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- PDB-5gm4: Crystal structure of FI-CMCase from Aspergillus aculeatus F-50 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gm4
タイトルCrystal structure of FI-CMCase from Aspergillus aculeatus F-50 in complex with cellotetrose
要素Endoglucanase-1
キーワードHYDROLASE/INHIBITOR / substrate binding / HYDROLASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase family 12 / Glycosyl hydrolase family 12 / Glycoside hydrolase family 11/12, catalytic domain / Glycoside hydrolase family 11/12 / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / Endoglucanase-1
類似検索 - 構成要素
生物種Aspergillus aculeatus (カビ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.92 Å
データ登録者Huang, J.W. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2016
タイトル: Crystal structure and genetic modifications of FI-CMCase from Aspergillus aculeatus F-50
著者: Huang, J.W. / Liu, W. / Lai, H.L. / Cheng, Y.S. / Zheng, Y. / Li, Q. / Sun, H. / Kuo, C.J. / Guo, R.T. / Chen, C.C.
履歴
登録2016年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_asym.entity_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Endoglucanase-1
B: Endoglucanase-1
C: Endoglucanase-1
D: Endoglucanase-1
E: Endoglucanase-1
F: Endoglucanase-1
G: Endoglucanase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,48022
ポリマ－166,0467
非ポリマー5,43515
水21,3841187
1
A: Endoglucanase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4833
ポリマ－23,7211
非ポリマー7632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9100 Å2
手法PISA
2
B: Endoglucanase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4833
ポリマ－23,7211
非ポリマー7632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9170 Å2
手法PISA
3
C: Endoglucanase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4833
ポリマ－23,7211
非ポリマー7632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area160 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9190 Å2
手法PISA
4
D: Endoglucanase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4833
ポリマ－23,7211
非ポリマー7632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9160 Å2
手法PISA
5
E: Endoglucanase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,6765
ポリマ－23,7211
非ポリマー9554
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9110 Å2
手法PISA
6
F: Endoglucanase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3872
ポリマ－23,7211
非ポリマー6671
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9170 Å2
手法PISA
7
G: Endoglucanase-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,4833
ポリマ－23,7211
非ポリマー7632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.907, 85.278, 106.025
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 92.470, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

#1: タンパク質
Endoglucanase-1 / Cellulase / Endo-1 / 4-beta-glucanase / Endoglucanase I / FI-CMCase


分子量: 23720.842 Da / 分子数: 7 / 断片: UNP residues 19-237 / 変異: E202A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aspergillus aculeatus (カビ) / プラスミド: pPICZaA / 発現宿主: Pichia pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: P22669, cellulase
#2: 多糖
beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1187 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.56 % / Mosaicity: 0.573 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: lithium sulfate, HEPES, zinc acetate,

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13C1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月18日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.92→25 Å / Num. obs: 118911 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.075 / Χ2: 1.348 / Net I/av σ(I): 28.671 / Net I/σ(I): 11.6 / Num. measured all: 480843
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.92-1.9940.4050.8881100
1.99-2.074.10.2880.9471100
2.07-2.164.10.2160.9661100
2.16-2.284.10.1620.9821100
2.28-2.424.10.1310.9861100
2.42-2.614.10.10.9911100
2.61-2.874.10.0740.9941100
2.87-3.284.10.0550.9961100
3.28-4.133.90.050.996199.8
4.13-253.90.0370.998199.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KS4

1ks4


解像度: 1.92→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.951 / SU B: 3.435 / SU ML: 0.098 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.139
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2072 5636 4.7 %RANDOM
Rwork0.1556 ---
obs0.158 113259 99.84 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 111.27 Å2 / Biso mean: 29.236 Å2 / Biso min: 14.97 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.68 Å2-0 Å21.45 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3----0.57 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.92→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11740 0 355 1187 13282
Biso mean--36.08 36.13 -
残基数----1529
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0212458
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0210718
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5091.9317100
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.723324694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.85751522
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.92124.935539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.193151666
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.8151521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21929
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0214245
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.023076
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.2572.7456109
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.2552.7456108
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9544.17624
LS精密化 シェル解像度: 1.922→1.972 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.279 434 -
Rwork0.212 8288 -
all-8722 -
obs--99.65 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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