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- PDB-5gs0: Crystal structure of the complex of TLR3 and bi-specific diabody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gs0
タイトルCrystal structure of the complex of TLR3 and bi-specific diabody
要素
  • (heavy chain (anti- ...) x 2
  • (light chain (anti- ...) x 2
  • Toll-like receptor 3
キーワードIMMUNE SYSTEM / diabody / antibody fragment / complex
機能・相同性
機能・相同性情報


TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / inflammatory response to wounding ...TLR3 deficiency - HSE / response to dsRNA / UNC93B1 deficiency - HSE / type III interferon production / positive regulation of type III interferon production / TICAM1 deficiency - HSE / TRAF3 deficiency - HSE / regulation of dendritic cell cytokine production / Toll Like Receptor 3 (TLR3) Cascade / inflammatory response to wounding / TLR3-mediated TICAM1-dependent programmed cell death / activation of NF-kappaB-inducing kinase activity / toll-like receptor 3 signaling pathway / detection of virus / necroptotic signaling pathway / RIP-mediated NFkB activation via ZBP1 / endolysosome membrane / positive regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Trafficking and processing of endosomal TLR / hyperosmotic response / positive regulation of macrophage cytokine production / toll-like receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / RSV-host interactions / response to exogenous dsRNA / negative regulation of osteoclast differentiation / ubiquitin-like protein ligase binding / positive regulation of interferon-alpha production / cellular response to interferon-beta / positive regulation of chemokine production / extrinsic apoptotic signaling pathway / JNK cascade / positive regulation of interleukin-12 production / Regulation of TBK1, IKKε-mediated activation of IRF3, IRF7 upon TLR3 ligation / extracellular matrix / TICAM1,TRAF6-dependent induction of TAK1 complex / TICAM1-dependent activation of IRF3/IRF7 / positive regulation of interferon-beta production / TICAM1, RIP1-mediated IKK complex recruitment / positive regulation of interleukin-8 production / positive regulation of JNK cascade / microglial cell activation / cellular response to mechanical stimulus / cellular response to virus / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / male gonad development / cellular response to xenobiotic stimulus / positive regulation of type II interferon production / positive regulation of angiogenesis / positive regulation of inflammatory response / positive regulation of tumor necrosis factor production / transmembrane signaling receptor activity / signaling receptor activity / double-stranded RNA binding / defense response to virus / early endosome / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / endosome membrane / defense response to bacterium / positive regulation of apoptotic process / Golgi membrane / lysosomal membrane / innate immune response / positive regulation of gene expression / endoplasmic reticulum membrane / signal transduction / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. ...Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / Toll-like receptor 3 trans-membrane domain / TIR domain / Leucine Rich repeat / Cysteine-rich flanking region, C-terminal / Leucine rich repeat C-terminal domain / Leucine-rich repeat, LRR (right-handed beta-alpha superhelix) / Ribonuclease Inhibitor / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Alpha-Beta Horseshoe / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Leucine-rich repeat, SDS22-like subfamily / Leucine rich repeat / Leucine-rich repeat, typical subtype / Leucine-rich repeats, typical (most populated) subfamily / Leucine-rich repeat profile. / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / alpha-D-mannopyranose / Toll-like receptor 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.275 Å
データ登録者Kim, J.H. / Song, D.H. / Youn, S.J. / Kim, J.W. / Cho, G. / Lee, H. / Lee, J.O.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science, ICT and Future PlanningNRF-2014R1A2A1A10050436 韓国
Ministry of Health & WelfareHI15C1886 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: Crystal structure of mono- and bi-specific diabodies and reduction of their structural flexibility by introduction of disulfide bridges at the Fv interface.
著者: Kim, J.H. / Song, D.H. / Youn, S.J. / Kim, J.W. / Cho, G. / Kim, S.C. / Lee, H. / Jin, M.S. / Lee, J.O.
履歴
登録2016年8月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_struct_oper_list / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年3月20日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
改定 1.42024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toll-like receptor 3
C: light chain (anti-TLR3)
D: heavy chain (anti-TLR3)
B: Toll-like receptor 3
E: light chain (anti-TLR3)
F: heavy chain (anti-TLR3)
X: heavy chain (anti-Lid)
Y: light chain (anti-Lid)
H: heavy chain (anti-Lid)
L: light chain (anti-Lid)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)262,27150
ポリマ－253,66910
非ポリマー8,60240
水00
1
A: Toll-like receptor 3
C: light chain (anti-TLR3)
D: heavy chain (anti-TLR3)
X: heavy chain (anti-Lid)
Y: light chain (anti-Lid)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,13625
ポリマ－126,8355
非ポリマー4,30120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Toll-like receptor 3
E: light chain (anti-TLR3)
F: heavy chain (anti-TLR3)
H: heavy chain (anti-Lid)
L: light chain (anti-Lid)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)131,13625
ポリマ－126,8355
非ポリマー4,30120
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)98.519, 141.329, 150.831
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.88, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Toll-like receptor 3


分子量: 76399.133 Da / 分子数: 2 / 断片: ectodomain (UNP RESIDUES 27-697) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TLR3 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: O15455

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抗体 , 4種, 8分子 CEDFXHYL

#2: 抗体 light chain (anti-TLR3)


分子量: 11492.433 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#3: 抗体 heavy chain (anti-TLR3)


分子量: 13862.422 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#4: 抗体 heavy chain (anti-Lid)


分子量: 13364.797 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)
#5: 抗体 light chain (anti-Lid)


分子量: 11715.908 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ)

-
糖 , 3種, 40分子

#6: 糖...
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 34 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#7: 糖
ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#8: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.85 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.05 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic pH 5.5, 19.5% PEG 2,000, 0.75 M Sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.275→50 Å / Num. obs: 58328 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 3.2 % / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 3.3→3.42 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3ULU, 5GRU

3ulu

5gru


解像度: 3.275→35.074 Å / SU ML: 0.43 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.4 / 位相誤差: 26.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2478 2795 4.79 %
Rwork0.1919 --
obs0.1945 58301 95.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.275→35.074 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17637 0 582 0 18219
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01118639
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3725372
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.08111048
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0742975
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.013182
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.275-3.33140.37551270.32442144X-RAY DIFFRACTION75
3.3314-3.3920.37151290.29922752X-RAY DIFFRACTION95
3.392-3.45710.29681310.28162720X-RAY DIFFRACTION95
3.4571-3.52760.31761210.26152780X-RAY DIFFRACTION95
3.5276-3.60430.32291240.25582734X-RAY DIFFRACTION95
3.6043-3.6880.29971200.2312787X-RAY DIFFRACTION95
3.688-3.78020.29761470.2182765X-RAY DIFFRACTION96
3.7802-3.88220.26351550.21092714X-RAY DIFFRACTION96
3.8822-3.99630.26541320.19662769X-RAY DIFFRACTION95
3.9963-4.12510.25031430.18822788X-RAY DIFFRACTION96
4.1251-4.27230.22731430.17752793X-RAY DIFFRACTION97
4.2723-4.4430.22961520.17382821X-RAY DIFFRACTION98
4.443-4.64480.2321380.16242828X-RAY DIFFRACTION98
4.6448-4.88910.2281490.15022850X-RAY DIFFRACTION98
4.8891-5.19450.20141640.15262851X-RAY DIFFRACTION99
5.1945-5.59410.21231460.15022846X-RAY DIFFRACTION99
5.5941-6.15430.21511420.16542938X-RAY DIFFRACTION99
6.1543-7.03860.24021380.18132905X-RAY DIFFRACTION100
7.0386-8.84440.2411540.19942888X-RAY DIFFRACTION100
8.8444-35.07630.23941400.18792833X-RAY DIFFRACTION95

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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