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- PDB-5gk5: Apo structure of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Escheric... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gk5
タイトルApo structure of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Escherichia coli at 1.9 angstrom resolution
要素Fructose-bisphosphate aldolase class 2
キーワードLYASE / FBA apo3
機能・相同性
機能・相同性情報


fructose-bisphosphate aldolase / fructose-bisphosphate aldolase activity / glycolytic process / gluconeogenesis / protein homodimerization activity / zinc ion binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Fructose-bisphosphate aldolase, class II, yeast/E. coli subtype / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 1. / Fructose-bisphosphate aldolase class-II signature 2. / Fructose-bisphosphate aldolase, class-II / Fructose-bisphosphate aldolase class-II / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / Fructose-bisphosphate aldolase class 2
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Tran, T.H. / Huynh, K.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Apo structure of fructose 1,6-bisphosphate aldolase from Escherichia coli at 1.9 angstrom resolution
著者: Tran, T.H. / Huynh, K.H. / Ho, T.H. / Kang, L.W.
履歴
登録2016年7月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
B: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
C: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
D: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
E: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
F: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
G: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
H: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)315,72635
ポリマ－313,5298
非ポリマー2,19727
水20,5191139
1
A: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
B: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,8698
ポリマ－78,3822
非ポリマー4876
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5930 Å2
ΔGint-144 kcal/mol
Surface area24910 Å2
手法PISA
2
C: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
D: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,04010
ポリマ－78,3822
非ポリマー6588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6400 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area24860 Å2
手法PISA
3
E: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
F: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,7777
ポリマ－78,3822
非ポリマー3945
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-143 kcal/mol
Surface area24930 Å2
手法PISA
4
G: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
H: Fructose-bisphosphate aldolase class 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,04010
ポリマ－78,3822
非ポリマー6588
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6390 Å2
ΔGint-176 kcal/mol
Surface area24820 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.834, 90.535, 113.733
Angle α, β, γ (deg.)90.07, 90.01, 90.21
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Fructose-bisphosphate aldolase class 2 / FBPA / Fructose-1 / 6-bisphosphate aldolase / Fructose-bisphosphate aldolase class II


分子量: 39191.152 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: fbaA, fba, fda, b2925, JW2892 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AB71, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER


分子量: 106.120 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.04 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: 0.2M ammonium acetate, 1mM Docosahexaenoic acid , 0.1M Tris pH 7.0, and 15% PEG 4000
PH範囲: 5.6-7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月13日
放射モノクロメーター: DCM Si (111) Crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 220041 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.096 / Net I/σ(I): 22.6
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.492 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 94.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1DOS

1dos


解像度: 1.9→22.055 Å / SU ML: 0.19 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 21.15
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2068 10965 4.98 %
Rwork0.1723 --
obs0.174 220023 95.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→22.055 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数20552 0 98 1139 21789
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00721071
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.87728527
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.81112508
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0543169
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0053685
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8965-1.91810.2782950.22786134X-RAY DIFFRACTION84
1.9181-1.94060.26483530.21516857X-RAY DIFFRACTION94
1.9406-1.96430.2663570.20826988X-RAY DIFFRACTION94
1.9643-1.98910.26133450.20796799X-RAY DIFFRACTION94
1.9891-2.01530.26013670.19016907X-RAY DIFFRACTION94
2.0153-2.04280.24133910.19626811X-RAY DIFFRACTION94
2.0428-2.0720.2323580.19016945X-RAY DIFFRACTION95
2.072-2.10290.24643460.18886906X-RAY DIFFRACTION95
2.1029-2.13580.24373590.18696931X-RAY DIFFRACTION95
2.1358-2.17070.21843380.17916949X-RAY DIFFRACTION95
2.1707-2.20810.23063420.17636934X-RAY DIFFRACTION95
2.2081-2.24820.23233790.17636866X-RAY DIFFRACTION95
2.2482-2.29140.21853830.17386859X-RAY DIFFRACTION95
2.2914-2.33820.22853970.17286897X-RAY DIFFRACTION95
2.3382-2.3890.2273960.18076871X-RAY DIFFRACTION95
2.389-2.44450.21683580.18436905X-RAY DIFFRACTION95
2.4445-2.50550.24613810.18476999X-RAY DIFFRACTION95
2.5055-2.57310.21693590.17886879X-RAY DIFFRACTION95
2.5731-2.64870.22173730.18177001X-RAY DIFFRACTION96
2.6487-2.73410.2493600.18426924X-RAY DIFFRACTION96
2.7341-2.83160.21123380.18977088X-RAY DIFFRACTION96
2.8316-2.94470.22953690.18447092X-RAY DIFFRACTION97
2.9447-3.07840.21013630.18197120X-RAY DIFFRACTION97
3.0784-3.24020.19263650.17787198X-RAY DIFFRACTION98
3.2402-3.44260.20243850.17527127X-RAY DIFFRACTION98
3.4426-3.70720.21253840.17267200X-RAY DIFFRACTION99
3.7072-4.07820.17483790.15137212X-RAY DIFFRACTION99
4.0782-4.66340.15813990.13827229X-RAY DIFFRACTION99
4.6634-5.85710.16753960.14997210X-RAY DIFFRACTION99
5.8571-22.05610.16123500.15177220X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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