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- PDB-5gpy: Crystal structure of the human TFIIE complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gpy
タイトルCrystal structure of the human TFIIE complex
要素
  • General transcription factor IIE subunit 1
  • Transcription initiation factor IIE subunit beta
キーワードTRANSCRIPTION / general transcription factor / RNA Polymerase II
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance ...transcription factor TFIIE complex / RNA polymerase II general transcription initiation factor activity / transcription factor TFIID complex / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / RNA polymerase II transcribes snRNA genes / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / transcription by RNA polymerase II / DNA binding / RNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain ...Transcription factor TFIIE alpha subunit, C-terminal / C-terminal general transcription factor TFIIE alpha / Transcription factor TFIIE beta subunit, DNA-binding domain / Transcription initiation factor TFIIE, beta subunit / TFA2, Winged helix domain 2 / TFIIE beta subunit core domain / TFA2 Winged helix domain 2 / TFIIE beta central core DNA-binding domain profile. / Transcription initiation factor IIE subunit alpha, N-terminal / Transcription factor TFE/TFIIEalpha HTH domain / TFIIEalpha/SarR/Rpc3 HTH domain / Transcription factor E / TFIIE alpha subunit / TFE/IIEalpha-type HTH domain profile. / Transcription initiation factor IIE / Zinc finger, TFIIB-type / TFIIB zinc-binding / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIE subunit 1 / Transcription initiation factor IIE subunit beta
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Obita, T. / Miwa, K. / Kojima, R. / Ohkuma, Y. / Tamura, Y. / Mizuguchi, M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2016
タイトル: Crystal Structure of Human General Transcription Factor TFIIE at Atomic Resolution
著者: Miwa, K. / Kojima, R. / Obita, T. / Ohkuma, Y. / Tamura, Y. / Mizuguchi, M.
履歴
登録2016年8月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: General transcription factor IIE subunit 1
B: Transcription initiation factor IIE subunit beta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,1363
ポリマ－38,0712
非ポリマー651
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area16830 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.520, 69.200, 116.530
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 General transcription factor IIE subunit 1 / General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha ...General transcription factor IIE 56 kDa subunit / Transcription initiation factor IIE subunit alpha / TFIIE-alpha


分子量: 25542.270 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 1-217 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E1, TF2E1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29083
#2: タンパク質 Transcription initiation factor IIE subunit beta / TFIIE-beta / General transcription factor IIE subunit 2


分子量: 12528.278 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 141-244 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2E2, TF2E2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P29084
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.9 / 詳細: 12% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1.282446 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.282446 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→59.5 Å / Num. obs: 24970 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 6.3
反射 シェル解像度: 2.1→2.21 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.752 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
SHELXD位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.1→41.325 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.21
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2372 1291 5.17 %
Rwork0.1985 --
obs0.2007 24970 99.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→41.325 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2290 0 1 77 2368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082324
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0063118
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.382903
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04346
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004403
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1-2.18410.3081500.29422572X-RAY DIFFRACTION100
2.1841-2.28350.36631390.27422569X-RAY DIFFRACTION100
2.2835-2.40390.2981380.25552605X-RAY DIFFRACTION100
2.4039-2.55440.28011440.23282604X-RAY DIFFRACTION100
2.5544-2.75160.24711550.21982592X-RAY DIFFRACTION100
2.7516-3.02850.31061320.22712650X-RAY DIFFRACTION100
3.0285-3.46650.25141370.20262654X-RAY DIFFRACTION100
3.4665-4.36670.19851420.16542665X-RAY DIFFRACTION100
4.3667-41.33260.19511540.17162768X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.46520.11460.14434.2505-2.23529.3211-0.0075-0.26420.14230.05880.0599-0.1384-0.0999-0.0117-0.06620.2166-0.003-0.0090.2975-0.04890.237945.804521.239917.8983
21.97273.9123-2.36918.4881-5.24593.50740.03730.0824-0.01770.04060.0610.0112-0.21950.1952-0.05970.4889-0.09190.01570.5289-0.08320.331454.189833.416917.6306
37.5141.4849-1.67193.0269-0.52314.6067-0.04-0.4147-0.10580.3485-0.12980.11-0.0969-0.11850.16240.56990.054-0.06830.4284-0.04360.286740.757314.546141.272
48.53070.4014-3.52063.2026-2.79563.5889-0.1971.1983-1.0237-0.4611-0.2517-0.19671.0922-0.08740.48790.8064-0.07960.10110.8248-0.19460.460817.7349.143561.0901
58.4173-3.815-2.17095.1913.87782.9228-0.27320.2201-0.98220.4801-0.4211.55281.3782-1.45510.69910.8916-0.30850.07960.7088-0.17890.654411.90495.344564.2788
63.8069-1.7484-5.77893.17851.55859.2612-0.542-0.7067-0.80120.00510.2765-0.19051.1920.81210.31520.62640.10360.02290.43670.01290.358944.43335.513334.5046
77.6932.99554.7675.91012.08267.3255-0.14340.7243-0.1163-0.43170.2881-0.20370.0361-0.0116-0.1590.2701-0.00920.06490.42140.00890.234139.250213.1668-1.4326
80.75331.62230.152.8331-0.12967.47160.1136-0.2458-0.03970.1505-0.0440.14380.3858-0.641-0.07970.2747-0.01840.03150.551-0.01960.352134.481712.80910.4925
97.96771.0028-0.89034.9304-0.95284.1041-0.064-0.14190.24810.2740.1896-0.403-0.75420.39840.00010.56550.04450.00660.4684-0.03790.337243.676920.583338.4303
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 10 through 68 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 69 through 95 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 96 through 123 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 124 through 144 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 145 through 175 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 176 through 196 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 142 through 177 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 178 through 213 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 214 through 242 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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