific granule lumen / protein folding / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum membrane / Neutrophil degranulation / cell surface / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Endoplasmic reticulum resident protein 44, TRX-like domain b' / Endoplasmic reticulum resident protein 44, TRX-like domain b / : / Thioredoxin-like domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin ...Endoplasmic reticulum resident protein 44, TRX-like domain b' / Endoplasmic reticulum resident protein 44, TRX-like domain b / : / Thioredoxin-like domain / Endoplasmic reticulum targeting sequence. / Thioredoxin / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Endoplasmic reticulum resident protein 44
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Watanabe, S. / Inaba, K.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of pH-dependent client binding by ERp44, a key regulator of protein secretion at the ER-Golgi interface
著者: Watanabe, S. / Harayama, M. / Kanemura, S. / Sitia, R. / Inaba, K.
履歴
登録2016年8月26日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月3日Group: Database references
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endoplasmic reticulum resident protein 44
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8672
ポリマ－43,8311
非ポリマー351
水2,000111
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area19630 Å2
2
A: Endoplasmic reticulum resident protein 44
ヘテロ分子

A: Endoplasmic reticulum resident protein 44
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7334
ポリマ－87,6622
非ポリマー712
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_554x-y,-y,-z-1/31
Buried area2890 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area36640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.630, 81.630, 139.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-558-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Endoplasmic reticulum resident protein 44 / ERp44 / Thioredoxin domain-containing protein 4


分子量: 43831.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 30-402 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ERP44, KIAA0573, TXNDC4, UNQ532/PRO1075 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9BS26
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 111 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.94 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.2 / 詳細: Polyethylene glycol (PEG) 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年4月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→19.61 Å / Num. obs: 36963 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 18.2 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 22.5
反射 シェル解像度: 2→2.07 Å / 冗長度: 11.14 % / Rmerge(I) obs: 1.125 / Mean I/σ(I) obs: 2.2 / CC1/2: 0.759 / % possible all: 99.12

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2R2J

2r2j


解像度: 2→19.607 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 27.84
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2405 1782 4.82 %
Rwork0.204 --
obs0.2057 36959 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→19.607 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3029 0 1 111 3141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043166
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6654297
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.8451187
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.048459
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006576
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2-2.05410.33421410.30572618X-RAY DIFFRACTION99
2.0541-2.11440.28641070.27722700X-RAY DIFFRACTION100
2.1144-2.18260.32421360.26022658X-RAY DIFFRACTION100
2.1826-2.26050.29521470.25162663X-RAY DIFFRACTION100
2.2605-2.35090.31781340.25352678X-RAY DIFFRACTION100
2.3509-2.45770.26981210.24942695X-RAY DIFFRACTION100
2.4577-2.5870.25051470.24452675X-RAY DIFFRACTION100
2.587-2.74860.31051380.25512705X-RAY DIFFRACTION100
2.7486-2.96020.32051210.2552729X-RAY DIFFRACTION100
2.9602-3.25690.29851470.24992721X-RAY DIFFRACTION100
3.2569-3.72530.2621230.20512755X-RAY DIFFRACTION100
3.7253-4.6830.19771780.16192724X-RAY DIFFRACTION100
4.683-19.60780.19471420.17032856X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.23870.4491-0.17682.9139-0.51091.97290.1408-0.4654-0.24310.7098-0.1232-0.4338-0.0280.264-0.04370.6333-0.0233-0.20890.39450.02920.4656-28.1113.59466.8707
23.5637-0.39220.3164.7412-0.97931.82360.2250.0975-0.4446-0.17060.0125-0.86670.23080.4466-0.18340.4822-0.0232-0.08440.5747-0.02650.6359-7.033622.45-3.4393
31.77010.3228-0.75651.8801-1.25983.977-0.05340.23570.32260.1527-0.1516-0.3075-0.68260.06420.17870.589-0.0259-0.15080.29390.06180.4783-31.803314.4704-25.5896
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid -4 through 112)
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 113 through 215 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 216 through 373 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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