PDB-5giv: Crystal structure of M32 carboxypeptidase from Deinococcus radiod...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5giv

タイトル

Crystal structure of M32 carboxypeptidase from Deinococcus radiodurans R1

要素

Carboxypeptidase 1

キーワード

HYDROLASE / M32 carboxypeptidase / Cobalt / Metallopeptidase

機能・相同性

機能・相同性情報

carboxypeptidase Taq / metallocarboxypeptidase activity / proteolysis / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.4 Å

データ登録者

Sharma, B. / Singh, R. / Yadav, P. / Ghosh, B. / Kumar, A. / Jamdar, S.N. / Makde, R.D.

引用

ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Active site gate of M32 carboxypeptidases illuminated by crystal structure and molecular dynamics simulations
著者: Sharma, B. / Jamdar, S.N. / Ghosh, B. / Yadav, P. / Kumar, A. / Kundu, S. / Goyal, V.D. / Makde, R.D.

履歴

登録	2016年6月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年7月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年10月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5giv.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5giv.ent.gz	946 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5giv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5giv_validation.pdf.gz	480 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5giv_full_validation.pdf.gz	502.6 KB	表示
XML形式データ	5giv_validation.xml.gz	105.7 KB	表示
CIF形式データ	5giv_validation.cif.gz	147.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5giv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gi/5giv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3hoaS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3hoa-d 4tx3-d 3hq2-d 1llf-d 2xyb-1 3h7l-2 3bh9-2 3h7l-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Carboxypeptidase 1

B: Carboxypeptidase 1

C: Carboxypeptidase 1

D: Carboxypeptidase 1

E: Carboxypeptidase 1

F: Carboxypeptidase 1

ヘテロ分子

338 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Carboxypeptidase 1

D: Carboxypeptidase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Carboxypeptidase 1

F: Carboxypeptidase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Carboxypeptidase 1

E: Carboxypeptidase 1

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
113 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	134.857, 256.632, 199.214
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Carboxypeptidase 1 分子量: 56274.246 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Deinococcus radiodurans str. R1 (放射線耐性) 株: R1 / 遺伝子: DR_2423 / プラスミド: pST50STR / 詳細 (発現宿主): pET3a, T7 based / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): pLysS / 参照: UniProt: Q9RRR3, carboxypeptidase Taq
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 907 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.55 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.81 %
結晶化	温度: 294 K / 手法: マイクロバッチ法詳細: 100mM Sodium Cacodylate pH 6.5, 0.2M Mg acetate, 15% Glycerol, 20% Cymal, 20% PEG 8000 PH範囲: 6.5 to 7.0

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: RRCAT INDUS-2 / ビームライン: PX-BL21 / 波長: 0.97947 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年4月22日 / 詳細: Mirrors
放射	モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97947 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.4→47.97 Å / Num. obs: 134280 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.5 % / B_iso Wilson estimate: 23.415 Å² / CC_1/2: 0.995 / R_merge(I) obs: 0.151 / Net I/σ(I): 14.4
反射シェル	解像度: 2.4→2.44 Å / 冗長度: 6.5 % / R_merge(I) obs: 0.608 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152: ???)	精密化
Coot		モデル構築
PHASER		位相決定
Aimless		データスケーリング
XDS		data processing

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3HOA

3hoa

解像度: 2.4→47.97 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 25.74 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2427	6738	5.03 %
R_work	0.2055	-	-
obs	0.2074	134079	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.4→47.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	23550	0	10	907	24467

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	24153
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.669	32784
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15.929	14029
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.041	3378
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	4395

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.4-2.4273	0.3153	247	0.2546	4200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4273-2.4559	0.2865	219	0.2475	4229	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4559-2.4858	0.2968	219	0.2501	4185	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4858-2.5173	0.3083	223	0.2481	4203	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5173-2.5504	0.2961	219	0.2539	4251	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5504-2.5853	0.3198	219	0.257	4231	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5853-2.6223	0.3119	220	0.249	4206	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6223-2.6614	0.2947	229	0.2478	4217	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6614-2.703	0.2964	226	0.2451	4237	X-RAY DIFFRACTION	100
2.703-2.7473	0.2872	215	0.2552	4207	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7473-2.7947	0.3175	223	0.2472	4253	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7947-2.8455	0.2768	240	0.2414	4189	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8455-2.9002	0.2676	198	0.2401	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9002-2.9594	0.289	237	0.2309	4208	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9594-3.0237	0.2766	205	0.245	4234	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0237-3.094	0.2765	212	0.2472	4231	X-RAY DIFFRACTION	100
3.094-3.1714	0.288	223	0.2342	4247	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1714-3.2571	0.2458	226	0.2341	4237	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2571-3.353	0.2699	228	0.2308	4250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.353-3.4612	0.262	243	0.2114	4248	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4612-3.5848	0.2422	204	0.2049	4244	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5848-3.7283	0.2263	220	0.1935	4276	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7283-3.8979	0.2076	222	0.1773	4239	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8979-4.1033	0.2003	229	0.1739	4273	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1033-4.3602	0.2094	204	0.1698	4287	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3602-4.6966	0.1808	241	0.1537	4263	X-RAY DIFFRACTION	100
4.6966-5.1688	0.1912	238	0.1608	4291	X-RAY DIFFRACTION	100
5.1688-5.9155	0.2346	235	0.1759	4274	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9155-7.4484	0.2098	223	0.1775	4342	X-RAY DIFFRACTION	99
7.4484-47.9791	0.1541	251	0.1407	4326	X-RAY DIFFRACTION	96

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: -46.9161 Å / Origin y: -35.0007 Å / Origin z: 41.2143 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.2121 Å²	-0.0038 Å²	-0.0665 Å²	-	0.2396 Å²	-0.0055 Å²	-	-	0.2452 Å²
L	-0.0095 °²	-0.0233 °²	-0.0421 °²	-	0.0535 °²	0.0023 °²	-	-	0.0723 °²
S	-0.0179 Å °	0.0112 Å °	0.0033 Å °	-0.0265 Å °	0.0191 Å °	0.0507 Å °	-0.0142 Å °	-0.0116 Å °	0.0029 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: ALL

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関連情報:EMDBヘッダ

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