PDB-5ggf: Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ggf

タイトル

Crystal structure of human protein O-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase form II

要素

Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

キーワード

TRANSFERASE / SUGAR BINDING PROTEIN / glycosyltransferase / O-mannosylation / alpha-dystroglycan

機能・相同性

機能・相同性情報

beta-1,3-galactosyl-O-glycosyl-glycoprotein beta-1,3-N-acetylglucosaminyltransferase activity / Defective POMGNT1 causes MDDGA3, MDDGB3 and MDDGC3 / O-linked glycosylation / localization of cell / protein O-linked mannosylation / protein O-linked GalNAcylation / reactive gliosis / acetylglucosaminyltransferase activity / basement membrane organization / dentate gyrus development ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.49 Å

データ登録者

Kuwabara, N. / Senda, T. / Kato, R.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2016
タイトル: Carbohydrate-binding domain of the POMGnT1 stem region modulates O-mannosylation sites of alpha-dystroglycan
著者: Kuwabara, N. / Manya, H. / Yamada, T. / Tateno, H. / Kanagawa, M. / Kobayashi, K. / Akasaka-Manya, K. / Hirose, Y. / Mizuno, M. / Ikeguchi, M. / Toda, T. / Hirabayashi, J. / Senda, T. / Endo, T. / Kato, R.

履歴

登録	2016年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2016年8月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2016年8月31日	Group: Database references
改定 1.2	2020年2月26日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / diffrn_source / pdbx_struct_oper_list Item: _citation.journal_id_CSD / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_oper_list.symmetry_operation
改定 1.3	2024年11月20日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ggf.cif.gz	634.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ggf.ent.gz	531.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ggf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gggC 5ggiC 5ggjC 5ggkC 5gglC 5ggnC 5ggoC 5ggpC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5ggg-d 1m5n-d 6s2x-d 5d4y-d 5h33-d 5chu-d 3pju-1 6ovx-d 3v83-4 2awh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #254 - 2021年2月セルロース合成酵素 (Cellulose Synthase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

B: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

C: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

197 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
65.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	168.688, 186.444, 143.887
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Protein O-linked-mannose beta-1,2-N-acetylglucosaminyltransferase 1 / POMGnT1 / UDP-GlcNAc:alpha-D-mannoside beta-1 / 2-N-acetylglucosaminyltransferase I.2 / GnT I.2 分子量: 65551.453 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 92-660 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: POMGNT1, MGAT1.2, UNQ746/PRO1475 / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) 参照: UniProt: Q8WZA1, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 15 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 57.24 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 1.4-1.6M Na malonate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年5月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.497→46.61 Å / Num. obs: 79199 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.6 % / R_merge(I) obs: 0.112 / Net I/σ(I): 16.13
反射シェル	解像度: 2.5→2.55 Å / R_merge(I) obs: 1.2

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PDB_EXTRACT	3.2	データ抽出
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.49→46.611 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.57 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2528	2000	2.53 %
R_work	0.233	-	-
obs	0.2335	79170	99.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.49→46.611 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12758	0	0	15	12773

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.014	13137
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.158	17887
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	16.613	7874
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.067	1948
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.008	2311

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.49-2.5523	0.413	141	0.3443	5470	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5523-2.6213	0.3384	142	0.3392	5473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6213-2.6984	0.387	141	0.3258	5419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6984-2.7855	0.3517	142	0.3257	5473	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7855-2.885	0.3759	141	0.3164	5456	X-RAY DIFFRACTION	100
2.885-3.0005	0.3087	143	0.3001	5507	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0005-3.1371	0.3158	142	0.2943	5489	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1371-3.3024	0.2962	143	0.2652	5484	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3024-3.5093	0.2698	142	0.2463	5527	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5093-3.7801	0.232	142	0.2259	5486	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7801-4.1603	0.2203	144	0.2009	5534	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1603-4.7618	0.2061	144	0.1687	5556	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7618-5.9973	0.2105	145	0.1858	5596	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9973-46.6191	0.1812	148	0.1968	5700	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2915	-0.2758	0.0991	0.4221	-0.1503	0.4232	0.0718	0.1797	-0.1322	-0.1	-0.2037	0.0958	0.0592	-0.0361	0	0.4279	0.0292	-0.005	0.4417	-0.0423	0.4252	77.1649	229.8426	296.5873
2	1.5999	0.0326	-0.6201	0.68	0.1916	1.4621	0.0424	0.1123	0.1437	0.0538	-0.0171	0.036	0.0274	0.06	-0	0.4322	-0.015	-0.0802	0.4016	0.0281	0.4302	43.5678	243.8483	301.9166
3	0.2748	-0.0116	-0.4784	0.8903	-0.0663	0.7268	-0.007	-0.0868	-0.0798	0.3439	0.0157	0.1296	0.3075	-0.0728	-0	0.7081	-0.0941	-0.0123	0.5397	0.0112	0.5604	27.0715	226.4281	315.9729
4	0.5587	0.1534	0.2166	1.244	0.1657	0.5643	0.0127	0.0222	-0.035	0.0043	-0.1912	0.2584	0.0529	-0.1946	-0.0001	0.3789	-0.053	0.0526	0.5342	-0.1034	0.4909	60.0708	232.2833	337.4342
5	0.373	0.0756	0.0965	0.2455	0.2229	0.3018	-0.1692	-0.0996	-0.0267	0.0861	-0.072	-0.0947	0.0925	-0.3303	-0.1448	0.5005	-0.1112	0.1231	0.5757	-0.0641	0.4723	59.6039	223.4366	345.3028
6	0.4314	-0.2386	-0.3293	0.6804	0.9528	1.1263	-0.0409	0.0657	-0.1192	0.2838	-0.4848	0.1565	0.359	-0.3481	-0.4256	0.5537	-0.1514	0.1592	0.5386	-0.1537	0.5477	63.3429	198.8217	320.3004
7	0.4755	-0.1539	0.0756	0.6989	-0.5753	1.8382	0.3782	-0.0258	-0.3569	-0.3986	-2.3314	-1.0248	-0.0744	0.1239	-1.2459	0.5506	0.1536	-0.1989	0.9686	-1.0708	0.4186	50.6042	200.5749	295.6813
8	0.9174	0.4458	0.142	0.8375	0.3614	0.8	-0.0257	0.1497	0.0966	-0.1459	-0.1148	0.0647	-0.1871	0.1066	-0.0003	0.4557	0.015	0.0045	0.4413	0.0796	0.4545	7.3655	166.8759	301.7663
9	0.088	-0.0614	-0.0277	-0.0546	-0.004	0.0852	-0.0112	0.0658	-0.0921	0.0531	-0.0555	0.1404	-0.213	0.3681	-0.0031	0.5677	-0.1881	-0.0064	0.5837	0.1286	0.5567	28.385	185.1622	312.5874
10	0.3841	-0.3789	0.1817	0.6209	0.4418	1.8278	-0.1822	-0.0877	-0.0045	-0.0217	-0.1376	-0.0967	-0.5902	0.2921	-0.0891	0.6672	-0.1581	-0.098	0.4412	0.0493	0.5654	19.0812	193.2259	337.2621

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 97 through 260 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 261 through 485 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 486 through 646 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 97 through 226 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 227 through 269 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 270 through 500 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 501 through 647 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 97 through 260 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 261 through 311 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 312 through 647 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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