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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gm3 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of FI-CMCase from Aspergillus aculeatus F-50 | ||||||
![]() | Endoglucanase-1 | ||||||
![]() | HYDROLASE/INHIBITOR / substrate binding / HYDROLASE-INHIBITOR complex | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Huang, J.W. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure and genetic modifications of FI-CMCase from Aspergillus aculeatus F-50 著者: Huang, J.W. / Liu, W. / Lai, H.L. / Cheng, Y.S. / Zheng, Y. / Li, Q. / Sun, H. / Kuo, C.J. / Guo, R.T. / Chen, C.C. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.9 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 85.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: VAL / End label comp-ID: VAL / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 4 - 220 / Label seq-ID: 2 - 218
NCS oper:
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23778.877 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 19-237 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-ZN / #3: 化合物 | ChemComp-CAC / #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.42 % / Mosaicity: 0.425 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: sodium cacodylate, PEG 8000, zinc acetate, |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月27日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.59→25 Å / Num. obs: 70687 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/av σ(I): 27.317 / Net I/σ(I): 11.3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 1KS4 解像度: 1.59→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.367 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.075 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 115.39 Å2 / Biso mean: 20.211 Å2 / Biso min: 6.6 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.59→25 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | 数: 1669 / タイプ: TIGHT THERMAL / Rms dev position: 2.75 Å / Weight position: 0.5 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.59→1.631 Å / Total num. of bins used: 20
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