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- PDB-5gpd: Crystal structure of the binding domain of SREBP from fission yeast -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gpd
タイトルCrystal structure of the binding domain of SREBP from fission yeast
要素Sterol regulatory element-binding protein 1
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Regulation domain
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of ergosterol biosynthetic process / SREBP-SCAP complex / SREBP signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / steroid metabolic process / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin ...regulation of ergosterol biosynthetic process / SREBP-SCAP complex / SREBP signaling pathway / DNA-binding transcription activator activity / steroid metabolic process / cytoplasmic side of endoplasmic reticulum membrane / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / protein dimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / chromatin / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sterol regulatory element-binding protein 1, C-terminal / Domain of unknown function (DUF2014) / : / Helix-loop-helix DNA-binding domain / helix loop helix domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain / Myc-type, basic helix-loop-helix (bHLH) domain profile. / Helix-loop-helix DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Sterol regulatory element-binding protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Schizosaccharomyces pombe (分裂酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 3.501 Å
データ登録者Gong, X. / Qian, H.W. / Wu, J.P. / Yan, N.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology of China2015CB9101012014, ZX09507003006 中国
National Natural Science Foundation of Chinaproject 31321062 and 81590761 中国
引用ジャーナル: Cell Res / 年: 2016
タイトル: Complex structure of the fission yeast SREBP-SCAP binding domains reveals an oligomeric organization.
著者: Xin Gong / Hongwu Qian / Wei Shao / Jingxian Li / Jianping Wu / Jun-Jie Liu / Wenqi Li / Hong-Wei Wang / Peter Espenshade / Nieng Yan /
要旨: Sterol regulatory element-binding protein (SREBP) transcription factors are master regulators of cellular lipid homeostasis in mammals and oxygen-responsive regulators of hypoxic adaptation in fungi. ...Sterol regulatory element-binding protein (SREBP) transcription factors are master regulators of cellular lipid homeostasis in mammals and oxygen-responsive regulators of hypoxic adaptation in fungi. SREBP C-terminus binds to the WD40 domain of SREBP cleavage-activating protein (SCAP), which confers sterol regulation by controlling the ER-to-Golgi transport of the SREBP-SCAP complex and access to the activating proteases in the Golgi. Here, we biochemically and structurally show that the carboxyl terminal domains (CTD) of Sre1 and Scp1, the fission yeast SREBP and SCAP, form a functional 4:4 oligomer and Sre1-CTD forms a dimer of dimers. The crystal structure of Sre1-CTD at 3.5 Å and cryo-EM structure of the complex at 5.4 Å together with in vitro biochemical evidence elucidate three distinct regions in Sre1-CTD required for Scp1 binding, Sre1-CTD dimerization and tetrameric formation. Finally, these structurally identified domains are validated in a cellular context, demonstrating that the proper 4:4 oligomeric complex formation is required for Sre1 activation.
履歴
登録2016年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Sterol regulatory element-binding protein 1
B: Sterol regulatory element-binding protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,0802
ポリマ－56,0802
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area20140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)96.903, 96.903, 151.595
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Sterol regulatory element-binding protein 1


分子量: 28040.244 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 628-876 / 変異: C644S, C672S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Schizosaccharomyces pombe (strain 972 / ATCC 24843) (分裂酵母)
株: 972 / ATCC 24843 / 遺伝子: sre1, SPBC19C2.09 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UUD1

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 71.42 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1M BTP (pH 7.0), 1.5M NaNO3

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2013年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→40 Å / Num. obs: 10643 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.5
反射 シェル解像度: 3.5→3.63 Å / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.497 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 99.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
Cootモデル構築
精密化解像度: 3.501→34.973 Å / SU ML: 0.5 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 35.97
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2785 511 4.81 %
Rwork0.2653 --
obs0.2661 10632 98.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.501→34.973 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2938 0 0 0 2938
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0082978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.094046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d21.8691079
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.058513
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005497
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.5008-3.85260.38691400.32272508X-RAY DIFFRACTION100
3.8526-4.40920.29661090.2992546X-RAY DIFFRACTION100
4.4092-5.55150.29731300.28272543X-RAY DIFFRACTION100
5.5515-34.97440.24851320.2362524X-RAY DIFFRACTION94
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -15.7283 Å / Origin y: 37.4826 Å / Origin z: -11.8946 Å
111213212223313233
T0.6828 Å20.0644 Å2-0.01 Å2-0.7786 Å20.0213 Å2--0.7515 Å2
L2.0861 °21.4075 °20.8396 °2-1.5187 °21.0269 °2--1.4272 °2
S-0.0157 Å °0.0667 Å °0.0673 Å °0.2111 Å °-0.0512 Å °0.0088 Å °0.0229 Å °0.3009 Å °-0.0411 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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