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- PDB-5gnp: Crystal structure of a Z-ring associated protein from Salmonella ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gnp
タイトルCrystal structure of a Z-ring associated protein from Salmonella typhimurium
要素Cell division protein ZapD
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / ZapD / cytokinesis / cell division / FtsZ
機能・相同性
機能・相同性情報


division septum assembly / FtsZ-dependent cytokinesis / cell division site / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
YacF-like / YacF-like / YacF-like / YacF-like domains / Cell division protein ZapD / Z ring-associated protein D, C-terminal / ZapD domain superfamily / Cell division protein / Sandwich / Orthogonal Bundle ...YacF-like / YacF-like / YacF-like / YacF-like domains / Cell division protein ZapD / Z ring-associated protein D, C-terminal / ZapD domain superfamily / Cell division protein / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
MALONATE ION / Cell division protein ZapD
類似検索 - 構成要素
生物種Salmonella typhimurium (サルモネラ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Choi, H. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a Z-ring associated protein from Salmonella typhimurium
著者: Choi, H. / Yoon, H.J. / Lee, H.H.
履歴
登録2016年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月15日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_host_org_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_host_org_scientific_name
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cell division protein ZapD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2922
ポリマ－28,1901
非ポリマー1021
水64936
1
A: Cell division protein ZapD
ヘテロ分子

A: Cell division protein ZapD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,5854
ポリマ－56,3812
非ポリマー2042
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area4100 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area25040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)84.239, 84.239, 149.865
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number182
Space group name H-MP6322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-419-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Cell division protein ZapD / Z ring-associated protein D


分子量: 28190.363 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 3-247 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌)
株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 遺伝子: zapD, STM0139 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P67693
#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.99 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Sodium malonate, HEPES, Jeffamin ED-2001(pH7.0).

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 8289 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 13 % / Rmerge(I) obs: 0.16 / Net I/σ(I): 48.6
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.649 / Mean I/σ(I) obs: 5.9 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0049精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.911 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.802 / SU B: 14.796 / SU ML: 0.299 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.409 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2829 383 4.6 %RANDOM
Rwork0.25134 ---
obs0.25283 7871 99.54 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 82.374 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.63 Å20.32 Å20 Å2
2--0.63 Å20 Å2
3----2.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1983 0 7 36 2026
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0192026
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0050.021986
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.9271.9742742
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.70734543
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.155244
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.2323.75104
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.11915366
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.7041521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.050.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212299
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02486
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.858.116979
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.8498.117978
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.86412.1681222
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other4.86212.1671223
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.7238.4371047
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.7228.4351045
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.6512.5411520
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined7.77462.5892204
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.76962.6032203
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.873 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 27 -
Rwork0.304 548 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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