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- PDB-5gkd: Structure of PL6 family alginate lyase AlyGC -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gkd
タイトルStructure of PL6 family alginate lyase AlyGC
要素AlyGC
キーワードLYASE / alginate lyase / PL6
機能・相同性
機能・相同性情報


PL-6 family / Chondroitinase B / Single-stranded right-handed beta-helix, Pectin lyase-like / Pectate Lyase C-like / Pectin lyase fold / Pectin lyase fold/virulence factor / 3 Solenoid / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CARBONATE ION / PHOSPHATE ION / AlyGC
類似検索 - 構成要素
生物種Glaciecola chathamensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.194 Å
データ登録者Zhang, Y.Z. / Wang, P. / Xu, F.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Novel Molecular Insights into the Catalytic Mechanism of Marine Bacterial Alginate Lyase AlyGC from Polysaccharide Lyase Family 6
著者: Xu, F. / Dong, F. / Wang, P. / Cao, H.Y. / Li, C.Y. / Li, P.Y. / Pang, X.H. / Zhang, Y.Z. / Chen, X.L.
履歴
登録2016年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年3月29日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AlyGC
B: AlyGC
C: AlyGC
D: AlyGC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)324,51540
ポリマ－321,5014
非ポリマー3,01436
水44,9472495
1
A: AlyGC
D: AlyGC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)162,25720
ポリマ－160,7512
非ポリマー1,50718
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: AlyGC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,12910
ポリマ－80,3751
非ポリマー7539
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: AlyGC
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)81,12910
ポリマ－80,3751
非ポリマー7539
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)116.608, 142.840, 126.276
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 111.09, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
AlyGC


分子量: 80375.312 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Glaciecola chathamensis (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1S4NYD7*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 2531分子

#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-CO3 / CARBONATE ION / 炭酸ジアニオン


分子量: 60.009 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: CO3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2495 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS WP_007984897.1 FOR THIS SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 25% PEG1500, 100 mM SPG pH=8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.194→34.45 Å / Num. obs: 193472 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 2.3 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Net I/σ(I): 5.9
反射 シェル解像度: 2.194→2.273 Å / % possible all: 99

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.194→34.45 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 20.02 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1973 9766 5.05 %
Rwork0.1653 --
obs0.1669 193435 98.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.194→34.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数22668 0 176 2495 25339
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00823244
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.01531480
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.80313768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0683484
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054184
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1944-2.21940.26992890.21755242X-RAY DIFFRACTION85
2.2194-2.24550.24683130.20486152X-RAY DIFFRACTION100
2.2455-2.27290.24783050.20196193X-RAY DIFFRACTION100
2.2729-2.30160.26033320.20116233X-RAY DIFFRACTION99
2.3016-2.33190.2443620.1976155X-RAY DIFFRACTION99
2.3319-2.36380.23573250.18666093X-RAY DIFFRACTION99
2.3638-2.39760.24053160.18876149X-RAY DIFFRACTION99
2.3976-2.43340.22243540.18016122X-RAY DIFFRACTION99
2.4334-2.47140.23373560.18116152X-RAY DIFFRACTION99
2.4714-2.51190.23593270.18456163X-RAY DIFFRACTION99
2.5119-2.55520.24153300.18696096X-RAY DIFFRACTION99
2.5552-2.60170.25833120.18636163X-RAY DIFFRACTION99
2.6017-2.65170.24473220.18466129X-RAY DIFFRACTION99
2.6517-2.70580.23923430.18416103X-RAY DIFFRACTION98
2.7058-2.76460.22453310.18726061X-RAY DIFFRACTION98
2.7646-2.82890.23922890.18195945X-RAY DIFFRACTION96
2.8289-2.89960.21543010.1746198X-RAY DIFFRACTION99
2.8996-2.9780.22083410.1796206X-RAY DIFFRACTION100
2.978-3.06560.22723280.1836213X-RAY DIFFRACTION100
3.0656-3.16450.2093090.17886206X-RAY DIFFRACTION100
3.1645-3.27750.21743490.17536160X-RAY DIFFRACTION100
3.2775-3.40870.19383080.1726248X-RAY DIFFRACTION99
3.4087-3.56370.18373190.16066144X-RAY DIFFRACTION99
3.5637-3.75140.16663390.15256154X-RAY DIFFRACTION99
3.7514-3.98620.17553160.14616089X-RAY DIFFRACTION98
3.9862-4.29350.15073530.13946013X-RAY DIFFRACTION97
4.2935-4.72480.14273260.12276231X-RAY DIFFRACTION99
4.7248-5.40670.16342980.13196245X-RAY DIFFRACTION99
5.4067-6.8050.18013420.16216233X-RAY DIFFRACTION99
6.805-37.03550.15693310.15366178X-RAY DIFFRACTION97

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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