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- PDB-5gp9: Structural analysis of fatty acid degradation regulator FadR from... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gp9
タイトルStructural analysis of fatty acid degradation regulator FadR from Bacillus halodurans
要素Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
キーワードTRANSCRIPTION / DNA BINDING PROTEIN / fadR / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator YsiA, C-terminal / YsiA-like protein, C-terminal region / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like ...Transcription regulator YsiA, C-terminal / YsiA-like protein, C-terminal region / : / Tetracycline Repressor, domain 2 / Tetracyclin repressor-like, C-terminal domain superfamily / Tetracycline Repressor; domain 2 / Bacterial regulatory proteins, tetR family / DNA-binding HTH domain, TetR-type / TetR-type HTH domain profile. / Homeodomain-like / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus halodurans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.755 Å
データ登録者Lee, J.Y. / Yeo, H.K. / Park, Y.W.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
Research Foundation of Korea (NRF)NRF; 2014R1A1A1A05008017 韓国
Agriculture Research CenterARC; 710003-03 韓国
Global PhD FellowshipNRF; 2011-0031110 韓国
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: Structural basis of operator sites recognition and effector binding in the TetR family transcription regulator FadR.
著者: Yeo, H.K. / Park, Y.W. / Lee, J.Y.
履歴
登録2016年8月1日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年12月6日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
B: Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,2837
ポリマ－44,5622
非ポリマー7215
水4,882271
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6020 Å2
ΔGint-29 kcal/mol
Surface area17130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)56.873, 56.873, 200.884
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-403-

HOH

21B-424-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Transcriptional regulator (TetR/AcrR family)


分子量: 22280.920 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus halodurans (strain ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125) (バクテリア)
株: ATCC BAA-125 / DSM 18197 / FERM 7344 / JCM 9153 / C-125
遺伝子: BH3102 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9K8A4
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris-HCl, MgCl2, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 38629 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 7.5 % / Biso Wilson estimate: 30.82 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.061 / Χ2: 2.024 / Net I/σ(I): 14 / Num. measured all: 291359
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.75-1.785.90.55616060.890.2390.6081.43283
1.78-1.817.10.518940.9120.1950.5381.47299.7
1.81-1.857.70.42819220.9410.1590.4581.57699.7
1.85-1.897.70.36419080.9550.1360.391.60699.8
1.89-1.937.80.2919100.9720.1070.311.67799.9
1.93-1.977.70.23619580.980.0870.2531.78599.9
1.97-2.027.80.18419010.9880.0680.1971.8999.7
2.02-2.077.70.16219040.990.060.1731.9799.7
2.07-2.147.70.1319450.9930.0480.1392.06599.7
2.14-2.27.70.11319370.9950.0420.122.17899.9
2.2-2.287.60.10119590.9940.0370.1082.314100
2.28-2.387.60.08919220.9950.0330.0952.31199.8
2.38-2.487.70.0819520.9960.030.0862.4199.5
2.48-2.617.60.07119440.9960.0270.0762.36299.7
2.61-2.787.60.06419400.9970.0240.0692.35799.8
2.78-2.997.60.05819990.9980.0220.0622.26499.8
2.99-3.297.60.05219620.9970.0190.0552.16699.8
3.29-3.777.70.04420120.9980.0160.0472.22599.9
3.77-4.757.50.04120300.9980.0150.0442.15399.8
4.75-507.10.03920240.9980.0160.0421.9792.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1VI0

1vi0


解像度: 1.755→27.689 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.59 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2354 1915 4.97 %
Rwork0.2011 36648 -
obs0.2028 38563 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 122.01 Å2 / Biso mean: 38.6127 Å2 / Biso min: 16.71 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.755→27.689 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3061 0 49 271 3381
Biso mean--52.99 48.35 -
残基数----380
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0213150
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.0184221
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.128479
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011531
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.1081207
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.7554-1.79930.27951180.28532553267199
1.7993-1.8480.32441710.252525662737100
1.848-1.90230.28431360.245725902726100
1.9023-1.96370.27431010.237526242725100
1.9637-2.03390.291410.219725742715100
2.0339-2.11530.24341380.214125882726100
2.1153-2.21150.24431410.211125672708100
2.2115-2.32810.22381230.208226162739100
2.3281-2.47380.2431350.203726452780100
2.4738-2.66470.28061450.201125962741100
2.6647-2.93260.26441360.203726392775100
2.9326-3.35630.22091260.20926912817100
3.3563-4.22620.2211620.179926592821100
4.2262-27.69250.20161420.18882740288295

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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