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- PDB-5gu5: Crystal structure of p24gamma2 GOLD domain determined by sulfur-SAD -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gu5
タイトルCrystal structure of p24gamma2 GOLD domain determined by sulfur-SAD
要素Transmembrane emp24 domain-containing protein 5
キーワードTRANSPORT PROTEIN / GPI-anchored protein / p24 protein family
機能・相同性
機能・相同性情報


WNT ligand biogenesis and trafficking / Golgi ribbon formation / cis-Golgi network / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / endoplasmic reticulum exit site / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / protein transport / endoplasmic reticulum membrane
類似検索 - 分子機能
Transmembrane emp24 domain-containing protein / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / emp24/gp25L/p24 family/GOLD / GOLD domain superfamily / GOLD domain / GOLD domain profile.
類似検索 - ドメイン・相同性
BROMIDE ION / Transmembrane emp24 domain-containing protein 5
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Nagae, M. / Yamaguchi, Y.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Takeda Science Foundation 日本
MEXT25121738 日本
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2017
タイトル: Crystallographic analysis of murine p24 gamma 2 Golgi dynamics domain
著者: Nagae, M. / Liebschner, D. / Yamada, Y. / Morita-Matsumoto, K. / Matsugaki, N. / Senda, T. / Fujita, M. / Kinoshita, T. / Yamaguchi, Y.
履歴
登録2016年8月25日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年1月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transmembrane emp24 domain-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,2943
ポリマ－13,1351
非ポリマー1602
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area290 Å2
ΔGint-1 kcal/mol
Surface area6650 Å2
2
A: Transmembrane emp24 domain-containing protein 5
ヘテロ分子

A: Transmembrane emp24 domain-containing protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5896
ポリマ－26,2692
非ポリマー3204
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation12_554x,x-y,-z-1/31
Buried area2500 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area11380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)79.410, 79.410, 125.948
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number181
Space group name H-MP6422

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要素

#1: タンパク質 Transmembrane emp24 domain-containing protein 5 / p24 family protein gamma-2 / p24gamma2


分子量: 13134.519 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 33-144 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Tmed5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9CXE7
#2: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.36 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 60% (v/v) Tascimate (pH 8.0)

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月12日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→100 Å / Num. obs: 6265 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 12.8 % / Rsym value: 0.083 / Net I/σ(I): 72.1
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / 冗長度: 12.9 % / Rmerge(I) obs: 0.762 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10_2155: 000)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX(1.10_2155: 000)位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.8→35.833 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.21
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2739 282 4.57 %
Rwork0.224 --
obs0.2261 6165 98.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→35.833 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数871 0 2 0 873
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.004891
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.731200
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.063527
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.05126
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004158
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8002-3.52750.37731310.30212876X-RAY DIFFRACTION100
3.5275-35.83620.24671510.20113007X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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