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- PDB-5gja: Crystal structure of Arabidopsis thaliana ACO2 in complex with 2-PA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gja
タイトルCrystal structure of Arabidopsis thaliana ACO2 in complex with 2-PA
要素1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
キーワードOXIDOREDUCTASE / ethylene oxidase inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


aminocyclopropanecarboxylate oxidase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase activity / detection of ethylene stimulus / positive regulation of seed germination / ethylene biosynthetic process / plant-type cell wall / plasmodesma / cellular response to fatty acid / L-ascorbic acid binding / cellular response to nitric oxide ...aminocyclopropanecarboxylate oxidase / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase activity / detection of ethylene stimulus / positive regulation of seed germination / ethylene biosynthetic process / plant-type cell wall / plasmodesma / cellular response to fatty acid / L-ascorbic acid binding / cellular response to nitric oxide / defense response / copper ion binding / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls ...: / B-lactam Antibiotic, Isopenicillin N Synthase; Chain / Non-haem dioxygenase N-terminal domain / non-haem dioxygenase in morphine synthesis N-terminal / Isopenicillin N synthase-like, Fe(2+) 2OG dioxygenase domain / 2OG-Fe(II) oxygenase superfamily / Isopenicillin N synthase-like superfamily / Oxoglutarate/iron-dependent dioxygenase / Fe(2+) 2-oxoglutarate dioxygenase domain profile. / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Sun, X.Z. / Li, Y.X. / He, W.R. / Ji, C.G. / Xia, P.X. / Wang, Y.C. / Du, S. / Li, H.J. / Raikhel, N. / Xiao, J.Y. / Guo, H.W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Pyrazinamide and derivatives block ethylene biosynthesis by inhibiting ACC oxidase.
著者: Sun, X. / Li, Y. / He, W. / Ji, C. / Xia, P. / Wang, Y. / Du, S. / Li, H. / Raikhel, N. / Xiao, J. / Guo, H.
履歴
登録2016年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月17日Group: Structure summary
改定 1.22017年9月27日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_detector / Item: _diffrn_detector.detector
改定 1.32019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.42024年3月20日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
B: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
C: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
D: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
E: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
F: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
G: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
H: 1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)277,58924
ポリマ－276,0818
非ポリマー1,50816
水22,9511274
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12540 Å2
ΔGint-288 kcal/mol
Surface area101510 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)69.455, 95.343, 95.892
Angle α, β, γ (deg.)90.06, 89.48, 89.99
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
1-aminocyclopropane-1-carboxylate oxidase 2 / AtACO2


分子量: 34510.129 Da / 分子数: 8 / 断片: UNP residues 1-303 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: ACO2, EI305, At1g62380, F24O1.10 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q41931, aminocyclopropanecarboxylate oxidase
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物
ChemComp-6PC / PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / PICOLINIC ACID / ピコリン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1274 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.52 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, citric acid

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97791 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年4月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97791 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 140740 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.105 / Net I/σ(I): 10
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.431 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / CC1/2: 0.907 / % possible all: 96.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000data processing
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.1→48.592 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2181 2025 1.44 %
Rwork0.1706 --
obs0.1713 140503 96.91 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→48.592 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数18880 0 80 1274 20234
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00819366
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06126147
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.05311721
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0682809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073430
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0934-2.14570.2911400.23659400X-RAY DIFFRACTION92
2.1457-2.20370.23881440.20739817X-RAY DIFFRACTION97
2.2037-2.26860.24691310.20079944X-RAY DIFFRACTION97
2.2686-2.34180.25771480.1939823X-RAY DIFFRACTION97
2.3418-2.42550.24961420.19329914X-RAY DIFFRACTION97
2.4255-2.52260.2371550.199909X-RAY DIFFRACTION97
2.5226-2.63740.2541420.18849917X-RAY DIFFRACTION97
2.6374-2.77640.25561460.19069919X-RAY DIFFRACTION97
2.7764-2.95040.24941400.18999935X-RAY DIFFRACTION97
2.9504-3.17810.20691540.18659938X-RAY DIFFRACTION97
3.1781-3.49790.2351370.16549981X-RAY DIFFRACTION98
3.4979-4.00380.20741480.150410036X-RAY DIFFRACTION98
4.0038-5.04350.16191420.128610016X-RAY DIFFRACTION98
5.0435-48.60470.18521560.15199928X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.71880.779-0.41576.6355-2.57943.91830.03940.3342-0.471-0.32190.02290.44060.6825-0.33130.01980.2623-0.0751-0.04990.3478-0.05890.309326.4595-19.06255.9537
21.9599-0.2966-0.27763.1067-0.54331.45550.01830.298-0.2537-0.1643-0.05930.05460.2432-0.21580.02760.2218-0.0207-0.03510.2749-0.0280.141731.506-16.47247.1191
33.41110.8983-0.5987.5333-2.04172.8095-0.11880.01730.5409-0.21380.36250.7738-0.1196-0.5452-0.22960.21450.0922-0.03790.41870.03150.35620.90147.77617.0944
43.06640.2252-0.70034.3288-0.57742.40270.26110.61171.0301-0.4671-0.099-0.2421-0.2510.2804-0.0660.38960.01750.03270.52450.22590.575938.489717.1802-4.6471
53.1163-0.4961-0.14151.8074-0.34522.1392-0.4797-0.26550.73050.35930.2006-0.1222-0.4503-0.19430.06950.3420.104-0.05860.3436-0.07860.296132.209410.777217.4036
63.2326-2.2505-0.35184.0450.20271.5902-0.0167-0.09450.03830.3282-0.03520.1246-0.1584-0.3041-0.02090.16530.011-0.0020.32150.00330.166228.9846-4.592917.4725
72.417-0.22190.22381.3045-0.19391.85720.00790.2820.1679-0.1325-0.05380.0898-0.0356-0.15070.01530.14130.01830.00430.27230.01110.163836.1997-2.25244.9221
82.2175-0.45420.2421.3481-0.44051.77380.04440.18670.06-0.0777-0.0540.0983-0.0383-0.07680.03790.12560.0146-0.00650.17850.01390.13540.8931-5.45828.2732
92.4812-0.8550.29262.2142-1.06831.97740.00080.01620.0123-0.0125-0.047-0.1349-0.10530.21250.08830.1821-0.00130.00590.27680.02120.203453.7229-4.664411.0348
102.4156-1.65890.00745.0079-0.31651.93160.0085-0.14290.17840.01080.04880.16190.0448-0.421-0.05770.1739-0.022-0.03120.4361-0.03640.166843.7696-50.8259-29.7667
116.1899-0.1734-2.24864.6846-1.17746.4608-0.01160.00620.73670.0982-0.0706-0.3074-0.09110.27350.02250.17370.0066-0.06660.2484-0.0670.394153.0364-34.5982-29.6974
127.5593-6.9775-1.34256.34471.61651.10190.1096-0.25580.4140.3214-0.0952-0.5551-0.0064-0.2495-0.08280.2739-0.0395-0.01720.5024-0.00350.189844.6542-51.336-18.2369
132.0719-0.54170.25291.6996-0.38272.010.10490.00250.086-0.0125-0.0649-0.00520.0038-0.1909-0.03760.1563-0.02230.01740.3223-0.02420.157853.9404-50.6418-29.48
143.23350.36350.0088.0571-3.77594.86160.1873-0.2566-0.05520.0906-0.3255-0.63270.08260.41580.13170.1323-0.0222-0.00650.3963-0.00530.220369.543-52.2641-24.668
152.91120.29090.10894.58831.20391.9374-0.0163-0.1192-0.12480.0630.145-0.39650.5360.4194-0.13140.29640.1068-0.04640.40220.0390.204576.1011-16.2789-9.8076
166.3564-3.6455-4.25077.87313.18485.65820.1635-0.32661.1140.07520.1595-0.2089-0.32020.3713-0.32970.2183-0.0633-0.08970.40430.0040.360472.799113.9889-2.8995
171.49790.25261.0038.21166.9236.7979-0.28240.53290.3915-1.0410.0117-0.0056-0.7678-0.61560.27990.3615-0.01570.0150.46250.15740.399872.452411.5717-20.0961
188.01546.9288-1.2515.9692-1.25671.12460.07580.30640.3228-0.3727-0.09450.43010.00440.2447-0.04530.24320.0872-0.01890.56480.01440.207676.1555-3.6687-20.1507
191.83140.35190.12741.54910.32862.13340.08390.04650.1044-0.0077-0.02870.0118-0.02210.18-0.05390.14420.04330.01870.33490.02770.169666.8913-3.0112-8.922
203.2637-0.66120.60987.62275.04595.4130.20950.2112-0.09620.0214-0.33710.3993-0.0325-0.50590.13950.13850.03650.00790.3880.04910.210251.3322-4.6385-13.6963
212.72921.03881.39796.11120.0931.83690.0366-0.3371-0.44360.16410.0176-0.42990.40220.2156-0.0630.21130.074-0.02790.30110.04810.190691.1929-65.0335-45.0488
225.7232-3.2766-1.11428.54733.83975.6101-0.10260.10930.73690.12770.3155-0.6312-0.09380.5332-0.27930.1503-0.0661-0.02070.3708-0.00870.293899.9126-39.8155-45.5741
236.47681.7445-2.67536.5037-0.59386.10470.2616-0.85651.31690.4035-0.02930.1914-0.2407-0.2872-0.32070.350.0297-0.01940.4589-0.2060.561582.495-30.5357-33.6508
245.34421.2602-0.14524.57912.42847.3867-0.42980.45150.9075-0.7497-0.11430.2361-0.5643-0.13550.45870.3115-0.0144-0.05480.31310.10610.298488.5575-36.8094-55.7539
258.58027.5791-1.83546.324-1.58461.8721-0.05840.11150.033-0.16470.0798-0.0823-0.08130.2645-0.07840.16670.0068-0.00380.31130.00970.178691.8438-52.1965-55.8729
262.49270.65580.5061.41740.31251.71470.0414-0.23520.10250.103-0.0709-0.0857-0.00250.11270.03710.13640.01360.00950.23530.00190.140282.7074-51.1722-44.6792
272.34871.10060.47062.92951.64382.0113-0.034-0.07520.12080.0309-0.06170.1477-0.0869-0.16670.170.1240.0250.01860.2132-0.02260.173367.0945-52.2681-49.4328
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 19 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 20 through 45 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 46 through 63 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 64 through 90 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 91 through 110 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 111 through 139 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 140 through 215 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 216 through 268 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 269 through 303 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 6 through 74 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 75 through 110 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 111 through 139 )
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15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 6 through 45 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 46 through 90 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 91 through 110 )
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19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 140 through 268 )
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21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 5 through 45 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 46 through 63 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 64 through 90 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 91 through 110 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'D' and (resid 111 through 139 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'D' and (resid 140 through 268 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 269 through 303 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'E' and (resid 6 through 33 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'E' and (resid 34 through 63 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'E' and (resid 64 through 90 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 91 through 110 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 111 through 139 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 140 through 165 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 166 through 185 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'E' and (resid 186 through 227 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'E' and (resid 228 through 246 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'E' and (resid 247 through 268 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'E' and (resid 269 through 303 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 6 through 18 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 19 through 63 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 64 through 84 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 85 through 110 )
43X-RAY DIFFRACTION43chain 'F' and (resid 111 through 139 )
44X-RAY DIFFRACTION44chain 'F' and (resid 140 through 268 )
45X-RAY DIFFRACTION45chain 'F' and (resid 269 through 303 )
46X-RAY DIFFRACTION46chain 'G' and (resid 6 through 19 )
47X-RAY DIFFRACTION47chain 'G' and (resid 20 through 63 )
48X-RAY DIFFRACTION48chain 'G' and (resid 64 through 110 )
49X-RAY DIFFRACTION49chain 'G' and (resid 111 through 268 )
50X-RAY DIFFRACTION50chain 'G' and (resid 269 through 303 )
51X-RAY DIFFRACTION51chain 'H' and (resid 6 through 33 )
52X-RAY DIFFRACTION52chain 'H' and (resid 34 through 110 )
53X-RAY DIFFRACTION53chain 'H' and (resid 111 through 139 )
54X-RAY DIFFRACTION54chain 'H' and (resid 140 through 227 )
55X-RAY DIFFRACTION55chain 'H' and (resid 228 through 246 )
56X-RAY DIFFRACTION56chain 'H' and (resid 247 through 268 )
57X-RAY DIFFRACTION57chain 'H' and (resid 269 through 303 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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