PDB-5ggc: Crystal structure of Mycobacterium smegmatis MutT1 in complex wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5ggc

タイトル

Crystal structure of Mycobacterium smegmatis MutT1 in complex with phosphate and magnesium ions (excess magnesium, I)

要素

Hydrolase, NUDIX family protein

キーワード

HYDROLASE / 8-oxo-guanine nucleotides / sanitization of nucleotide pool / nudix enzyme / histidine phosphatase domain / binding sites at intermolecular interface / enzyme action

機能・相同性

機能・相同性情報

8-oxo-(d)GTP phosphatase / diadenosine hexaphosphate hydrolase (ATP-forming) / 8-oxo-dGDP phosphatase / 8-oxo-GDP phosphatase activity / 8-oxo-dGDP phosphatase activity / 8-oxo-7,8-dihydroguanosine triphosphate pyrophosphatase activity / DNA replication / DNA repair / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.85 Å

データ登録者

Arif, S.M. / Patil, A.G. / Varshney, U. / Vijayan, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2017
タイトル: Biochemical and structural studies of Mycobacterium smegmatis MutT1, a sanitization enzyme with unusual modes of association
著者: Arif, S.M. / Patil, A.G. / Varshney, U. / Vijayan, M.

履歴

登録	2016年6月15日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5ggc.cif.gz	142.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5ggc.ent.gz	107.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5ggc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5ggc_validation.pdf.gz	456.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5ggc_full_validation.pdf.gz	460.3 KB	表示
XML形式データ	5ggc_validation.xml.gz	27.6 KB	表示
CIF形式データ	5ggc_validation.cif.gz	40.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/gg/5ggc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5gg5C 5gg6C 5gg7C 5gg8C 5gg9C 5ggaC 5ggbC 5ggdC 3fjyS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4obb-1 5gg8-d 5gg6-1 4drh-1 4otz-2 4q6b-d 7kem-2 4nv3-2 5i0p-2 6kvh-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (4) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (4) #145 - 2012年1月伝令RNAのキャップ形成 (Messenger RNA Capping) 類似性 (6) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #201 - 2016年9月イソプレン合成酵素 (Isoprene Synthase) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Hydrolase, NUDIX family protein

B: Hydrolase, NUDIX family protein

ヘテロ分子

76.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Hydrolase, NUDIX family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Hydrolase, NUDIX family protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
38.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	38.990, 87.670, 90.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 99.93, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Hydrolase, NUDIX family protein / MutT1 分子量: 38153.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア) 株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_2390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JW0097 / 参照: UniProt: A0QUZ2
#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 468 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2 Å³/Da / 溶媒含有率: 38.52 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2 M magnesium chloride hexahydrate, 0.1 M TRIS hydrochloride, 30% w/v PEG 4000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器	タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2014年8月1日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.85→31.97 Å / Num. obs: 51169 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.3 % / Net I/σ(I): 7.6
反射シェル	解像度: 1.85→1.95 Å / 冗長度: 5.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / % possible all: 99.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0049	精密化
iMOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3FJY

3fjy

解像度: 1.85→31.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.959 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 6.463 / SU ML: 0.172 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.178 / ESU R Free: 0.163 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.26724	2594	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22252	-	-	-
obs	0.22481	48523	99.71 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.627 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.22 Å²	0 Å²	1.72 Å²
2-	-	-2.71 Å²	0 Å²
3-	-	-	3.14 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.85→31.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4558	0	16	468	5042

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	4713
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4556
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.727	1.959	6409
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.828	3	10445
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.633	5	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	27.872	22.162	222
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.502	15	791
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.562	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	698
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.021	5317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1095
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.172	2.732	2324
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.164	2.731	2323
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.256	4.081	2903
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.258	4.082	2904
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.687	3.079	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.679	3.075	2379
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.138	4.477	3491
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.059	22.831	5765
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.897	22.521	5600
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.85→1.898 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.418	169	-
R_work	0.413	3515	-
obs	-	-	98.9 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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