登録情報 | データベース: PDB / ID: 5gkf |
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タイトル | Structure of EndoMS-dsDNA1' complex |
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要素 | - DNA (5'-D(*CP*GP*CP*TP*AP*CP*AP*TP*GP*TP*CP*GP*TP*CP*C)-3')
- DNA (5'-D(*GP*GP*AP*CP*GP*AP*CP*TP*TP*GP*TP*AP*GP*CP*G)-3')
- Endonuclease EndoMS
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キーワード | HYDROLASE/DNA / ENDONUCLEASE / DNA COMPLEX / HYDROLASE-DNA COMPLEX |
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機能・相同性 | 機能・相同性情報
single-stranded DNA endodeoxyribonuclease activity / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / cytoplasm類似検索 - 分子機能 : / : / : / Endonuclease NucS N-terminal PH-like domain / Endonuclease NucS / Endonuclease NucS C-terminal domain / tRNA endonuclease-like domain superfamily類似検索 - ドメイン・相同性 |
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生物種 | ![](img/tx_archaea.gif) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) synthetic construct (人工物) |
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手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å |
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データ登録者 | Nakae, S. / Hijikata, A. / Tsuji, T. / Yonezawa, K. / Kouyama, K. / Mayanagi, K. / Ishino, S. / Ishino, Y. / Shirai, T. |
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資金援助 | 日本, 3件 組織 | 認可番号 | 国 |
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Japan Agency for Medical Research and Development | Drug Discovery and Life Science Research(Platform for Drug Discovery, Informatics and Structural Life Science) | 日本 | Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology | 25280109 | 日本 | Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology | 26242075 | 日本 |
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引用 | ジャーナル: Structure / 年: 2016 タイトル: Structure of the EndoMS-DNA Complex as Mismatch Restriction Endonuclease 著者: Nakae, S. / Hijikata, A. / Tsuji, T. / Yonezawa, K. / Kouyama, K.I. / Mayanagi, K. / Ishino, S. / Ishino, Y. / Shirai, T. |
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履歴 | 登録 | 2016年7月4日 | 登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ |
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改定 1.0 | 2016年11月2日 | Provider: repository / タイプ: Initial release |
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改定 1.1 | 2016年11月16日 | Group: Database references |
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改定 1.2 | 2020年2月26日 | Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation |
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改定 1.3 | 2023年11月8日 | Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id |
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