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- PDB-5gs5: Crystal structure of apo rat STING -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gs5
タイトルCrystal structure of apo rat STING
要素Stimulator of interferon genes protein
キーワードIMMUNE SYSTEM / rat STING
機能・相同性
機能・相同性情報


STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / IRF3-mediated induction of type I IFN / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / STING complex / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway ...STING mediated induction of host immune responses / STAT6-mediated induction of chemokines / IRF3-mediated induction of type I IFN / Regulation of innate immune responses to cytosolic DNA / STING complex / 2',3'-cyclic GMP-AMP binding / cyclic-di-GMP binding / positive regulation of type I interferon-mediated signaling pathway / reticulophagy / pattern recognition receptor signaling pathway / Neutrophil degranulation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / cellular response to exogenous dsRNA / autophagosome membrane / antiviral innate immune response / positive regulation of macroautophagy / cellular response to organic cyclic compound / autophagosome assembly / autophagosome / positive regulation of type I interferon production / cellular response to interferon-beta / signaling adaptor activity / positive regulation of defense response to virus by host / activation of innate immune response / positive regulation of interferon-beta production / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / protein serine/threonine kinase activator activity / molecular function activator activity / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / peroxisome / positive regulation of protein binding / protein complex oligomerization / regulation of inflammatory response / regulation of gene expression / defense response to virus / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / mitochondrial outer membrane / endosome / Golgi membrane / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / protein kinase binding / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / endoplasmic reticulum / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Stimulator of interferon genes protein / : / Stimulator of interferon genes protein / Stimulator of interferon genes protein, C-terminal domain superfamily / Transmembrane protein 173 / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Stimulator of interferon genes protein
類似検索 - 構成要素
生物種Rattus norvegicus (ドブネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.84 Å
データ登録者Zhang, H. / Han, M.J. / Tao, J.L. / Ye, Z.Y. / Du, X.X. / Deng, M.J. / Zhang, X.Y. / Li, L.F. / Jiang, Z.F. / Su, X.D.
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of apo ratSTING
著者: Zhang, H. / Han, M.J. / Tao, J.L. / Ye, Z.Y. / Du, X.X. / Deng, M.J. / Zhang, X.Y. / Li, L.F. / Jiang, Z.F. / Su, X.D.
#1: ジャーナル: Sci Rep. / 年: 2015
タイトル: Rat and human STINGs profile similarly towards anticancer/antiviral compounds
著者: Zhang, H. / Han, M.J. / Tao, J.L. / Ye, Z.Y. / Du, X.X. / Deng, M.J. / Zhang, X.Y. / Li, L.F. / Jiang, Z.F. / Su, X.D.
履歴
登録2016年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Stimulator of interferon genes protein
B: Stimulator of interferon genes protein
C: Stimulator of interferon genes protein
D: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)102,16213
ポリマ－101,2984
非ポリマー8659
水10,809600
1
A: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

C: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,1297
ポリマ－50,6492
非ポリマー4805
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_445-x-1/2,y-1/2,-z1
Buried area3010 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area21330 Å2
手法PISA
2
B: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子

D: Stimulator of interferon genes protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,0336
ポリマ－50,6492
非ポリマー3844
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_546-x+1/2,y-1/2,-z+11
Buried area3050 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area21370 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.290, 75.510, 87.640
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.350, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-564-

HOH

21B-650-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1

Dom-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1GLYGLYGLNGLNchain AAA136 - 33520 - 219
2SERSERALAALAchain BBB137 - 34121 - 225
3HISHISALAALAchain CCC126 - 34110 - 225
4SERSERALAALAchain DDD127 - 33911 - 223

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要素

#1: タンパク質
Stimulator of interferon genes protein / rSTING / Transmembrane protein 173


分子量: 25324.426 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 140-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rattus norvegicus (ドブネズミ) / 遺伝子: Tmem173, Sting / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F1M391
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 600 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.14 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.4 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 200mM NaCl, 20mM MES pH6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: CCD / 日付: 2014年2月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.84→50 Å / Num. obs: 70041 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 3.75 % / Net I/σ(I): 12.54
反射 シェル解像度: 1.84→1.92 Å / 冗長度: 3.85 % / Rmerge(I) obs: 0.76 / Mean I/σ(I) obs: 2.23 / % possible all: 98.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.8.2_1309精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4LOJ

4loj


解像度: 1.84→42.728 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2219 3529 5.04 %
Rwork0.1812 --
obs0.1833 70033 98.95 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 102.25 Å2 / Biso mean: 25.37 Å2 / Biso min: 3.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.84→42.728 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6579 0 45 600 7224
Biso mean--34.3 32.57 -
残基数----834
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0086749
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2929126
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.099973
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061218
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7442520
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4020X-RAY DIFFRACTION18.293TORSIONAL
12B4020X-RAY DIFFRACTION18.293TORSIONAL
13C4020X-RAY DIFFRACTION18.293TORSIONAL
14D4020X-RAY DIFFRACTION18.293TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 25

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.84-1.86520.37261460.32062630277699
1.8652-1.89190.37771310.29912603273498
1.8919-1.92010.29141290.26062656278599
1.9201-1.95010.28361140.24112632274698
1.9501-1.98210.28371250.22612655278098
1.9821-2.01620.26461430.22112613275699
2.0162-2.05290.29851470.22042644279198
2.0529-2.09240.26711090.21062676278599
2.0924-2.13510.27991380.20332654279299
2.1351-2.18150.22821570.19362652280999
2.1815-2.23230.2611370.19012626276399
2.2323-2.28810.2271560.18142637279399
2.2881-2.350.2291290.17792657278699
2.35-2.41910.22051530.1772665281899
2.4191-2.49720.20251760.18092619279599
2.4972-2.58640.2351400.18482683282399
2.5864-2.68990.21171540.17572652280699
2.6899-2.81230.2171430.17572705284899
2.8123-2.96060.2111560.16926402796100
2.9606-3.1460.21621490.1652696284599
3.146-3.38880.16861270.15992659278699
3.3888-3.72970.19431400.15162694283499
3.7297-4.2690.17211380.14262684282299
4.269-5.37680.18441360.15192706284299
5.3768-42.73940.21961560.18942766292299
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -10.9154 Å / Origin y: 67.7124 Å / Origin z: 22.9398 Å
111213212223313233
T0.108 Å20.0151 Å20.0088 Å2-0.149 Å2-0.0071 Å2--0.1428 Å2
L-0.0022 °20.0508 °20.0545 °2-0.0575 °20.0168 °2--0.0882 °2
S-0.003 Å °0.0196 Å °-0.0017 Å °-0.0412 Å °0.0065 Å °-0.0274 Å °-0.0122 Å °0.0089 Å °-0.0042 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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