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- PDB-5gp4: Lactobacillus brevis CGMCC 1306 Glutamate decarboxylase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gp4
タイトルLactobacillus brevis CGMCC 1306 Glutamate decarboxylase
要素Glutamate decarboxylase
キーワードLYASE / Glutamate decarboxylase Lactobacillus brevis CGMCC 1306 Gamma-aminobutyric acid pyridoxal phosphate (PLP)
機能・相同性
機能・相同性情報


aromatic-L-amino-acid decarboxylase activity / glutamate decarboxylase / glutamate decarboxylase activity / glutamate catabolic process / pyridoxal phosphate binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glutamate decarboxylase / Pyridoxal phosphate-dependent decarboxylase / Pyridoxal-dependent decarboxylase conserved domain / Aspartate Aminotransferase; domain 2 / Type I PLP-dependent aspartate aminotransferase-like (Major domain) / Pyridoxal phosphate-dependent transferase, major domain / Pyridoxal phosphate-dependent transferase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / Glutamate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Lactobacillus brevis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.16 Å
データ登録者Mei, L. / Huang, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China21176220 and 31470793 中国
the Natural Science Foundation of Zhejiang ProvinceZ13B060008 and LY16B060008 中国
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Lactobacillus brevis CGMCC 1306 glutamate decarboxylase: Crystal structure and functional analysis.
著者: Huang, J. / Fang, H. / Gai, Z.C. / Mei, J.Q. / Li, J.N. / Hu, S. / Lv, C.J. / Zhao, W.R. / Mei, L.H.
履歴
登録2016年7月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: Glutamate decarboxylase
A: Glutamate decarboxylase
B: Glutamate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,5796
ポリマ－160,8383
非ポリマー7413
水3,333185
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area14520 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area50440 Å2
2
C: Glutamate decarboxylase
A: Glutamate decarboxylase
B: Glutamate decarboxylase
ヘテロ分子

C: Glutamate decarboxylase
A: Glutamate decarboxylase
B: Glutamate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)323,15912
ポリマ－321,6766
非ポリマー1,4836
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_654-x+1,y,-z-1/21
Buried area45160 Å2
ΔGint-159 kcal/mol
Surface area84740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.333, 170.129, 164.567
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Glutamate decarboxylase


分子量: 53612.664 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactobacillus brevis (バクテリア)
遺伝子: gad / プラスミド: pet28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: D6PXK5, glutamate decarboxylase
#2: 化合物 ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸


分子量: 247.142 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 天然 / 式: C8H10NO6P
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 185 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.27 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 10% W/V PEG 2000 MME, 100mM Sodium Acetate/Acetic acid, 200mM Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 82 K / Ambient temp details: 82
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NFPSS / ビームライン: BL18U / 波長: 0.97851 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97851 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50.01 Å / Num. obs: 85974 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.93 / Rmerge(I) obs: 0.176 / Net I/σ(I): 10.88
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.7 / CC1/2: 0.84 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-3000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
MERLOTdata processing
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1xey

1xey


解像度: 2.16→48.543 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.945 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.917 / SU B: 5.117 / SU ML: 0.132 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.217 / ESU R Free: 0.183 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23005 4290 5 %RANDOM
Rwork0.18694 ---
obs0.18911 81517 99.32 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.556 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.35 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.16→48.543 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10498 0 45 185 10728
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.01910809
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0210051
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9831.95114687
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.188323095
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.61851301
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.44923.992531
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.737151792
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg23.7051565
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1420.21583
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.02112239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022560
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.8692.9185213
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8672.9185212
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.2534.3576511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.2544.3586512
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.5933.3155594
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.5923.3155595
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.564.8118177
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined6.98822.76512283
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other6.98822.76512284
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.156→2.212 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.287 290 -
Rwork0.239 5558 -
obs--92.87 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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