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- PDB-5gjk: Crystal Structure of BAF47 and BAF155 Complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gjk
タイトルCrystal Structure of BAF47 and BAF155 Complex
要素
  • SWI/SNF complex subunit SMARCC1
  • SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
キーワードTRANSCRIPTION / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / blastocyst hatching / bBAF complex / prostate gland development / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / npBAF complex / Tat protein binding ...Regulation of MITF-M-dependent genes involved in pigmentation / single stranded viral RNA replication via double stranded DNA intermediate / positive regulation of glucose mediated signaling pathway / positive regulation of pseudohyphal growth by positive regulation of transcription from RNA polymerase II promoter / blastocyst hatching / bBAF complex / prostate gland development / positive regulation of transcription of nucleolar large rRNA by RNA polymerase I / npBAF complex / Tat protein binding / brahma complex / nBAF complex / GBAF complex / regulation of G0 to G1 transition / nucleosome disassembly / regulation of nucleotide-excision repair / hepatocyte differentiation / XY body / RSC-type complex / RNA polymerase I preinitiation complex assembly / positive regulation by host of viral transcription / regulation of mitotic metaphase/anaphase transition / SWI/SNF complex / positive regulation of double-strand break repair / germ cell nucleus / positive regulation of T cell differentiation / nuclear chromosome / positive regulation of stem cell population maintenance / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / regulation of G1/S transition of mitotic cell cycle / negative regulation of cell differentiation / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of myoblast differentiation / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / male germ cell nucleus / positive regulation of cell differentiation / animal organ morphogenesis / fibrillar center / kinetochore / RMTs methylate histone arginines / positive regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / DNA integration / p53 binding / insulin receptor signaling pathway / nervous system development / histone binding / transcription coactivator activity / chromatin remodeling / cell cycle / negative regulation of cell population proliferation / intracellular membrane-bounded organelle / chromatin binding / positive regulation of cell population proliferation / chromatin / nucleolus / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal ...SMARCC, SWIRM-associated domain / SMARCC, N-terminal / : / SWIRM-associated domain at the N-terminal / SWIRM-associated domain at the C-terminal / MarR-like, BRCT and chromo domains module profile. / : / SWI/SNF Subunit INI1, DNA binding domain / Chromatin-remodeling complex component Sfh1/SNF5 / SMARCC, C-terminal / SWIRM-associated region 1 / SNF5/SMARCB1/INI1 / SNF5 / SMARCB1 / INI1 / SWIRM domain / SWIRM domain / SWIRM domain profile. / SANT domain profile. / SANT domain / Chromo/chromo shadow domain / Chromatin organization modifier domain / Myb-like DNA-binding domain / SANT SWI3, ADA2, N-CoR and TFIIIB'' DNA-binding domains / SANT/Myb domain / BRCT domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Homeobox-like domain superfamily / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / SWI/SNF complex subunit SMARCC1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.052 Å
データ登録者Yan, L. / Qian, C.
資金援助 香港, 2件
組織認可番号国
Research Grant Council, General Research Fund17127715 香港
Research Grant Council, General Research Fund775712 香港
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Insights into BAF47 and BAF155 Complex Formation.
著者: Yan, L. / Xie, S. / Du, Y. / Qian, C.
履歴
登録2016年6月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SWI/SNF complex subunit SMARCC1
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,3366
ポリマ－18,9652
非ポリマー3714
水1,910106
1
A: SWI/SNF complex subunit SMARCC1
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
ヘテロ分子

A: SWI/SNF complex subunit SMARCC1
B: SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,67212
ポリマ－37,9294
非ポリマー7438
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation11_555-x+y,y,-z1
Buried area5530 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area16230 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)80.518, 80.518, 200.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number180
Space group name H-MP6222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-759-

HOH

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要素

#1: タンパク質 SWI/SNF complex subunit SMARCC1 / B155 / BRG1-associated factor 155 / BAF155 / SWI/SNF complex 155 kDa subunit / SWI/SNF-related ...B155 / BRG1-associated factor 155 / BAF155 / SWI/SNF complex 155 kDa subunit / SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily C member 1


分子量: 11164.712 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 447-540 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCC1, BAF155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q92922
#2: タンパク質 SWI/SNF-related matrix-associated actin-dependent regulator of chromatin subfamily B member 1 / B47 / BRG1-associated factor 47 / BAF47 / Integrase interactor 1 protein / SNF5 homolog / hSNF5


分子量: 7799.965 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP RESIDUES 183-249 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SMARCB1, BAF47, INI1, SNF5L1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12824
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 106 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 75.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 5.4
詳細: 1 M sodium phosphate monobasic monohydrate, potassium phosphate dibasic, pH 5.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→50 Å / Num. obs: 25126 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.4 % / Net I/σ(I): 34.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.10.1_2155精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2AQE, 2FQ3

2aqe

2fq3


解像度: 2.052→39.475 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 20.32
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2131 2000 8.01 %
Rwork0.195 --
obs0.1965 24964 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 93.33 Å2 / Biso mean: 31.3778 Å2 / Biso min: 15.56 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.052→39.475 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1314 0 23 109 1446
Biso mean--54.7 34.79 -
残基数----162
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071375
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8381871
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005242
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.104820
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0519-2.10320.2551360.22251554169098
2.1032-2.160.26451370.220915891726100
2.16-2.22360.25651410.221816201761100
2.2236-2.29530.21531410.209516091750100
2.2953-2.37740.24121390.216516011740100
2.3774-2.47250.25971400.218116101750100
2.4725-2.58510.25441410.212116191760100
2.5851-2.72130.24751410.22216201761100
2.7213-2.89180.22581430.217416401783100
2.8918-3.1150.23711440.219616411785100
3.115-3.42830.25711420.21816451787100
3.4283-3.9240.18471460.175516761822100
3.924-4.94230.14541490.149517021851100
4.9423-39.48190.19751600.177418381998100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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