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- PDB-5gn0: Structure of TAZ-TEAD complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gn0
タイトルStructure of TAZ-TEAD complex
要素
  • Transcriptional enhancer factor TEF-3
  • WW domain-containing transcription regulator protein 1
キーワードTRANSCRIPTION
機能・相同性
機能・相同性情報


RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / Signaling by Hippo / trophectodermal cell fate commitment / kidney morphogenesis / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / mesenchymal cell differentiation / heart process / hippo signaling ...RUNX3 regulates YAP1-mediated transcription / YAP1- and WWTR1 (TAZ)-stimulated gene expression / Signaling by Hippo / trophectodermal cell fate commitment / kidney morphogenesis / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / regulation of metanephric nephron tubule epithelial cell differentiation / mesenchymal cell differentiation / heart process / hippo signaling / SMAD protein signal transduction / tissue homeostasis / glomerulus development / blastocyst formation / cell fate specification / regulation of canonical Wnt signaling pathway / stem cell division / negative regulation of fat cell differentiation / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of stem cell population maintenance / cilium assembly / bicellular tight junction / cell fate commitment / positive regulation of osteoblast differentiation / embryonic organ development / positive regulation of epithelial to mesenchymal transition / embryo implantation / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / protein-DNA complex / positive regulation of protein localization to nucleus / multicellular organism growth / osteoblast differentiation / transcription corepressor activity / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / transcription regulator complex / sequence-specific DNA binding / in utero embryonic development / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / transcription coactivator activity / nuclear body / protein ubiquitination / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of cell population proliferation / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / : / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain ...Transcriptional enhancer factor TEF-3 (TEAD4) / : / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #80 / TEA/ATTS domain / Transcriptional enhancer factor, metazoa / TEA/ATTS domain superfamily / TEA/ATTS domain / TEA domain signature. / TEA domain profile. / TEA domain / YAP binding domain / : / YAP binding domain / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / WW domain / WW/rsp5/WWP domain signature. / WW domain superfamily / WW/rsp5/WWP domain profile. / Domain with 2 conserved Trp (W) residues / WW domain / Distorted Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / PALMITIC ACID / Transcriptional enhancer factor TEF-3 / WW domain-containing transcription regulator protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Kaan, H.Y.K. / Song, H.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of TAZ-TEAD complex reveals a distinct interaction mode from that of YAP-TEAD complex
著者: Kaan, H.Y.K. / Chan, S.W. / Tan, S.K.J. / Guo, F. / Lim, C.J. / Hong, W. / Song, H.
履歴
登録2016年7月18日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine_hist
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine_hist.d_res_low
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
B: Transcriptional enhancer factor TEF-3
C: Transcriptional enhancer factor TEF-3
D: Transcriptional enhancer factor TEF-3
E: WW domain-containing transcription regulator protein 1
F: WW domain-containing transcription regulator protein 1
G: WW domain-containing transcription regulator protein 1
H: WW domain-containing transcription regulator protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,15213
ポリマ－121,9988
非ポリマー1,1545
水34219
1
A: Transcriptional enhancer factor TEF-3
E: WW domain-containing transcription regulator protein 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,5002
ポリマ－30,5002
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Transcriptional enhancer factor TEF-3
G: WW domain-containing transcription regulator protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9484
ポリマ－30,5002
非ポリマー4492
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Transcriptional enhancer factor TEF-3
F: WW domain-containing transcription regulator protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,9484
ポリマ－30,5002
非ポリマー4492
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Transcriptional enhancer factor TEF-3
H: WW domain-containing transcription regulator protein 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7563
ポリマ－30,5002
非ポリマー2561
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)79.660, 120.900, 196.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Transcriptional enhancer factor TEF-3 / TEAD


分子量: 26416.885 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 210-427 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: TEAD4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q62296
#2: タンパク質・ペプチド
WW domain-containing transcription regulator protein 1 / TAZ


分子量: 4082.652 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 24-57 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Taz / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9EPK5
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID


分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H8O7
#4: 化合物 ChemComp-PLM / PALMITIC ACID


分子量: 256.424 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.3 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 6% Polyethylene glycol 10000, 0.05M magnesium acetate, 0.1M tri-sodium citrate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 0.975 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.975 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→30 Å / Num. obs: 42312 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 6.2 % / Net I/σ(I): 8.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3JUA

3jua


解像度: 2.9→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.882 / SU B: 16.507 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.645 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26013 2131 5 %RANDOM
Rwork0.2004 ---
obs0.2034 40124 98.49 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.28 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.32 Å20 Å20 Å2
2---8.82 Å20 Å2
3---13.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.9→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8130 0 80 19 8229
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0198479
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027741
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7341.94711497
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.02317787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.39951008
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.97323.741401
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.25151337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.0311539
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.21236
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.0219543
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.022074
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8095.2084056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8085.2074055
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.1557.8015056
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.1547.8025057
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.8555.5284423
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.8555.5284424
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.3768.1616442
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.51295.05931368
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.51295.05831369
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.9→2.975 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 145 -
Rwork0.342 2790 -
obs--93.86 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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