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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gn0 | ||||||
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タイトル | Structure of TAZ-TEAD complex | ||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 regulation of SMAD protein signal transduction / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / kidney morphogenesis / Signaling by Hippo / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / trophectodermal cell fate commitment / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / mesenchymal cell differentiation / heart process ...regulation of SMAD protein signal transduction / RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / kidney morphogenesis / Signaling by Hippo / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / trophectodermal cell fate commitment / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / mesenchymal cell differentiation / heart process / stem cell division / hippo signaling / tissue homeostasis / glomerulus development / blastocyst formation / regulation of canonical Wnt signaling pathway / cell fate specification / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of stem cell population maintenance / negative regulation of fat cell differentiation / cilium assembly / cell fate commitment / embryonic organ development / positive regulation of osteoblast differentiation / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / embryo implantation / negative regulation of protein phosphorylation / protein-DNA complex / negative regulation of protein kinase activity / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / multicellular organism growth / positive regulation of protein localization to nucleus / osteoblast differentiation / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / in utero embryonic development / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / transcription coactivator activity / nuclear body / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Mus musculus (ハツカネズミ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å | ||||||
データ登録者 | Kaan, H.Y.K. / Song, H. | ||||||
引用 | ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017 タイトル: Crystal structure of TAZ-TEAD complex reveals a distinct interaction mode from that of YAP-TEAD complex 著者: Kaan, H.Y.K. / Chan, S.W. / Tan, S.K.J. / Guo, F. / Lim, C.J. / Hong, W. / Song, H. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5gn0.cif.gz | 214.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5gn0.ent.gz | 172.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5gn0.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5gn0_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5gn0_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5gn0_validation.xml.gz | 43.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5gn0_validation.cif.gz | 56.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gn/5gn0 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3juaS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 26416.885 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 210-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TEAD4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62296 #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 4082.652 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-57 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Taz / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EPK5 #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.3 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2 詳細: 6% Polyethylene glycol 10000, 0.05M magnesium acetate, 0.1M tri-sodium citrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.975 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 42312 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 8.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3JUA 解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 16.507 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.645 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 52.28 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.9→30 Å
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拘束条件 |
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