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万見
- PDB-5gtm: Modified human MxA, nucleotide-free form -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gtm
タイトルModified human MxA, nucleotide-free form
要素Interferon-induced GTP-binding protein Mx1
キーワードANTIVIRAL PROTEIN / hydrolysis / antiviral activity
機能・相同性
機能・相同性情報


interleukin-27-mediated signaling pathway / response to type I interferon / negative regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / defense response / Interferon alpha/beta signaling / microtubule binding / nuclear membrane ...interleukin-27-mediated signaling pathway / response to type I interferon / negative regulation of viral genome replication / antiviral innate immune response / response to virus / ISG15 antiviral mechanism / defense response / Interferon alpha/beta signaling / microtubule binding / nuclear membrane / microtubule / defense response to virus / innate immune response / GTPase activity / apoptotic process / endoplasmic reticulum membrane / GTP binding / perinuclear region of cytoplasm / signal transduction / identical protein binding / membrane / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain ...Dynamin GTPase effector / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin GTPase effector domain / Dynamin, GTPase region, conserved site / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain signature. / Dynamin stalk domain / Dynamin central region / GTPase effector domain / GED domain profile. / Dynamin, GTPase domain / Dynamin, GTPase / Dynamin / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain / Dynamin-type guanine nucleotide-binding (G) domain profile. / Dynamin, N-terminal / Dynamin family / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Interferon-induced GTP-binding protein Mx1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.896 Å
データ登録者Chen, Y. / Gao, S.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31200553 中国
Ministry of Science and Technology of the People's Republic of China2013CB910500 中国
Ministry of Education of the People's Republic of ChinaNCET-12-0567 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Conformational dynamics of dynamin-like MxA revealed by single-molecule FRET
著者: Chen, Y. / Zhang, L. / Graf, L. / Yu, B. / Liu, Y. / Kochs, G. / Zhao, Y. / Gao, S.
履歴
登録2016年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年6月7日Group: Database references
改定 1.22017年6月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Interferon-induced GTP-binding protein Mx1
B: Interferon-induced GTP-binding protein Mx1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,8592
ポリマ－136,8592
非ポリマー00
水543
1
A: Interferon-induced GTP-binding protein Mx1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4301
ポリマ－68,4301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Interferon-induced GTP-binding protein Mx1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,4301
ポリマ－68,4301
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.180, 60.160, 153.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.62, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Interferon-induced GTP-binding protein Mx1 / Interferon-induced protein p78 / IFI-78K / Interferon-regulated resistance GTP-binding protein MxA ...Interferon-induced protein p78 / IFI-78K / Interferon-regulated resistance GTP-binding protein MxA / Myxoma resistance protein 1 / Myxovirus resistance protein 1


分子量: 68429.711 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 33-662 / 変異: M527D, YRGR440-443AAAA, I376S, K614S, L617S, L620S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MX1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P20591
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細V379I IS NATURAL VARIANT ACCORDING TO DATABASE P20591 (MX1_HUMAN).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.96 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM ammonium citrate tribasic (pH 7.0), 12% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97946 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月2日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97946 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.896→39.2 Å / Num. obs: 42599 / % possible obs: 98.84 % / 冗長度: 3.52 % / Rmerge(I) obs: 0.122 / Net I/σ(I): 11.2
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P4U, 3LJB

4p4u

3ljb


解像度: 2.896→39.198 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2634 2070 4.92 %
Rwork0.2038 --
obs0.2066 42599 98.84 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.896→39.198 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8451 0 0 3 8454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018561
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.35611507
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8623317
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0591329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061476
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8957-2.96310.35621290.28852395X-RAY DIFFRACTION90
2.9631-3.03710.29731340.25512653X-RAY DIFFRACTION100
3.0371-3.11920.31011440.24822672X-RAY DIFFRACTION100
3.1192-3.2110.30731480.23492637X-RAY DIFFRACTION100
3.211-3.31450.31131440.23542719X-RAY DIFFRACTION100
3.3145-3.43290.26131410.22862649X-RAY DIFFRACTION100
3.4329-3.57030.26351440.20962669X-RAY DIFFRACTION100
3.5703-3.73270.26561360.19892698X-RAY DIFFRACTION100
3.7327-3.92930.27761300.19352668X-RAY DIFFRACTION100
3.9293-4.17520.20921300.19592702X-RAY DIFFRACTION100
4.1752-4.49720.26131300.19212662X-RAY DIFFRACTION99
4.4972-4.9490.23821310.17172733X-RAY DIFFRACTION99
4.949-5.66320.25331520.19882676X-RAY DIFFRACTION99
5.6632-7.12810.29471400.23212711X-RAY DIFFRACTION99
7.1281-39.20110.22631370.16912781X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.8378-0.0610.94980.939-0.34064.85730.1403-0.0254-0.1323-0.07920.32610.54690.0863-0.9-0.40691.56240.04650.13450.78060.17540.4679-50.211112.7564237.9724
23.0491-1.3732-1.31464.60380.92453.1244-0.0562-0.1843-0.34330.23560.0745-0.42190.08390.3356-0.06830.1284-0.036-0.07120.15180.01140.2888-18.5422-4.4309167.136
30.3366-0.4346-0.9540.78631.84444.4177-0.0559-0.1036-0.17171.0019-0.45650.4017-0.2912-0.94310.3491.25880.04060.29650.5073-0.01010.4785-38.401214.717193.9537
44.70660.0165-0.6021.12060.04170.5459-0.29251.33450.4009-0.55880.24170.4378-0.207-0.4102-0.03390.0283-0.1289-0.11920.93780.03721.387835.238316.131134.7096
52.181-1.1095-1.36833.74612.5544.31570.0658-0.21060.14360.813-0.07460.2122-0.7123-0.25140.00740.79770.09420.13420.1976-0.02460.2807-27.777131.2815177.1582
66.5215-1.9462-0.78110.6360.38970.6531-0.00910.4485-0.0807-0.5246-0.1252-0.9985-0.09150.3282-0.13620.2682-0.0380.13360.51590.05541.12812.26612.1552149.8822
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 48 through 360 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 361 through 604 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 605 through 661 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 48 through 360 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 361 through 621 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 622 through 661 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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