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- PDB-5gmd: Crystal structure of Sulfolobus solfataricus diphosphomevalonate ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gmd
タイトルCrystal structure of Sulfolobus solfataricus diphosphomevalonate decarboxylase in complex with ATP-gamma-S
要素Diphosphomevalonate decarboxylase
キーワードLYASE / Sulfolobus solfataricus / diphosphomevalonate decarboxylase / ATPrS
機能・相同性
機能・相同性情報


diphosphomevalonate decarboxylase / diphosphomevalonate decarboxylase activity / isopentenyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / ATP binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Diphosphomevalonate decarboxylase / Mvd1, C-terminal / Mevalonate 5-diphosphate decarboxylase C-terminal domain / Diphosphomevalonate/phosphomevalonate decarboxylase / : / Diphosphomevalonate decarboxylase-like N-terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 ...Diphosphomevalonate decarboxylase / Mvd1, C-terminal / Mevalonate 5-diphosphate decarboxylase C-terminal domain / Diphosphomevalonate/phosphomevalonate decarboxylase / : / Diphosphomevalonate decarboxylase-like N-terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain / GHMP kinases N terminal domain / GHMP kinase, C-terminal domain superfamily / Ribosomal Protein S5; domain 2 - #10 / Ribosomal Protein S5; domain 2 / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold / Alpha-Beta Plaits / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / Chem-DP6 / Diphosphomevalonate decarboxylase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus solfataricus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Unno, H. / Hemmi, H. / Hattori, A.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: A Single Amino Acid Mutation Converts (R)-5-Diphosphomevalonate Decarboxylase into a Kinase
著者: Motoyama, K. / Unno, H. / Hattori, A. / Takaoka, T. / Ishikita, H. / Kawaide, H. / Yoshimura, T. / Hemmi, H.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年12月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年2月22日Group: Database references
改定 1.22020年2月26日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Diphosphomevalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,4506
ポリマ－37,0801
非ポリマー1,3715
水4,378243
1
A: Diphosphomevalonate decarboxylase
ヘテロ分子

A: Diphosphomevalonate decarboxylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,90112
ポリマ－74,1592
非ポリマー2,74110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area7290 Å2
ΔGint-128 kcal/mol
Surface area26340 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)151.238, 151.238, 104.416
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Diphosphomevalonate decarboxylase / DMD


分子量: 37079.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌)
株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: SSO2989 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q97UL5, diphosphomevalonate decarboxylase

-
非ポリマー , 5種, 248分子

#2: 化合物 ChemComp-DP6 / (3R)-3-HYDROXY-5-{[(R)-HYDROXY(PHOSPHONOOXY)PHOSPHORYL]OXY}-3-METHYLPENTANOIC ACID / ジホスホメバロン酸


分子量: 308.117 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O10P2
#3: 化合物 ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.31 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.6 / 詳細: 0.1M sodium acetate, 1.5M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.5→48.5 Å / Num. obs: 72082 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 10 % / Net I/σ(I): 37.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 4Z7C

4z7c


解像度: 1.5→48.5 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 0.869 / SU ML: 0.033 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.057 / ESU R Free: 0.061 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19234 3638 5 %RANDOM
Rwork0.16486 ---
obs0.16623 68482 99.09 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 21.095 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å20 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→48.5 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2605 0 82 243 2930
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0310.0192747
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.022621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.9562.0013715
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3636053
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5235328
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.18924120
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.31515511
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.7591518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.230.2410
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.022984
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02608
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.4071.7031303
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.3961.7021302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2652.5511628
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.2682.5521629
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.5582.2611442
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other4.4992.2561435
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other6.5133.2032074
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.70815.4893378
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.66715.0823259
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.501→1.54 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 290 -
Rwork0.192 5042 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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