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- PDB-5gkq: Structure of PL6 family alginate lyase AlyGC mutant-R241A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gkq
タイトルStructure of PL6 family alginate lyase AlyGC mutant-R241A
要素AlyGC mutant - R241A
キーワードLYASE / Alginate lyase / PL6
機能・相同性PL-6 family / Chondroitinase B / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / metal ion binding / AlyGC mutant - R241A
機能・相同性情報
生物種Glaciecola chathamensis S18K6 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.565 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / Wang, P. / Xu, F.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Novel Molecular Insights into the Catalytic Mechanism of Marine Bacterial Alginate Lyase AlyGC from Polysaccharide Lyase Family 6
著者: Xu, F. / Dong, F. / Wang, P. / Cao, H.Y. / Li, C.Y. / Li, P.Y. / Pang, X.H. / Zhang, Y.Z. / Chen, X.L.
履歴
登録2016年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_1 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlyGC mutant - R241A
B: AlyGC mutant - R241A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)161,3815
ポリマ－160,5782
非ポリマー8033
水5,459303
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3550 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area51090 Å2
2
A: AlyGC mutant - R241A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,0523
ポリマ－80,2891
非ポリマー7632
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area80 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area26600 Å2
手法PISA
3
B: AlyGC mutant - R241A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,3292
ポリマ－80,2891
非ポリマー401
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area90 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area26650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.658, 122.830, 195.332
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 AlyGC mutant - R241A


分子量: 80289.195 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Glaciecola chathamensis S18K6 (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4NYD8*PLUS
#2: 多糖 beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid- ...beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid-(1-4)-beta-D-mannopyranuronic acid


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 722.510 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-4DManpAb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,4,3/[a1122A-1b_1-5]/1-1-1-1/a4-b1_b4-c1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{[(4+1)][b-D-ManpA]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 303 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS WP_007984897.1 FOR THIS SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.16 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS.
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 100mM HEPES-NaOH (pH 7.3), 8% ethylene glycol, 11% polyethylene glycol (PEG) 8000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.565→47.8 Å / Num. obs: 61999 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.141 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 2.565→2.657 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GKD

5gkd


解像度: 2.565→47.8 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2279 3009 4.86 %
Rwork0.1907 --
obs0.1926 61946 96.04 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.565→47.8 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11322 0 51 303 11676
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00911592
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.03615725
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.6866860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681762
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0062088
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5646-2.60670.2904790.26251678X-RAY DIFFRACTION58
2.6067-2.65160.35471510.25872796X-RAY DIFFRACTION98
2.6516-2.69980.3381460.25132823X-RAY DIFFRACTION99
2.6998-2.75180.30961330.24522877X-RAY DIFFRACTION98
2.7518-2.80790.32951460.24112776X-RAY DIFFRACTION98
2.8079-2.8690.30561660.24222844X-RAY DIFFRACTION98
2.869-2.93570.26741490.23882809X-RAY DIFFRACTION98
2.9357-3.00910.29911530.22872845X-RAY DIFFRACTION98
3.0091-3.09050.31311420.24142831X-RAY DIFFRACTION98
3.0905-3.18140.27931350.22612819X-RAY DIFFRACTION97
3.1814-3.28410.27151510.2212781X-RAY DIFFRACTION96
3.2841-3.40140.25671520.21042836X-RAY DIFFRACTION98
3.4014-3.53760.23491240.19842872X-RAY DIFFRACTION98
3.5376-3.69850.20331410.19722861X-RAY DIFFRACTION98
3.6985-3.89340.21071340.18712879X-RAY DIFFRACTION98
3.8934-4.13720.23321210.16762895X-RAY DIFFRACTION98
4.1372-4.45650.18531480.14842879X-RAY DIFFRACTION98
4.4565-4.90460.14611540.12372865X-RAY DIFFRACTION97
4.9046-5.61340.16991680.15012915X-RAY DIFFRACTION99
5.6134-7.0690.21831570.19032993X-RAY DIFFRACTION100
7.069-49.30620.19611590.18823063X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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