PDB-5g6u: Crystal structure of langerin carbohydrate recognition domain wit...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5g6u

タイトル

Crystal structure of langerin carbohydrate recognition domain with GlcNS6S

要素

LANGERIN

キーワード

CARBOHYDRATE BINDING PROTEIN / LANGERIN / CD207 / CLEC4K / C-TYPE LECTINS / CLRS / SULFATED CARBOHYDRATES

機能・相同性

機能・相同性情報

Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / pattern recognition receptor activity / D-mannose binding / endocytic vesicle / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / carbohydrate binding / early endosome membrane / defense response to virus / immune response / external side of plasma membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

HOMO SAPIENS (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.844 Å

データ登録者

Porkolab, V. / Chabrol, E. / Varga, N. / Ordanini, S. / Sutkeviciute, I. / Thepaut, M. / Bernardi, A. / Fieschi, F.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Rational-Differential Design of Highly Specific Glycomimetic Ligands: Targeting DC-SIGN and Excluding Langerin Recognition.
著者: Porkolab, V. / Chabrol, E. / Varga, N. / Ordanini, S. / Sutkeviciu Te, I. / Thepaut, M. / Garcia-Jimenez, M.J. / Girard, E. / Nieto, P.M. / Bernardi, A. / Fieschi, F.

履歴

登録	2016年7月21日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月28日	Group: Derived calculations カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.2	2018年3月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_validate_close_contact / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_validate_close_contact.auth_atom_id_1 / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月10日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 2.2	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5g6u.cif.gz	333.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5g6u.ent.gz	276.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5g6u.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/5g6u ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/g6/5g6u	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3c22S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3p5e-d 3p5h-d 4n34-d 4n36-d 3p5f-d 3p5i-d 4n32-d 4n38-d 3p5d-d 3p7h-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目	#232 - 2019年4月タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals) 類似性 (8) #75 - 2006年3月組織因子 (Tissue Factor) 類似性 (8) #134 - 2011年2月インテグリン (Integrin) 類似性 (6) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #261 - 2021年9月 DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores) 類似性 (1) #69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

PDBのページ

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「今月の分子」の関連する項目

#232 - 2019年4月
タンパク質と生体鉱物 (Proteins and Biominerals)
類似性 (8)
#75 - 2006年3月
組織因子 (Tissue Factor)
類似性 (8)
#134 - 2011年2月
インテグリン (Integrin)
類似性 (6)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#261 - 2021年9月
DNA配列ナノポア (DNA-Sequencing Nanopores)
類似性 (1)
#69 - 2005年9月
コレラ毒素 (Cholera Toxin)
類似性 (1)

登録構造単位

A: LANGERIN

B: LANGERIN

C: LANGERIN

D: LANGERIN

ヘテロ分子

121 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	79.483, 79.483, 90.710
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	77
Space group name H-M	P4₂

-
タンパク質 / 糖 , 2種, 8分子 ABCD

#1: タンパク質

LANGERIN

分子量: 29465.326 Da / 分子数: 4 / 断片: CARBOHYDRATE RECOGNITION DOMAIN / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: LANGERIN CRD COMPLEXED WITH GLCNS6S / 由来: (組換発現)

HOMO SAPIENS (ヒト) / プラスミド: PET-30 / 発現宿主:

ESCHERICHIA COLI BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UJ71

#3: 糖

ChemComp-SGN / 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucopyranose / N,O6-DISULFO-GLUCOSAMINE / 6-O-sulfo-N-sulfo-alpha-D-glucosamine / 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-alpha-D-glucose / 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-D-glucose / 2-deoxy-6-O-sulfo-2-(sulfoamino)-glucose / 6-O-スルホ-2-(スルホアミノ)-2-デオキシ-α-D-グルコピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 339.298 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₃NO₁₁S₂

-
非ポリマー , 5種, 549分子

#2: 化合物	ChemComp-TRP / TRYPTOPHAN / トリプトファンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 204.225 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₁₂N₂O₂
#4: 化合物	ChemComp-EU / EUROPIUM ION 分子量: 151.964 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Eu
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 524 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 45 % / 解説: NONE
結晶化	pH: 7 / 詳細: HEPES PH7, 100 MM MGCL2, 150 MM NACL, 20% PEG3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9797
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD
放射	モノクロメーター: SI(111) DOUBLE CRYSTALS / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9797 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.84→35.55 Å / Num. obs: 48373 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6 % / B_iso Wilson estimate: 24 Å² / R_merge(I) obs: 0.05 / Net I/σ(I): 19
反射シェル	解像度: 1.84→1.96 Å / R_merge(I) obs: 0.3 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / % possible all: 98.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(PHENIX.REFINE)	精密化
XDS		データ削減
SCALA		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 3C22

3c22

解像度: 1.844→36.401 Å / SU ML: 0.16 / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.68 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1802	2440	5 %
R_work	0.1516	-	-
obs	0.153	48406	99.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 30.8 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.844→36.401 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4190	0	147	524	4861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.023	4617
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.777	6244
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	14.753	2664
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.051	612
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	784

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.844-1.8816	0.2372	145	0.1959	2560	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8816-1.9225	0.2347	108	0.1972	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9225-1.9672	0.2212	132	0.1865	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9672-2.0164	0.2105	158	0.1749	2724	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0164-2.0709	0.2304	140	0.1762	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0709-2.1319	0.1917	139	0.1655	2717	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1319-2.2007	0.1995	126	0.1586	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2007-2.2793	0.1878	134	0.1615	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2793-2.3706	0.2059	154	0.1638	2692	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3706-2.4784	0.1758	140	0.1605	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4784-2.6091	0.1974	152	0.1537	2701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6091-2.7725	0.1964	157	0.1605	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7725-2.9865	0.1871	150	0.1603	2702	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9865-3.2868	0.2024	154	0.1533	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2868-3.762	0.164	150	0.1338	2732	X-RAY DIFFRACTION	100
3.762-4.7381	0.1355	152	0.1164	2714	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7381-36.4083	0.1581	149	0.153	2747	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.3654	0.4051	-1.1255	2.9669	-1.1536	2.0058	-0.0185	-0.1353	-0.4326	-0.0375	-0.1712	-0.1611	0.2226	0.2495	0.1725	0.1967	0.0398	0.0116	0.1789	0.0403	0.2225	72.513	7.312	52.0466
2	8.9294	-1.9923	-5.1838	3.2674	3.2212	4.5533	-0.3225	0.671	-0.7338	-0.3101	0.1813	-0.0383	0.6035	-0.4841	0.0522	0.3242	-0.053	-0.0228	0.2345	-0.0185	0.2799	67.8215	6.6248	45.8825
3	2.2759	-0.213	0.506	2.2807	0.5338	2.692	0.1708	-0.4819	-0.1488	0.6186	-0.2528	-0.1876	0.0229	0.3487	0.0985	0.2704	-0.0382	-0.0384	0.2822	0.0653	0.1799	73.203	15.2936	59.2132
4	6.0777	0.9077	-0.2739	3.0563	-1.2161	5.2103	0.1777	0.2461	0.4532	-0.0918	-0.1416	0.1917	-0.7126	-0.1009	-0.0397	0.2343	0.032	0.003	0.1534	0.0107	0.149	65.8833	25.8207	50.9388
5	3.5046	-0.3475	0.3045	4.036	1.1189	6.1077	-0.102	-0.1969	0.4927	0.3111	-0.0307	-0.38	-0.3454	0.425	0.1366	0.2403	-0.0659	-0.0904	0.2454	0.0065	0.2499	76.6953	25.5726	57.6296
6	1.4752	0.1312	-2.118	2.59	-1.6757	3.6746	-0.1366	-0.0409	-0.0764	-0.0757	-0.0324	-0.1806	0.0509	0.269	0.1565	0.1418	0.0209	-0.0469	0.2422	0.0477	0.1576	72.75	13.3126	53.0239
7	5.3583	-0.4648	2.1015	2.6804	-2.2633	2.5367	0.1563	-0.2128	0.0036	0.1091	-0.1387	0.2667	-0.4985	-0.095	0.0148	0.318	0.0013	0.0258	0.1563	-0.0924	0.2829	52.97	31.0178	61.4722
8	5.1694	-0.2058	2.4245	1.5113	-0.5294	4.3549	-0.0448	-0.0248	0.1758	0.0168	0.0224	0.0905	-0.1756	-0.0674	0.0045	0.1864	-0.0154	0.0553	0.1579	-0.0326	0.1984	46.1528	25.6595	53.2476
9	4.9289	0.453	0.0279	3.1595	0.5216	4.0998	0.131	-0.1618	0.2276	0.2958	-0.1395	0.0593	0.1103	-0.2209	-0.0292	0.2029	-0.0245	0.0876	0.1328	-0.0029	0.2039	43.3509	20.5935	60.0734
10	6.7216	0.1856	2.2277	1.0914	-2.3393	6.0083	0.1394	0.3743	-0.2903	-0.092	-0.0989	0.0734	0.4142	0.2661	-0.0805	0.227	0.0322	0.055	0.1793	-0.0237	0.2581	52.562	11.1496	51.1414
11	3.3709	0.2253	0.2243	2.1373	-1.1979	3.7926	-0.0723	0.0056	-0.4466	0.0893	-0.0006	0.1337	0.313	-0.1412	0.0559	0.2356	-0.0299	0.1056	0.1772	-0.0261	0.2869	41.7994	11.1686	57.9953
12	4.7092	1.1941	3.7659	2.0936	1.869	4.7634	-0.3232	0.2624	0.1359	-0.0053	0.225	0.192	-0.1899	0.0886	0.0353	0.1923	-0.006	0.0647	0.1342	-0.0187	0.1769	46.7343	27.2523	54.2721
13	5.1411	-1.1673	1.8595	1.8663	-1.15	3.7084	-0.1111	0.1067	0.2591	0.0918	0.0211	-0.0482	-0.3625	0.1827	0.0709	0.1865	-0.0183	0.0061	0.1568	0.0289	0.1717	72.351	28.2233	30.2064
14	6.5413	2.4302	2.5983	8.8449	6.7843	6.9574	-0.0119	0.3128	-0.1326	-0.0169	-0.1632	0.2017	-0.1082	-0.6686	0.2273	0.1549	0.0217	0.0157	0.2055	0.0383	0.1611	66.1722	23.2202	26.291
15	4.7586	0.653	0.0723	3.1922	0.9379	1.9133	-0.0426	0.0864	-0.4902	0.0873	-0.0946	-0.0034	0.0982	-0.2277	0.1182	0.1517	0.0198	0.0336	0.1602	-0.0107	0.1781	69.3804	16.3116	27.6797
16	5.6708	-1.8322	-4.5419	8.1027	3.8628	4.4461	-0.1735	0.9502	-0.3092	-0.7422	0.3953	-0.0209	-0.0915	-0.4092	-0.139	0.3325	-0.0591	0.0172	0.5262	-0.2138	0.4901	62.8478	8.8788	21.2993
17	3.8254	0.2671	-0.5278	3.2795	1.222	4.3222	-0.1545	0.2174	-0.7589	-0.0524	0.0384	-0.177	0.4127	0.1712	0.0676	0.1698	0.017	0.0812	0.2038	-0.0053	0.2832	76.0894	13.2922	26.3461
18	8.1197	-4.3329	-0.4841	4.0353	-0.9524	3.9757	-0.3562	-1.1024	0.0356	1.3315	0.6873	0.4833	-0.7129	-0.2846	-0.264	0.3528	0.0985	0.0886	0.2901	0.021	0.2248	59.6701	34.2844	28.9078
19	7.7436	-0.6687	-5.0509	6.1045	-0.5462	9.5916	-0.1139	0.205	-0.0366	-0.2225	0.0977	-0.106	0.8955	-0.1715	0.0201	0.2798	-0.0124	-0.0329	0.2263	-0.0037	0.2502	48.1722	6.9227	24.0587
20	3.0164	0.6466	0.4177	3.5689	1.0231	5.0628	0.0737	0.0584	0.0058	-0.0249	-0.2514	0.2644	0.2602	-0.3042	0.1287	0.136	-0.0015	-0.0321	0.1849	-0.0024	0.1899	43.4435	15.7423	30.188
21	8.2903	-1.078	-2.0342	9.1493	-3.3239	5.1614	0.0252	-0.1676	0.4115	0.0685	-0.0417	-0.237	-0.1477	0.2891	-0.0009	0.1443	-0.0156	-0.0461	0.1786	-0.0038	0.1592	52.3954	26.2758	30.7907
22	1.4437	0.82	1.4457	4.2274	0.3814	5.5093	-0.1927	0.1142	0.502	-0.2297	-0.0978	0.512	-0.6367	-0.2724	0.2292	0.2074	0.0678	-0.0835	0.2627	0.0195	0.3495	40.4728	28.0385	26.8402
23	5.0734	1.5394	-0.4552	3.8147	1.6626	5.9108	-0.1305	0.0078	-0.5203	0.2741	-0.1833	0.2463	0.7232	-0.0774	0.2173	0.2275	0.0002	-0.0305	0.2509	0.0387	0.1682	43.6904	12.3669	31.566

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(CHAIN A AND RESID 196:223)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(CHAIN A AND RESID 224:229)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(CHAIN A AND RESID 230:257)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(CHAIN A AND RESID 258:275)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(CHAIN A AND RESID 276:303)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(CHAIN A AND RESID 304:326)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(CHAIN B AND RESID 198:206)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(CHAIN B AND RESID 207:239)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(CHAIN B AND RESID 240:258)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(CHAIN B AND RESID 259:275)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(CHAIN B AND RESID 276:312)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(CHAIN B AND RESID 313:325)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(CHAIN C AND RESID 198:225)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(CHAIN C AND RESID 226:239)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(CHAIN C AND RESID 240:273)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(CHAIN C AND RESID 274:279)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(CHAIN C AND RESID 280:320)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(CHAIN C AND RESID 321:325)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(CHAIN D AND RESID 198:208)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(CHAIN D AND RESID 209:260)
21	X-RAY DIFFRACTION	21	(CHAIN D AND RESID 261:277)
22	X-RAY DIFFRACTION	22	(CHAIN D AND RESID 278:310)
23	X-RAY DIFFRACTION	23	(CHAIN D AND RESID 311:325)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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