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- PDB-5gpl: Crystal structure of Ccp1 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gpl
タイトルCrystal structure of Ccp1
要素Putative nucleosome assembly protein C36B7.08c
キーワードCHAPERONE / Ccp1 dimer / nucleosome assembly protein
機能・相同性
機能・相同性情報


CENP-A eviction from euchromatin / CENP-A containing chromatin / histone chaperone activity / chromosome, centromeric region / nucleosome assembly / histone binding / chromatin binding / chromatin / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP)
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative nucleosome assembly protein C36B7.08c
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Yin, F. / Gao, F. / Chen, Y.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2016
タイトル: Ccp1 Homodimer Mediates Chromatin Integrity by Antagonizing CENP-A Loading
著者: Dong, Q. / Yin, F.X. / Gao, F. / Shen, Y. / Zhang, F. / Li, Y. / He, H. / Gonzalez, M. / Yang, J. / Zhang, S. / Su, M. / Chen, Y.H. / Li, F.
履歴
登録2016年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _citation.journal_id_CSD / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative nucleosome assembly protein C36B7.08c
B: Putative nucleosome assembly protein C36B7.08c


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,7112
ポリマ－64,7112
非ポリマー00
水4,648258
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2950 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area22960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.662, 86.662, 158.771
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-401-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Putative nucleosome assembly protein C36B7.08c / Ccp1


分子量: 32355.252 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe 972h- (分裂酵母)
株: 972h- / 遺伝子: SPBC36B7.08c
発現宿主: Schizosaccharomyces pombe expression vector pARG1B (分裂酵母)
参照: UniProt: Q9HGN2
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 258 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.6 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4
詳細: 100mM sodiam manolate pH4.0 200mM NH4NO3 18% PEG 3,350 15% EG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / タイプ: MACSCIENCE / 波長: 0.97892 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2014年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97892 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 36027 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 14.4 % / Net I/σ(I): 23.8
反射 シェル解像度: 2.1→2.18 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GPK

5gpk


解像度: 2.1→38.756 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.63
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2356 1742 4.84 %
Rwork0.1932 --
obs0.1952 35992 99.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.756 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3422 0 0 258 3680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0033590
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7314851
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.6321384
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03517
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003646
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1003-2.16210.27151510.22452787X-RAY DIFFRACTION99
2.1621-2.23190.25711450.21382802X-RAY DIFFRACTION99
2.2319-2.31170.2711400.20662771X-RAY DIFFRACTION99
2.3117-2.40420.22591510.20452822X-RAY DIFFRACTION100
2.4042-2.51360.23311550.20132785X-RAY DIFFRACTION100
2.5136-2.64610.25081280.21012821X-RAY DIFFRACTION100
2.6461-2.81180.25061480.21142846X-RAY DIFFRACTION100
2.8118-3.02890.26991410.21282835X-RAY DIFFRACTION100
3.0289-3.33350.22881480.20852880X-RAY DIFFRACTION100
3.3335-3.81550.23071480.19112875X-RAY DIFFRACTION100
3.8155-4.80570.19881250.16022953X-RAY DIFFRACTION100
4.8057-38.7630.22771620.17393073X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 107.9225 Å / Origin y: 12.0658 Å / Origin z: 7.6996 Å
111213212223313233
T0.1537 Å2-0.0198 Å20.0004 Å2-0.1657 Å2-0.0164 Å2--0.1055 Å2
L1.1951 °2-1.0587 °2-0.1768 °2-1.3867 °20.1955 °2--0.0023 °2
S0.0434 Å °-0.023 Å °0.1071 Å °-0.0287 Å °-0.0061 Å °-0.1007 Å °-0.0439 Å °0.0501 Å °-0.0199 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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