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万見
- PDB-5gmc: Methylation at position 32 of tRNA catalyzed by TrmJ alters oxida... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gmc
タイトルMethylation at position 32 of tRNA catalyzed by TrmJ alters oxidative stress response in Pseudomonas aeruiginosa
要素tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
キーワードTRANSFERASE / Pseudomonas aeruginosa / tRNA methyltransferase / TrmJ / oxidative stress / tRNA modification / wobble base
機能・相同性
機能・相同性情報


tRNA (cytidine32/uridine32-2'-O)-methyltransferase / tRNA nucleoside ribose methylation / : / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
RNA methyltransferase TrmJ/LasT / tRNA/rRNA methyltransferase, SpoU type / SpoU rRNA Methylase family / SPOUT methyltransferase, trefoil knot domain / Alpha/beta knot / tRNA (guanine-N1-)-methyltransferase, N-terminal / Alpha/beta knot methyltransferases / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Jaroensuk, J. / Atichartpongkul, S. / Chionh, Y.H. / Wong, Y.H. / Liew, C.W. / McBee, M.E. / Thongdee, N. / Prestwich, E.G. / DeMott, M.S. / Mongkolsuk, S. ...Jaroensuk, J. / Atichartpongkul, S. / Chionh, Y.H. / Wong, Y.H. / Liew, C.W. / McBee, M.E. / Thongdee, N. / Prestwich, E.G. / DeMott, M.S. / Mongkolsuk, S. / Dedon, P.C. / Lescar, J. / Fuangthong, M.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2016
タイトル: Methylation at position 32 of tRNA catalyzed by TrmJ alters oxidative stress response in Pseudomonas aeruginosa.
著者: Jaroensuk, J. / Atichartpongkul, S. / Chionh, Y.H. / Wong, Y.H. / Liew, C.W. / McBee, M.E. / Thongdee, N. / Prestwich, E.G. / DeMott, M.S. / Mongkolsuk, S. / Dedon, P.C. / Lescar, J. / Fuangthong, M.
履歴
登録2016年7月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02016年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02017年12月13日Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence
カテゴリ: citation / entity_poly / pdbx_struct_oper_list
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _entity_poly.pdbx_target_identifier / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
B: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
C: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
D: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6184
ポリマ－75,6184
非ポリマー00
水11,331629
1
A: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
B: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8092
ポリマ－37,8092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area14920 Å2
手法PISA
2
C: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ
D: tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,8092
ポリマ－37,8092
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2380 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area14810 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.442, 65.043, 93.186
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.42, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
tRNA (cytidine/uridine-2'-O-)-methyltransferase TrmJ / tRNA (cytidine(32)/uridine(32)-2'-O)-methyltransferase / tRNA Cm32/Um32 methyltransferase


分子量: 18904.529 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 24-167 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 株: B136-33 / 遺伝子: trmJ / プラスミド: pNIC-CH2 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: A0A072ZPM2, tRNA (cytidine32/uridine32-2'-O)-methyltransferase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 629 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.87 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: Bis-Tris pH 6.5, Ammonium chloride, PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: 110
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月29日 / 詳細: toroidal focusing
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→24.89 Å / Num. obs: 75444 / % possible obs: 93.4 % / 冗長度: 2.8 % / Biso Wilson estimate: 23.22 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.042 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.7→1.79 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.416 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / % possible all: 93.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CND

4cnd


解像度: 1.7→24.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.945 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.099 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.104 / SU Rfree Blow DPI: 0.096 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.093
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.193 3782 5.01 %RANDOM
Rwork0.169 ---
obs0.17 75444 93.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 27.46 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3661 Å20 Å24.9329 Å2
2--2.3392 Å20 Å2
3---0.0269 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.2 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.7→24.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5155 0 0 652 5807
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.015340HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg17281HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1837SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes138HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes805HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5340HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.1
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.92
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion695SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6782SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.74 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.261 259 4.97 %
Rwork0.224 4950 -
all0.226 5209 -
obs--87.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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