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- PDB-5glb: Crystal structure of the class A beta-lactamase PenL-tTR10 in com... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5glb
タイトルCrystal structure of the class A beta-lactamase PenL-tTR10 in complex with CBA
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / PenL-tTR10 / omega loop
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-CB4 / Beta-lactamase / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Burkholderia thailandensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Choi, J.M. / Yi, H. / Kim, H.S. / Lee, S.H.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation2010-0005114 韓国
National Research Foundation2013R1A1A2057465 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2016
タイトル: High adaptability of the omega loop underlies the substrate-spectrum-extension evolution of a class A beta-lactamase, PenL
著者: Yi, H. / Choi, J.M. / Hwang, J. / Prati, F. / Cao, T.P. / Lee, S.H. / Kim, H.S.
履歴
登録2016年7月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月19日Group: Advisory / Database references ...Advisory / Database references / Derived calculations / Source and taxonomy
カテゴリ: entity_src_gen / pdbx_validate_close_contact ...entity_src_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene ..._entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _struct_ref.db_code / _struct_ref.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq.pdbx_db_accession / _struct_ref_seq_dif.pdbx_seq_db_accession_code
改定 1.22023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,0952
ポリマ－29,7651
非ポリマー3301
水4,594255
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area510 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area11130 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)70.059, 92.881, 34.993
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 Beta-lactamase


分子量: 29764.574 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-294 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Burkholderia thailandensis (バクテリア)
遺伝子: A8H35_31635 / プラスミド: pET28a(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A2Z4SUB5, UniProt: Q2T5A3*PLUS, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-CB4 / PINACOL[[2-AMINO-ALPHA-(1-CARBOXY-1-METHYLETHOXYIMINO)-4-THIAZOLEACETYL]AMINO]METHANEBORONATE / 2-メチル-2-[[[1-(2-アミノ-4-チアゾリル)-2-[[(ジヒドロキシボリル)メチル]アミノ]-2-オキソエ(以下略)


分子量: 330.125 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15BN4O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 255 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.94 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 30% PEGMME 2000, 0.1M K-thiocyanate, 15% glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年12月17日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 30982 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Net I/av σ(I): 44.692 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 9.4 % / Rmerge(I) obs: 0.315 / Mean I/σ(I) obs: 9.714 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GL9

5gl9


解像度: 1.6→32.776 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 18.08
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1997 1561 5.05 %random
Rwork0.1615 ---
obs0.1634 30932 99.96 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→32.776 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2012 0 22 255 2289
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0072064
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2132799
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.506766
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.071319
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004369
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5998-1.65140.22351340.16132595X-RAY DIFFRACTION100
1.6514-1.71040.21741270.16432648X-RAY DIFFRACTION100
1.7104-1.77890.24651630.16972601X-RAY DIFFRACTION100
1.7789-1.85990.21191270.16252643X-RAY DIFFRACTION100
1.8599-1.95790.20791500.14982651X-RAY DIFFRACTION100
1.9579-2.08050.18751520.15272615X-RAY DIFFRACTION100
2.0805-2.24120.19181040.14932707X-RAY DIFFRACTION100
2.2412-2.46660.1841540.15732651X-RAY DIFFRACTION100
2.4666-2.82340.20111590.1692669X-RAY DIFFRACTION100
2.8234-3.55650.21321390.17032742X-RAY DIFFRACTION100
3.5565-32.78280.18281520.16212849X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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