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万見
- PDB-5gqs: NMR based solution structure of PTS system, galactitol-specific I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gqs
タイトルNMR based solution structure of PTS system, galactitol-specific IIB component from methicillin resistant Staphylococcus aureus
要素PTS galactitol transporter subunit IIB
キーワードTRANSPORT PROTEIN / A four stranded parallel beta sheet / two alpha helices
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-Npi-phosphohistidine-sugar phosphotransferase / protein-N(PI)-phosphohistidine-sugar phosphotransferase activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; キナーゼ（アルコールにつなげるもの） / phosphoenolpyruvate-dependent sugar phosphotransferase system
類似検索 - 分子機能
Phosphotransferase system, EIIB component, type 2 / PTS_EIIB type-2 domain profile. / Phosphotransferase system, EIIB component, type 2/3 / PTS system IIB component-like superfamily / PTS system, Lactose/Cellobiose specific IIB subunit / Response regulator / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PTS galactitol transporter subunit IIB / PTS system component, putative
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法溶液NMR
データ登録者Wahab, A. / Schwalbe, H. / Shahid, M.F. / Richter, C. / Jonker, H.R.A.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR based solution structure of PTS system, galactitol-specific IIB component from methicillin resistant Staphylococcus aureus
著者: Wahab, A. / Schwalbe, H. / Shahid, M.F. / Richter, C. / Jonker, H.R.A.
履歴
登録2016年8月8日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Other / Structure summary
カテゴリ: database_2 / entity ...database_2 / entity / pdbx_database_status / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_prerelease_seq
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PTS galactitol transporter subunit IIB


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,1911
ポリマ－10,1911
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100target function
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 PTS galactitol transporter subunit IIB


分子量: 10190.821 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Cell: Bacterium / 遺伝子: QU38_14570 / Cell (発現宿主): T7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0D1JRP2, UniProt: Q2G2B6*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic22D 1H-15N HSQC
121isotropic23D HN(CA)CB
131isotropic23D HNCO
141isotropic23D 1H-15N NOESY
151isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic
161isotropic13D 1H-13C NOESY aromatic

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 11.79 mg/mL 15N, 13C PTS system, galactitol-specific IIB component, 95% H2O/5% D2O
詳細: Double labeled PTS protein / Label: 15N, 13C labeled / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 11.79 mg/mL / 構成要素: PTS system, galactitol-specific IIB component / Isotopic labeling: 15N, 13C
試料状態詳細: 1.1 mM [U-13C6, 99%; 15N, 99%] protein, 50 mM Sodium Phosphate buffer, 50 mM NaCl, 1 mM DTT, 0.03% NaN3, 95% H2O/5% D2O, pH 6.9
イオン強度: 50 mM Sodium Phosphate, 50 mM NaCl mM / Ionic strength err: 0 / Label: 15N, 13C / pH: 6.9 / PH err: 0 / 圧: ambient / Pressure err: 0 / 温度: 298 K / Temperature err: 0

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Sparky3.114T. D. Goddard and D. G. Knellerchemical shift assignment
Sparky3.114T. D. Goddard and D. G. Knellerpeak picking
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
Sparky3.114T. D. Goddard and D. G. Knellerデータ解析
TopSpin3.5Bruker Biospin解析
TopSpin3.2Bruker Biospincollection
CYANA3.97Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichデータ解析
CARA1.8.4.2Keller and Wuthrichchemical shift assignment
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: target function / 計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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