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- PDB-5gj7: putative Acyl-CoA dehydrogenase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5gj7
タイトルputative Acyl-CoA dehydrogenase
要素Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
キーワードOXIDOREDUCTASE / Acyl-CoA dehydrogenase Bacteria FAD
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors / flavin adenine dinucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal domain / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal domain superfamily / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
類似検索 - 構成要素
生物種Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Moon, H. / Choe, J.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
The university of seoul 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Putative Acyl CoA dehydrogenase
著者: Moon, H. / Choe, J.
履歴
登録2016年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_special_symmetry / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein
B: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)87,7142
ポリマ－87,7142
非ポリマー00
水4,882271
1
A: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8571
ポリマ－43,8571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)43,8571
ポリマ－43,8571
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)155.691, 69.384, 83.255
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-479-

HOH

21B-446-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: GLN / End label comp-ID: GLN / Refine code: _ / Auth seq-ID: -2 - 395 / Label seq-ID: 1 - 398

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Acyl-CoA dehydrogenase type 2 domain protein


分子量: 43857.023 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-395 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius (strain ATCC 27009 / DSM 446 / JCM 5260 / NBRC 15652 / NCIMB 11725 / NRRL B-14509 / 104-1A) (バクテリア)
株: ATCC 27009 / DSM 446 / JCM 5260 / NBRC 15652 / NCIMB 11725 / NRRL B-14509 / 104-1A
遺伝子: Aaci_0955 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8WV06
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 271 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M magnesium Chloride 0.1M MES :NaOH pH6.5 10%(w/v) PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→20 Å / Num. obs: 65742 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Net I/av σ(I): 19.082 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Diffraction-ID% possible all
1.95-1.986.60.5950.9481100
1.98-2.026.70.4670.9551100
2.02-2.066.70.390.9631100
2.06-2.16.70.3520.9741100
2.1-2.156.70.2970.9761100
2.15-2.26.70.250.9841100
2.2-2.256.70.2280.9871100
2.25-2.316.70.2010.9881100
2.31-2.386.70.1750.9911100
2.38-2.466.70.1580.9911100
2.46-2.546.70.1470.9931100
2.54-2.656.70.1260.9951100
2.65-2.776.70.1110.9951100
2.77-2.916.70.10.995199.9
2.91-3.096.80.0890.9961100
3.09-3.336.80.0750.9971100
3.33-3.666.80.0640.998199.9
3.66-4.196.60.0590.996199.3
4.19-5.266.50.0530.997199.2
5.26-206.20.0580.996193.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.95→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.95 / SU B: 7.969 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2235 3318 5.1 %RANDOM
Rwork0.1964 ---
obs0.1978 62204 99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 155.48 Å2 / Biso mean: 37.54 Å2 / Biso min: 15.16 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.03 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.26 Å20 Å2
3---0.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.95→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6042 0 0 271 6313
Biso mean---40.68 -
残基数----776
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0196168
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.025974
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6671.9678378
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.226313688
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9555772
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.83722.766282
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.497151014
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8011564
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1090.2946
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0216964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.021404
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6661.7043100
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6661.7033099
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it4.1212.5323868
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 48718 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.05 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.954→2.005 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.291 255 -
Rwork0.272 4484 -
all-4739 -
obs--97.71 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.4886-0.3328-0.48570.5130.32881.16950.0182-0.07080.181-0.00830.01350.0346-0.0494-0.1711-0.03170.00320.0049-0.01080.05920.02030.2084214.71776.6061.476
21.4960.25360.68030.50280.25351.91880.07170.0838-0.2005-0.0670.0360.06480.1923-0.2816-0.10770.0641-0.0318-0.02380.10420.02320.2109214.88561.815-36.955
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A-2 - 395
2X-RAY DIFFRACTION2B-2 - 395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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