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- PDB-5gly: Crystal structure of a glycoside hydrolase in complex with cellot... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gly
タイトルCrystal structure of a glycoside hydrolase in complex with cellotetrose from Thielavia terrestris NRRL 8126
要素Glycoside hydrolase family 45 protein
キーワードHYDROLASE / substrate binding / cellulase / inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


cellulose binding / cellulase / cellulase activity / cellulose catabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 45 / : / Glycosyl hydrolase family 45 / Glycosyl hydrolases family 45 active site. / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain ...Glycoside hydrolase, family 45 / : / Glycosyl hydrolase family 45 / Glycosyl hydrolases family 45 active site. / RlpA-like domain / RlpA-like domain superfamily / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Barwin-like endoglucanases / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-cellotetraose / alpha-cellotriose / Cellulase
類似検索 - 構成要素
生物種Thielavia terrestris NRRL 8126 (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Gao, J. / Liu, W.D. / Zheng, Y.Y. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
引用ジャーナル: Enzyme Microb. Technol. / 年: 2017
タイトル: Characterization and crystal structure of a thermostable glycoside hydrolase family 45 1,4-beta-endoglucanase from Thielavia terrestris
著者: Gao, J. / Huang, J.W. / Li, Q. / Liu, W.D. / Ko, T.P. / Zheng, Y.Y. / Xiao, X. / Kuo, C.J. / Chen, C.C. / Guo, R.T.
履歴
登録2016年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年4月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycoside hydrolase family 45 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,4903
ポリマ－22,3181
非ポリマー1,1712
水4,432246
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1580 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area8520 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.342, 54.793, 84.839
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Glycoside hydrolase family 45 protein


分子量: 22318.486 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-234 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thielavia terrestris NRRL 8126 (菌類)
株: NRRL 8126 / 遺伝子: THITE_2110957 / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / 株 (発現宿主): X33 / 参照: UniProt: G2QVH7
#2: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellotetraose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 666.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellotetraose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a2122h-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-cellotriose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 504.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-cellotriose
記述子タイププログラム
DGlcpb1-4DGlcpb1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1a_1-5][a2122h-1b_1-5]/1-2-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 246 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.14 % / Mosaicity: 1.097 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: MgCl2, Tris-Cl, PEG4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月16日
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→25 Å / Num. obs: 31570 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 5.3 % / Rmerge(I) obs: 0.045 / Net I/av σ(I): 37.555 / Net I/σ(I): 30.6
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.58-1.645.30.1870.987199.2
1.64-1.75.40.1530.991100
1.7-1.785.40.1170.994199.8
1.78-1.875.30.0870.996199.9
1.87-1.9950.0740.996199.9
1.99-2.1450.0530.998199.9
2.14-2.364.90.0490.997199.7
2.36-2.75.40.0370.999199.7
2.7-3.45.50.0350.998199.4
3.402-255.40.0410.998199.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0123精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1OA7

1oa7


解像度: 1.58→25 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 1.274 / SU ML: 0.046 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.073
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.18 1622 5.2 %RANDOM
Rwork0.1519 ---
obs0.1534 29867 99.65 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 60.34 Å2 / Biso mean: 18.875 Å2 / Biso min: 10.76 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.01 Å20 Å2-
2---0.79 Å20 Å2
3----1.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.58→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1562 0 79 246 1887
Biso mean--23.94 29.73 -
残基数----213
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0110.021698
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021420
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.571.9732326
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.833306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.5535212
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.06824.72272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.76515210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg8.066156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2255
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.0211944
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02402
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0121.658851
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other21.655850
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.6742.4791062
LS精密化 シェル解像度: 1.58→1.621 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.207 123 -
Rwork0.162 2169 -
all-2292 -
obs--99.83 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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