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万見
- PDB-5gow: Solution structure of the complex between DP1 acidic region and T... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gow
タイトルSolution structure of the complex between DP1 acidic region and TFIIH p62 PH domain
要素
  • DP1
  • General transcription factor IIH subunit 1
キーワードTRANSCRIPTION / Transcription factor / General transcription factor / Cell cycle / Transcription activation / Solution structure
機能・相同性
機能・相同性情報


Rb-E2F complex / negative regulation of fat cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / anoikis / Activation of NOXA and translocation to mitochondria ...Rb-E2F complex / negative regulation of fat cell proliferation / regulation of DNA biosynthetic process / Inhibition of replication initiation of damaged DNA by RB1/E2F1 / Transcription of E2F targets under negative control by p107 (RBL1) and p130 (RBL2) in complex with HDAC1 / Transcription of E2F targets under negative control by DREAM complex / transcription factor TFIIH core complex / transcription factor TFIIH holo complex / anoikis / Activation of NOXA and translocation to mitochondria / RNA Polymerase I Transcription Termination / nuclear thyroid hormone receptor binding / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE during HIV infection / RNA Pol II CTD phosphorylation and interaction with CE / Formation of the Early Elongation Complex / Formation of the HIV-1 Early Elongation Complex / G1/S-Specific Transcription / mRNA Capping / HIV Transcription Initiation / RNA Polymerase II HIV Promoter Escape / Transcription of the HIV genome / RNA Polymerase II Promoter Escape / RNA Polymerase II Transcription Pre-Initiation And Promoter Opening / RNA Polymerase II Transcription Initiation / RNA Polymerase II Transcription Initiation And Promoter Clearance / Transcriptional Regulation by E2F6 / Defective binding of RB1 mutants to E2F1,(E2F2, E2F3) / RNA Polymerase I Transcription Initiation / transcription by RNA polymerase I / G0 and Early G1 / epidermis development / Tat-mediated elongation of the HIV-1 transcript / Formation of HIV-1 elongation complex containing HIV-1 Tat / positive regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Formation of HIV elongation complex in the absence of HIV Tat / Cyclin E associated events during G1/S transition / RNA Polymerase II Transcription Elongation / Formation of RNA Pol II elongation complex / Cyclin A:Cdk2-associated events at S phase entry / RNA Polymerase II Pre-transcription Events / hormone-mediated signaling pathway / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in G2 Cell Cycle Arrest / nucleotide-excision repair / RNA Polymerase I Promoter Escape / TP53 Regulates Transcription of DNA Repair Genes / transcription initiation at RNA polymerase II promoter / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / NoRC negatively regulates rRNA expression / Oncogene Induced Senescence / Dual Incision in GG-NER / Transcription-Coupled Nucleotide Excision Repair (TC-NER) / Formation of TC-NER Pre-Incision Complex / Pre-NOTCH Transcription and Translation / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / Formation of Incision Complex in GG-NER / Dual incision in TC-NER / Gap-filling DNA repair synthesis and ligation in TC-NER / Transcriptional regulation of granulopoiesis / RNA polymerase II transcription regulator complex / Cyclin D associated events in G1 / Oxidative Stress Induced Senescence / DNA-binding transcription factor binding / transcription by RNA polymerase II / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / cell cycle / DNA-binding transcription factor activity / protein domain specific binding / DNA repair / chromatin binding / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal ...Transcription factor DP, C-terminal / Transcription factor DP / Transcription factor DP, C-terminal domain superfamily / Transcription factor DP / Transcription factor DP / E2F-DP heterodimerization region / E2F/DP family, winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / E2F/DP family winged-helix DNA-binding domain / TFIIH p62 subunit, N-terminal / TFIIH subunit Tfb1/GTF2H1 / TFIIH p62 subunit, N-terminal domain / BSD domain / BSD domain superfamily / BSD domain / BSD domain profile. / domain in transcription factors and synapse-associated proteins / Pleckstrin-homology domain (PH domain)/Phosphotyrosine-binding domain (PTB) / PH-domain like / PH-like domain superfamily / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Roll / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
General transcription factor IIH subunit 1 / Transcription factor Dp-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / DGSA-distance geometry simulated annealing
データ登録者Okuda, M. / Nishimura, Y.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2016
タイトル: The Interaction Mode of the Acidic Region of the Cell Cycle Transcription Factor DP1 with TFIIH
著者: Okuda, M. / Araki, K. / Ohtani, K. / Nishimura, Y.
履歴
登録2016年7月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12016年12月14日Group: Database references
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.pdbx_number_of_molecules / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DP1
B: General transcription factor IIH subunit 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,7292
ポリマ－14,7292
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1980 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area6460 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド DP1


分子量: 2279.022 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q14186*PLUS
#2: タンパク質 General transcription factor IIH subunit 1 / Basic transcription factor 2 62 kDa subunit / BTF2 p62 / General transcription factor IIH ...Basic transcription factor 2 62 kDa subunit / BTF2 p62 / General transcription factor IIH polypeptide 1 / TFIIH basal transcription factor complex p62 subunit


分子量: 12450.445 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 1-108 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: GTF2H1, BTF2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32780

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic12D 1H-13C HSQC
132isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
141isotropic23D CBCA(CO)NH
151isotropic23D HNCO
161isotropic23D HBHA(CO)NH
171isotropic23D C(CO)NH
181isotropic23D H(CCO)NH
191isotropic13D 1H-15N NOESY
1102isotropic13D 1H-13C NOESY
1113isotropic12D 1H-15N HSQC
1124isotropic12D 1H-13C HSQC
1134isotropic12D 1H-13C HSQC aromatic
1143isotropic23D CBCA(CO)NH
1153isotropic23D HNCO
1163isotropic23D HBHA(CO)NH
1173isotropic23D C(CO)NH
1183isotropic23D H(CCO)NH
1193isotropic13D 1H-15N NOESY
1204isotropic13D 1H-13C NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution10.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DP1, 0.42 mM TFIIH p62, 90% H2O/10% D2ODP1-p6290% H2O/10% D2O
solution20.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] DP1, 0.42 mM TFIIH p62, 100% D2ODP1-p62100% D2O
solution30.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62, 0.42 mM DP1, 90% H2O/10% D2Op62-DP190% H2O/10% D2O
solution40.35 mM [U-99% 13C; U-99% 15N] TFIIH p62, 0.42 mM DP1, 100% D2Op62-DP1100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.35 mMDP1[U-99% 13C; U-99% 15N]1
0.42 mMTFIIH p62natural abundance1
0.35 mMDP1[U-99% 13C; U-99% 15N]2
0.42 mMTFIIH p62natural abundance2
0.35 mMTFIIH p62[U-99% 13C; U-99% 15N]3
0.42 mMDP1natural abundance3
0.35 mMTFIIH p62[U-99% 13C; U-99% 15N]4
0.42 mMDP1natural abundance4
試料状態イオン強度: 0.02 M / Label: condition_1 / pH: 6.8 / 圧: 760 Torr / 温度: 305 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9501
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6002

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRViewJohnson, One Moon Scientificchemical shift assignment
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clorestructure calculation
X-PLOR NIHSchwieters, Kuszewski, Tjandra and Clore精密化
MOLMOLKoradi, Billeter and Wuthrichデータ解析
ProcheckNMRLaskowski and MacArthurデータ解析
精密化手法: DGSA-distance geometry simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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