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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5ghy | ||||||
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タイトル | Crystal structure of beta-lactamase PenP mutant-E166H in complex with cephaloridine as "post-acylation" intermediate | ||||||
![]() | Beta-lactamase | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
機能・相同性 | ![]() beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / response to antibiotic / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Pan, X. / Zhao, Y. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystallographic Snapshots of Class A beta-Lactamase Catalysis Reveal Structural Changes That Facilitate beta-Lactam Hydrolysis 著者: Pan, X. / He, Y. / Lei, J. / Huang, X. / Zhao, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 113.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 91.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 29836.832 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 43-307 / 変異: E166H / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: penP, blaP / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.36 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 0.1M Tris pH 8.0, 22.5% PEG 3350, 0.4M ammonium acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 110 K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2013年9月7日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.005→63.155 Å / Num. all: 28415 / Num. obs: 28415 / % possible obs: 93.3 % / 冗長度: 3.9 % / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.079 / Rsym value: 0.068 / Net I/av σ(I): 9.1 / Net I/σ(I): 14.2 / Num. measured all: 111449 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 3.9 %
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 2.1→38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.93 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 5.872 / SU ML: 0.159 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.347 / ESU R Free: 0.223 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 81.69 Å2 / Biso mean: 21.174 Å2 / Biso min: 8.92 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→38 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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